För att undvika behovet av multilocus sekvensering utvecklades en metod som använder denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) för multilocus sequence typing (MLST) av Staphylococcus aureus isolates. Sekvenstyper (ST) erhölls på grundval av sekvenser av polymeraskedjereaktionsprodukter (PCR) från sju hushållsgener och jämfördes med MLST-referensdatabasen. Smältkurvorna, sekvenserna och DGGE-profilerna jämfördes för 100 STs (i) för att bestämma PCR-förhållanden med 40-mer GC-klämmor som är knutna till de framåtriktade och bakåtriktade primrarna, (ii) för att välja enstaka restriktionsenzymställen för nedbrytning av PCR-produkterna i två fragment som var och en har en GC-klämma knuten till sig och (iii) för att optimera DGGE-förhållandena. När DGGE-typerna (DT) analyserades klassificerades majoriteten av DT (76/100) korrekt i en ST (95 % av nukleotidändringarna upptäcktes), 10 DT klassificerades i en av två ST som motsvarade en enda nukleotidtvetydighet och 14 DT klassificerades i 3 eller 4 ST som motsvarade 4 eller 5 nukleotidtvetydigheter. En kombination av ST och DT användes för att erhålla septuplet-uppsättningar av ST (7-ST) för 25 S. aureus-isolat. Vid en jämförelse med referens MLST-databasen hade ett meticillinresistent S. aureus-isolat (MRSA) samma genotyp som den första MRSA-klonen. DGGE-MLST-metoden kan användas som en snabb, exakt och 20 gånger billigare metod än DNA-sekvensering för upptäckt av alla sekvenstyper. Denna kombinerade laboratorie- och in silico-metod skulle kunna ha stor tillämplighet inte bara för MLST-metoder för andra bakterier utan även för screening av multilocus-nukleotidskillnader som deponerats i andra mutationsdatabaser.