Per ovviare alla necessità del sequenziamento multilocus, è stato sviluppato un metodo che utilizza la denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) per il multilocus sequence typing (MLST) di Staphylococcus aureus isolates. I tipi di sequenza (ST) sono stati ottenuti sulla base delle sequenze dei prodotti della reazione a catena della polimerasi (PCR) di sette geni housekeeping e confrontati con il database MLST di riferimento. Le curve di fusione, le sequenze e i profili DGGE sono stati confrontati per 100 STs (i) per determinare le condizioni di PCR con 40-mer GC-clamps attaccati ai primer forward e reverse; (ii) per scegliere i singoli siti degli enzimi di restrizione per la digestione dei prodotti PCR in due frammenti ciascuno con un GC-clamp attaccato e (iii) per ottimizzare le condizioni DGGE. Quando i tipi DGGE (DT) sono stati analizzati, la maggior parte dei DT (76/100) sono stati accuratamente classificati in una ST (95% dei cambiamenti nucleotidici sono stati rilevati), 10 DT sono stati classificati in una delle due ST corrispondenti a una singola ambiguità nucleotidica e 14 DT sono stati classificati in 3 o 4 ST corrispondenti a 4 o 5 ambiguità nucleotidiche. Una combinazione di ST e DT è stata utilizzata per ottenere set di settuple di ST (7-ST) per 25 isolati di S. aureus. Rispetto al database MLST di riferimento, un isolato di S. aureus meticillino-resistente (MRSA) aveva lo stesso genotipo del primo clone MRSA. Il metodo DGGE-MLST può essere utilizzato come metodo rapido, accurato e 20 volte meno costoso del sequenziamento del DNA per l’individuazione di tutti i tipi di sequenza. Questo approccio combinato di laboratorio e in silico potrebbe avere un’ampia applicabilità non solo ai metodi MLST per altri batteri ma allo screening delle differenze nucleotidiche multilocus depositate in altri database di mutazioni.