Castillo Armas wyszedł z powstałej junty wojskowej jako tymczasowy prezydent, a plebiscyt uczynił jego status oficjalnym. Wykorzenił wpływy komunistyczne, zdławił reformę rolną i złamał związki zawodowe i chłopskie przy użyciu znacznej przemocy, ale sam został powalony przez kulę zamachowca w lipcu 1957 roku. Przez następne dziewięć lat rządzili wojskowi, nie szanując ani Kongresu, ani wyborów. W czasie tych rządów, udaremnienie reform społecznych obiecanych przez rewolucję 1944 roku sprawiło, że niespokojne grupy ludności coraz bardziej skłaniały się ku partyzanckiemu oporowi. Zwycięstwo Fidela Castro nad wojskowym rządem na Kubie w 1959 roku również zainspirowało gwatemalskich rebeliantów, prowadząc do błędnego koła przemocy i represji, szczególnie na wsi, które trwało przez następne 36 lat.
Perspektywy powrotu do rządów cywilnych wydawały się obiecujące na początku 1966 roku. Uporządkowane wybory 6 marca 1966 roku dały Julio Césarowi Méndezowi Montenegro, profesorowi prawa i kandydatowi umiarkowanej Partii Rewolucyjnej (Partido Revolucionario; PR), niespodziewanie dużą przewagę głosów nad kandydatem reżimu wojskowego, choć nie absolutną większość wymaganą do wyboru. Kongres wybrał go, ale porozumienie z oficerami wojskowymi, które musiało zostać osiągnięte przed objęciem władzy przez rząd cywilny, podważyło jego autorytet. Nadzieje na reformy zostały więc w dużej mierze zawiedzione, a energię administracji pochłonęły próby opanowania rosnącej przemocy i terroryzmu. Operacje wojskowe i paramilitarne, takie jak te prowadzone przez pułkownika Carlosa Arana Osorio, w znacznym stopniu wyeliminowały partyzantkę wiejską, ale miejska działalność partyzancka i terrorystyczna uległa pogorszeniu.
Arana Osorio, kandydat „prawa i porządku”, wygrał wybory w 1970 roku i natychmiast przywrócił kontrolę wojskową. Jego główną działalnością była „pacyfikacja” kraju poprzez eksterminację „nałogowych przestępców” i lewicowych partyzantów. Zabójstwa przywódców opozycji demokratycznej lewicy przez tzw. szwadrony śmierci, często powiązane z wojskiem i policją, zrodziły przekonanie, że Arana dążył do wyeliminowania wszystkich przeciwników, niezależnie od tego, czy byli z lewicy, prawicy czy centrum. Po wyeliminowaniu lub stłumieniu sprzeciwu, kraj przeżywał okres względnego spokoju. Gdy zbliżały się wybory w 1974 roku, optymiści mogli znaleźć powody, by mieć nadzieję, że stworzono nowe podstawy dla reform. Koalicja partii opozycyjnych wybrała gen. Efraína Ríosa Montta, czołowego oficera postępowego skrzydła sił zbrojnych, do walki z gen. Kjellem Laugerudem Garcíą, niepolitycznym wojskowym reprezentującym koalicję partii prawicowych.
Kiedy wyniki wyborów pokazały, że Ríos Montt zdobył absolutną większość, rząd gwałtownie zawiesił raporty wyborcze, bezczelnie manipulował wynikami i w końcu ogłosił, że Laugerud García zdobył większość głosów. Kontrolowany przez rząd Kongres Narodowy natychmiast go wybrał. Pozbawiony siły moralnej, Laugerud García objął urząd jako protegowany Arany. Musiał stawić czoła problemom inflacji, serii wybuchów wulkanów, podziałom i w konsekwencji osłabieniu jego głównego politycznego wsparcia, prawicowego Ruchu Wyzwolenia Narodowego. Odnowienie lewicowej przemocy i terroru spotkało się z takimi samymi represjami, jakie stosował Arana. W 1977 Stany Zjednoczone, pod presją Jimmy Cartera, odcięły pomoc wojskową dla Gwatemali z powodu łamania przez nią praw człowieka.
Wzór manipulacji wyborczych ustalony w 1974 roku utrzymywał się w kolejnych wyborach. Gen. Romeo Lucas García, ogłoszony zwycięzcą w 1978 roku po kolejnym podejrzanym liczeniu głosów, przewodniczył reżimowi, który zasadniczo kontynuował reżim Laugeruda. Obie administracje stawiały czoła problemom kraju z zasobami znacznie uszczuplonymi po niszczycielskim trzęsieniu ziemi z lutego 1976 roku, które pozostawiło ponad 20 000 osób martwych i 1 000 000 bezdomnych.
