Pour éviter le besoin de séquençage multilocus, une méthode utilisant l’électrophorèse sur gel à gradient dénaturant (DGGE) a été développée pour le typage de séquence multilocus (MLST) des isolats de Staphylococcus aureus. Les types de séquences (ST) ont été obtenus sur la base des séquences des produits de la réaction en chaîne par polymérase (PCR) de sept gènes de maintien et comparés à la base de données MLST de référence. Les courbes de fusion, les séquences et les profils de DGGE ont été comparés pour 100 ST (i) afin de déterminer les conditions de PCR avec des pinces GC 40-mer attachées aux amorces avant et arrière ; (ii) pour choisir des sites uniques d’enzymes de restriction pour la digestion des produits de PCR en deux fragments, chacun avec une pince GC attachée et (iii) pour optimiser les conditions de DGGE. Lorsque les types de DGGE (DT) ont été analysés, la majorité des DT (76/100) ont été classés avec précision dans un ST (95 % des changements nucléotidiques ont été détectés), 10 DT ont été classés dans un des deux ST correspondant à une seule ambiguïté nucléotidique et 14 DT ont été classés dans 3 ou 4 ST correspondant à 4 ou 5 ambiguïtés nucléotidiques. Une combinaison de ST et de DT a été utilisée pour obtenir des ensembles septuplets de ST (7-ST) pour 25 isolats de S. aureus. En comparaison avec la base de données MLST de référence, un isolat de S. aureus résistant à la méthicilline (SARM) avait le même génotype que le premier clone de SARM. La méthode DGGE-MLST peut être utilisée comme une méthode rapide, précise et 20 fois moins coûteuse que le séquençage de l’ADN pour la détection de tous les types de séquences. Cette approche combinée en laboratoire et in silico pourrait avoir une large applicabilité non seulement aux méthodes MLST pour d’autres bactéries mais aussi au criblage des différences nucléotidiques multilocus déposées dans d’autres bases de données de mutation.