A multilokus szekvenálás szükségességének elkerülése érdekében a Staphylococcus aureus izolátumok multilokus szekvenciatipizálására (MLST) denaturáló gradiens gélelektroforézist (DGGE) alkalmazó módszert fejlesztettek ki. A szekvenciatípusokat (ST) hét háztartási génből származó polimeráz láncreakció (PCR) termékeinek szekvenciái alapján kaptuk meg, és összehasonlítottuk a referencia MLST-adatbázissal. Az olvadási görbéket, a szekvenciákat és a DGGE-profilokat 100 ST esetében összehasonlítottuk i) a PCR-körülmények meghatározásához az előre- és hátrafelé irányuló primerekhez kapcsolt 40-mer GC-kapcsokkal; ii) az egyes restrikciós enzimhelyek kiválasztásához a PCR-termékek két fragmentumra történő emésztéséhez, amelyekhez egy-egy GC-kapocs kapcsolódik, és iii) a DGGE-körülmények optimalizálásához. A DGGE-típusok (DT) elemzésekor a DT-k többségét (76/100) pontosan besorolták egy ST-be (a nukleotidváltozások 95%-át detektálták), 10 DT-t besoroltak a két ST egyikébe, ami egyetlen nukleotid-eltérésnek felel meg, és 14 DT-t besoroltak 3 vagy 4 ST-be, ami 4 vagy 5 nukleotid-eltérésnek felel meg. Az ST-k és DT-k kombinációját használták, hogy 25 S. aureus izolátum ST-k szeptuplett készletét (7-ST) kapják. A referencia MLST-adatbázissal összehasonlítva egy meticillin-rezisztens S. aureus (MRSA) izolátum genotípusa megegyezett az első MRSA-klónéval. A DGGE-MLST módszer gyors, pontos és a DNS-szekvenálásnál 20-szor olcsóbb módszerként használható valamennyi szekvenciatípus kimutatására. Ez a kombinált laboratóriumi és in silico megközelítés széles körben alkalmazható lehet nemcsak más baktériumok MLST-módszereihez, hanem más mutációs adatbázisokban letétbe helyezett multilokális nukleotidkülönbségek szűrésére is.