Castillo Armas ging aus der daraus resultierenden Militärjunta als provisorischer Präsident hervor, und ein Plebiszit machte seinen Status offiziell. Er unterdrückte den kommunistischen Einfluss, setzte die Agrarreform außer Kraft und zerschlug die Arbeiter- und Bauerngewerkschaften mit erheblicher Gewalt, wurde aber selbst im Juli 1957 durch eine Kugel eines Attentäters zu Fall gebracht. In den folgenden neun Jahren regierten Militärs, die den Kongress oder Wahlen kaum respektierten. In dieser Zeit wurden die von der Revolution von 1944 versprochenen sozialen Reformen vereitelt, was dazu führte, dass unruhige Teile der Bevölkerung immer empfänglicher für den Widerstand der Guerilla wurden. Der Sieg Fidel Castros über eine Militärregierung in Kuba im Jahr 1959 inspirierte auch die guatemaltekischen Rebellen und führte zu einem Teufelskreis aus Gewalt und Unterdrückung, insbesondere auf dem Land, der die nächsten 36 Jahre andauern sollte.
Die Aussichten auf eine Rückkehr zur Zivilregierung schienen Anfang 1966 vielversprechend. Bei einer geordneten Wahl am 6. März 1966 erhielt Julio César Méndez Montenegro, ein Juraprofessor und Kandidat der gemäßigten Revolutionären Partei (Partido Revolucionario; PR), unerwartet viele Stimmen gegenüber dem Kandidaten des Militärregimes, wenn auch nicht die für die Wahl erforderliche absolute Mehrheit. Der Kongress wählte ihn, doch die Absprache mit den Militärs, die vor dem Amtsantritt einer zivilen Regierung getroffen werden musste, untergrub seine Autorität. Die Hoffnungen auf Reformen wurden daher weitgehend zunichte gemacht, und die Energien der Regierung wurden auf die Versuche verwendet, die zunehmende Gewalt und den Terrorismus einzudämmen. Militärische und paramilitärische Operationen wie die von Oberst Carlos Arana Osorio führten zu einer weitgehenden Ausschaltung der Guerilla auf dem Lande, aber die Aktivitäten der Guerilla und des Terrorismus in den Städten nahmen zu.
Arana Osorio, der Kandidat für „Recht und Ordnung“, gewann die Wahlen von 1970 und stellte sofort die militärische Kontrolle wieder her. Seine Hauptaufgabe war die „Befriedung“ des Landes durch die Ausrottung von „Gewohnheitsverbrechern“ und linken Guerillas. Die Ermordung von Oppositionsführern der demokratischen Linken durch so genannte Todesschwadronen, die oft mit dem Militär und der Polizei in Verbindung standen, führte zu der Überzeugung, dass Arana versuchte, alle Oppositionellen zu beseitigen, egal ob von links, rechts oder der Mitte. Nach der Ausschaltung oder Unterdrückung abweichender Meinungen erlebte das Land eine Zeit der relativen Ruhe. Als die Wahlen von 1974 näher rückten, hatten Optimisten Grund zur Hoffnung, dass eine neue Grundlage für Reformen geschaffen worden war. Die Koalition der Oppositionsparteien wählte General Efraín Ríos Montt, einen führenden Offizier des progressiven Flügels der Streitkräfte, um gegen General Kjell Laugerud García anzutreten, einen unpolitischen Offizier, der die Koalition der Rechtsparteien vertrat.
Als die Wahlergebnisse zeigten, dass Ríos Montt die absolute Mehrheit erlangte, setzte die Regierung abrupt die Wahlberichte aus, manipulierte dreist die Ergebnisse und verkündete schließlich, dass Laugerud García eine Mehrzahl der Stimmen erhalten hatte. Der von der Regierung kontrollierte Nationalkongress wählte ihn umgehend. Der moralischen Kraft beraubt, übernahm Laugerud García das Amt als Protegé von Arana. Er sah sich mit Problemen wie der Inflation, einer Reihe von Vulkanausbrüchen, der Spaltung und der daraus resultierenden Schwächung seiner wichtigsten politischen Stütze, der rechtsgerichteten Nationalen Befreiungsbewegung, konfrontiert. Einem Wiederaufflammen linker Gewalt und linken Terrors begegnete er mit denselben repressiven Maßnahmen, die Arana angewandt hatte. 1977 stellten die Vereinigten Staaten unter Präsident Jimmy Carter die Militärhilfe für Guatemala wegen der Menschenrechtsverletzungen ein.
Das 1974 begonnene Muster der Wahlmanipulation setzte sich bei den folgenden Wahlen fort. General Romeo Lucas García, der 1978 nach einer weiteren fragwürdigen Auszählung zum Sieger erklärt wurde, führte ein Regime, das im Wesentlichen das von Laugerud fortsetzte. Beide Regierungen sahen sich mit den Problemen des Landes konfrontiert, dessen Ressourcen durch das verheerende Erdbeben vom Februar 1976, bei dem mehr als 20.000 Menschen starben und 1.000.000 obdachlos wurden, stark reduziert waren.
