Para obviar a necessidade de sequência de multilocos, foi desenvolvido um método utilizando a electroforese em gel de gradiente de desnaturalização (DGGE) para a tipagem em gel de sequência de multilocos (MLST) de Staphylococcus aureus isolates. Os tipos de sequências (STs) foram obtidos com base em sequências de produtos de reacção em cadeia da polimerase (PCR) a partir de sete genes domésticos e comparados com a base de dados de referência MLST. As curvas de fusão, sequências e perfis DGGE foram comparados para 100 STs (i) para determinar as condições de PCR com braçadeiras de GC de 40 mers presas aos primers para frente e para trás; (ii) para escolher locais de enzimas de restrição única para a digestão de produtos PCR em dois fragmentos cada um com uma braçadeira de GC presa e (iii) para otimizar as condições DGGE. Quando os tipos de DGGE (DT) foram analisados, a maioria dos DT (76/100) foi classificada com precisão em um ST (95% das alterações de nucleotídeos foram detectadas), 10 DT foram classificados em um dos dois STs correspondentes a uma única ambigüidade de nucleotídeos e 14 DTs foram classificados em 3 ou 4 STs correspondentes a 4 ou 5 ambigüidades de nucleotídeos. Uma combinação de STs e DTs foi utilizada para obter conjuntos separados de STs (7-ST) para 25 isolados de S. aureus. Quando comparado ao banco de dados de referência MLST, um isolado de S. aureus resistente à meticilina (MRSA) tinha o mesmo genótipo que o primeiro clone de MRSA. O método DGGE-MLST pode ser usado como um método rápido, preciso e 20 vezes menos caro do que o sequenciamento de DNA para a detecção de todos os tipos de sequência. Essa abordagem laboratorial combinada e em silico poderia ter ampla aplicabilidade não apenas aos métodos MLST para outras bactérias, mas à triagem de diferenças de nucleotídeos multilocos depositados em outras bases de dados de mutações.