Głównym czynnikiem w obu administracjach było odkrycie ropy naftowej w północnej Gwatemali. Ponieważ sądzono, że złoża rozciągają się przez Belize (dawniej Brytyjski Honduras do 1973 r.) do szelfu kontynentalnego, szukano rozwiązania uporczywych, sprzecznych roszczeń granicznych i terytorialnych. 11 marca 1981 r. Gwatemala, Wielka Brytania i Belize osiągnęły wstępne porozumienie, ale nie doszło do ostatecznej ugody i we wrześniu 1981 r. Wielka Brytania przyznała Belize niepodległość na znak protestu Gwatemali. Niektórzy uważają, że odkrycie ropy naftowej było również przyczyną rządowej przemocy w zamieszkanych w dużej mierze przez Indian regionach na północy kraju. Zniszczenia, które tam nastąpiły, zmusiły tysiące Indian do wyjazdu do Meksyku, co sugerowało, że administracja może oczyszczać ziemie dla innych. W rezultacie Indianie w bezprecedensowej liczbie przenieśli się do ruchów partyzanckich.
W wyborach w marcu 1982 roku kandydat koalicji rządowej został ogłoszony zwycięzcą. 23 marca, jednak młodzi oficerowie armii przejęli rząd i zainstalowali juntę kierowaną przez generała Ríos Montt, któremu odmówiono prezydentury w 1974 r. Ríos Montt rozwiązał juntę i zobowiązał się do walki z korupcją, rozwiązania osławionych szwadronów śmierci i zakończenia wojny partyzanckiej. Nowy przywódca nie wywiązał się jednak ze swoich obietnic, a warunki w Gwatemali uległy pogorszeniu. Polityka gospodarcza Ríosa Montta nie była skuteczna, a przemoc polityczna, której obiecał położyć kres, została wkrótce wznowiona z jeszcze większą intensywnością, ponownie zmuszając wielu chłopów do ucieczki do Meksyku, a innych kierując do obozów partyzanckich, podsycając tym samym rebelię. Ríos Montt, protestant w kraju w dużej mierze katolickim, nigdy nie zdobył szerokiego poparcia politycznego.
W sierpniu 1983 roku Ríos Montt został obalony przez gen. Oscara Humberto Mejía Víctores, który obiecał szybki powrót do procesu demokratycznego. Przemoc trwała jednak nadal na wsi, a Stany Zjednoczone, dążąc do poprawy sytuacji w zakresie praw człowieka, ograniczyły pomoc gospodarczą dla nowego reżimu. Pomoc wojskowa była ograniczana od 1977 roku. Wybory do zgromadzenia konstytucyjnego odbyły się w lipcu 1984 roku, a partie centrowe zdobyły około jednej trzeciej głosów, wskazując na rosnący, ale wciąż pełen obaw ruch odchodzenia od rządów terroru. Międzynarodowe potępienie rządu w zakresie praw człowieka stanowiło zachętę dla cywilnej opozycji.
Nowa konstytucja, kładąca większy nacisk na gwarancje praw człowieka, została zatwierdzona w maju 1985 r., a wybory prezydenckie, które odbyły się w grudniu następnego roku, przyniosły zwycięstwo centrystycznej gwatemalskiej Partii Chrześcijańsko-Demokratycznej Marco Vinicio Cerezo Arévalo, który otrzymał około 68% głosów. Był to pierwszy wybór cywilnego prezydenta w Gwatemali od 15 lat.
Charles L. Stansifer William J. Griffith Thomas P. Anderson
Nadzieje, że wybór Cerezo może wspierać reformy praw człowieka i zakończyć wojnę domową zostały szybko rozwiane, ponieważ po raz kolejny cywilny prezydent nie zdołał powstrzymać wojska. Stany Zjednoczone zwiększyły pomoc w latach 80-tych, starając się podtrzymać rząd przed atakami partyzantów. Odżyła działalność szwadronów śmierci, szczególnie w stolicy. Różne grupy partyzantki marksistowskiej, w dużej mierze sprawdzone w czasach Ríosa Montta i Mejíi Víctores, znalazły nową jedność w formacji Gwatemalskiej Narodowej Jedności Rewolucyjnej (Unidad Revolucionario Nacional Guatemalteco; URNG). Seria prób zamachów stanu została stłumiona przez ministra obrony, gen. Héctora Alejandro Gramajo. W czasie prezydentury Cerezo nasiliły się również niepokoje pracownicze i chłopskie. Poczyniono pewne bolesne postępy gospodarcze, ale powstanie i przemoc nasiliły się jeszcze w latach 90. Ze względu na pogarszającą się sytuację praw człowieka, amerykańska pomoc wojskowa, która została przywrócona, została ponownie zawieszona w grudniu 1990 roku.