Para obviar la necesidad de la secuenciación multilocus, se desarrolló un método que utiliza la electroforesis en gel de gradiente desnaturalizante (DGGE) para la tipificación de secuencias multilocus (MLST) de aislados de Staphylococcus aureus. Los tipos de secuencia (ST) se obtuvieron a partir de las secuencias de los productos de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) de siete genes de mantenimiento y se compararon con la base de datos MLST de referencia. Se compararon las curvas de fusión, las secuencias y los perfiles de DGGE para 100 STs (i) con el fin de determinar las condiciones de PCR con pinzas de GC de 40-mer unidas a los cebadores de avance y retroceso; (ii) para elegir sitios de enzimas de restricción únicos para la digestión de los productos de PCR en dos fragmentos cada uno con una pinza de GC unida y (iii) para optimizar las condiciones de DGGE. Cuando se analizaron los tipos de DGGE (DT), la mayoría de los DT (76/100) se clasificaron con precisión en un ST (se detectaron el 95% de los cambios de nucleótidos), 10 DT se clasificaron en uno de los dos ST correspondientes a una sola ambigüedad de nucleótidos y 14 DT se clasificaron en 3 o 4 ST correspondientes a 4 o 5 ambigüedades de nucleótidos. Se utilizó una combinación de ST y DT para obtener conjuntos septuples de ST (7-ST) para 25 aislados de S. aureus. Cuando se comparó con la base de datos MLST de referencia, un aislado de S. aureus resistente a la meticilina (SARM) tenía el mismo genotipo que el primer clon de SARM. El método DGGE-MLST puede utilizarse como un método rápido, preciso y 20 veces menos costoso que la secuenciación del ADN para la detección de todos los tipos de secuencias. Este enfoque combinado de laboratorio e in silico podría tener una amplia aplicabilidad no sólo a los métodos MLST para otras bacterias, sino al cribado de las diferencias nucleotídicas multilocus depositadas en otras bases de datos de mutaciones.