Ein wichtiger Faktor für beide Regierungen war die Entdeckung von Erdölvorkommen im Norden Guatemalas. Da man davon ausging, dass sich das Vorkommen über Belize (bis 1973 Britisch-Honduras) bis zum Kontinentalschelf erstreckte, wurde eine Lösung für die anhaltenden, widersprüchlichen Grenz- und Gebietsansprüche angestrebt. Am 11. März 1981 erzielten Guatemala, Großbritannien und Belize eine vorläufige Einigung, doch eine endgültige Regelung kam nicht zustande, und im September 1981 gewährte Großbritannien Belize gegen den Protest Guatemalas die Unabhängigkeit. Die Entdeckung von Erdöl wurde von einigen auch als Ursache für die Gewalt der Regierung in den überwiegend von Indianern bewohnten Gebieten im Norden des Landes angesehen. Die Verwüstungen, die dort angerichtet wurden, trieben Tausende von Indianern nach Mexiko, was darauf hindeutete, dass die Regierung möglicherweise Land roden würde, um es sich anzueignen. Infolgedessen schlossen sich Indianer in noch nie dagewesener Zahl den Guerillabewegungen an.
Bei den Wahlen im März 1982 wurde der Kandidat der Regierungskoalition zum Sieger erklärt. Am 23. März jedoch übernahmen junge Armeeoffiziere die Regierung und setzten eine Junta unter der Führung von General Ríos Montt ein, dem 1974 die Präsidentschaft verweigert worden war.
Ríos Montt löste die Junta auf und versprach, die Korruption zu beseitigen, die berüchtigten Todesschwadronen aufzulösen und den Guerillakrieg zu beenden. Der neue Führer hielt seine Versprechen jedoch nicht ein, und die Lage in Guatemala verschlechterte sich. Ríos Montts Wirtschaftspolitik zeigte keine Wirkung, und die politische Gewalt, deren Beendigung er versprochen hatte, flammte bald mit noch größerer Intensität wieder auf, was wiederum viele Bauern zur Flucht nach Mexiko zwang und andere in Guerillalager trieb und so den Aufstand anheizte. Als Protestant in einem weitgehend römisch-katholischen Land gewann Ríos Montt nie breite politische Unterstützung.
Im August 1983 wurde Ríos Montt von General Oscar Humberto Mejía Víctores gestürzt, der eine schnelle Rückkehr zum demokratischen Prozess versprach. Die Gewalt auf dem Lande ging jedoch weiter, und die Vereinigten Staaten, die sich um eine Verbesserung der Menschenrechtslage bemühten, schränkten die Wirtschaftshilfe für das neue Regime ein. Die Militärhilfe war seit 1977 gekürzt worden. Im Juli 1984 fanden Wahlen zu einer verfassungsgebenden Versammlung statt, bei denen die Parteien des Zentrums etwa ein Drittel der Stimmen auf sich vereinigen konnten, was auf eine wachsende, aber immer noch ängstliche Abkehr von der Terrorregierung hindeutet. Die internationale Verurteilung der Menschenrechtslage der Regierung ermutigte die zivile Opposition.
Im Mai 1985 wurde eine neue Verfassung verabschiedet, die den Menschenrechtsgarantien einen höheren Stellenwert einräumte, und die Präsidentschaftswahlen im darauffolgenden Dezember führten zu einem Erdrutschsieg des Führers der Christlich-Demokratischen Partei Guatemalas, Marco Vinicio Cerezo Arévalo, der rund 68 % der Stimmen erhielt. Es war die erste Wahl eines zivilen Präsidenten in Guatemala seit 15 Jahren.
Charles L. Stansifer William J. Griffith Thomas P. Anderson
Die Hoffnungen, dass Cerezos Wahl Menschenrechtsreformen unterstützen und den Bürgerkrieg beenden könnte, wurden schnell enttäuscht, da es einem zivilen Präsidenten wieder einmal nicht gelang, das Militär einzudämmen. In den 1980er Jahren erhöhten die Vereinigten Staaten ihre Hilfe, um die Regierung gegen die Angriffe der Guerilla zu unterstützen. Es kam zu einem Wiederaufleben der Aktivitäten der Todesschwadronen, insbesondere in der Hauptstadt. Die verschiedenen Banden der marxistischen Guerilla, die in der Zeit von Ríos Montt und Mejía Víctores weitgehend unterdrückt worden waren, fanden in der Bildung der Nationalen Revolutionären Einheit Guatemalas (Unidad Revolucionario Nacional Guatemalteco; URNG) eine neue Einheit. Eine Reihe von Militärputschversuchen wurde vom Verteidigungsminister, General Héctor Alejandro Gramajo, niedergeschlagen. Auch die Arbeiter- und Bauernunruhen nahmen während der Präsidentschaft Cerezos zu. Es wurden zwar einige schmerzhafte wirtschaftliche Fortschritte erzielt, aber die Aufstände und die Gewalt nahmen bis in die 1990er Jahre hinein weiter an Intensität zu. Aufgrund der sich verschlechternden Menschenrechtslage wurde die wieder aufgenommene US-Militärhilfe im Dezember 1990 erneut ausgesetzt.