Aby wyeliminować potrzebę sekwencjonowania wieloogniskowego, opracowano metodę wykorzystującą elektroforezę w żelu gradientu denaturującego (DGGE) do wieloogniskowego typowania sekwencji (MLST) izolatów Staphylococcus aureus. Typy sekwencji (STs) uzyskano na podstawie sekwencji produktów łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR) z siedmiu genów housekeeping i porównano z referencyjną bazą danych MLST. Krzywe topnienia, sekwencje i profile DGGE zostały porównane dla 100 ST (i) w celu określenia warunków PCR z 40-merowymi GC-klamrami dołączonymi do starterów do przodu i do tyłu; (ii) w celu wyboru pojedynczych miejsc enzymów restrykcyjnych do trawienia produktów PCR na dwa fragmenty, każdy z dołączonym GC-klamrą oraz (iii) w celu optymalizacji warunków DGGE. Kiedy analizowano typy DGGE (DT), większość DT (76/100) została dokładnie zaklasyfikowana do jednego ST (95% zmian nukleotydowych zostało wykrytych), 10 DT zostało zaklasyfikowanych do jednego z dwóch ST odpowiadających pojedynczej niejednoznaczności nukleotydowej, a 14 DT zostało zaklasyfikowanych do 3 lub 4 ST odpowiadających 4 lub 5 niejednoznacznościom nukleotydowym. Kombinacja ST i DT została użyta do uzyskania septupletowych zestawów ST (7-ST) dla 25 izolatów S. aureus. W porównaniu z referencyjną bazą MLST, jeden metycylinooporny izolat S. aureus (MRSA) miał taki sam genotyp jak pierwszy klon MRSA. Metoda DGGE-MLST może być stosowana jako szybka, dokładna i 20-krotnie tańsza niż sekwencjonowanie DNA do wykrywania wszystkich typów sekwencji. To połączone podejście laboratoryjne i in silico może mieć szerokie zastosowanie nie tylko w metodach MLST dla innych bakterii, ale także w badaniach przesiewowych wieloogniskowych różnic nukleotydowych zdeponowanych w innych bazach danych mutacji.