Castillo Armas a ieșit din junta militară rezultată ca președinte provizoriu, iar un plebiscit i-a oficializat statutul. El a extirpat influența comunistă, a înăbușit reforma agrară și a rupt sindicatele muncitorești și țărănești cu o violență considerabilă, dar el însuși a fost doborât de glonțul unui asasin în iulie 1957. În următorii nouă ani, militarii au condus cu puțin respect față de Congres sau față de alegeri. În timpul acestor regimuri, zădărnicirea reformelor sociale promise de revoluția din 1944 a făcut ca elementele rebele ale populației să fie din ce în ce mai receptive la rezistența de gherilă. Victoria lui Fidel Castro asupra unui guvern militar în Cuba în 1959 i-a inspirat, de asemenea, pe rebelii guatemalezi, ceea ce a dus la un cerc vicios de violență și represiune, în special în mediul rural, care avea să dureze următorii 36 de ani.
Prospectele pentru o revenire la un regim civil păreau promițătoare la începutul anului 1966. Un scrutin ordonat, desfășurat la 6 martie 1966, i-a oferit lui Julio César Méndez Montenegro, profesor de drept și candidat al Partidului Revoluționar moderat (Partido Revolucionario; PR), o pluralitate neașteptat de mare de voturi față de candidatul regimului militar, deși nu a obținut majoritatea absolută necesară pentru a fi ales. Congresul l-a ales, dar înțelegerea cu ofițerii militari la care trebuia să se ajungă înainte ca un guvern civil să poată prelua mandatul i-a subminat autoritatea. Prin urmare, speranțele de reformă au fost în mare parte zădărnicite, iar energiile administrației au fost consumate în încercările de a controla violența și terorismul în creștere. Operațiunile militare și paramilitare, cum ar fi cele conduse de colonelul Carlos Arana Osorio, au eliminat în mod substanțial gherilele rurale, dar activitatea de gherilă urbană și teroristă s-a înrăutățit.
Arana Osorio, candidatul „legii și ordinii”, a câștigat alegerile din 1970 și a restabilit imediat controlul militar. Principala sa activitate a fost „pacificarea” țării prin exterminarea „infractorilor obișnuiți” și a gherilelor de stânga. Asasinarea liderilor opoziției de stânga democratică de către așa-numitele escadroane ale morții, adesea legate de armată și de poliție, a dat naștere la convingerea că Arana încerca să elimine toți oponenții, indiferent dacă erau de stânga, de dreapta sau de centru. Cu disidența eliminată sau înăbușită, țara a cunoscut o perioadă de relativă liniște. Pe măsură ce se apropiau alegerile din 1974, optimiștii puteau găsi unele motive să spere că se pusese o nouă bază pentru reforme. Coaliția partidelor de opoziție l-a ales pe generalul Efraín Ríos Montt, un ofițer de frunte al aripii progresiste a forțelor militare, pentru a se confrunta cu generalul Kjell Laugerud García, un ofițer militar apolitic care reprezenta coaliția partidelor de dreapta.
Când rezultatele au arătat că Ríos Montt a câștigat majoritatea absolută, guvernul a suspendat brusc rapoartele electorale, a manipulat cu nerușinare rezultatele și, în cele din urmă, a anunțat că Laugerud García a obținut o pluralitate de voturi. Congresul Național, controlat de guvern, l-a ales imediat. Privat de forța morală, Laugerud García a preluat funcția de protejat al lui Arana. El s-a confruntat cu probleme legate de inflație, o serie de erupții vulcanice, precum și cu divizarea și, în consecință, slăbirea principalului său sprijin politic, Mișcarea de Eliberare Națională de dreapta. El a întâmpinat o reînnoire a violenței și terorii de stânga cu aceleași măsuri represive pe care le aplicase Arana. În 1977, Statele Unite, sub conducerea președintelui Jimmy Carter, au întrerupt asistența militară acordată Guatemalei din cauza încălcării drepturilor omului.
Planul de manipulare electorală stabilit în 1974 a persistat în alegerile ulterioare. Generalul Romeo Lucas García, declarat câștigător în 1978 după o altă numărătoare suspectă, a prezidat un regim care, în esență, l-a continuat pe cel al lui Laugerud. Ambele administrații s-au confruntat cu problemele țării cu resurse mult diminuate în urma cutremurului devastator din februarie 1976, care a lăsat peste 20.000 de morți și 1.000.000 de persoane fără adăpost.
Un factor major în ambele administrații a fost descoperirea de petrol în nordul Guatemalei. Deoarece se credea că zăcământul se întinde peste Belize (fostul Honduras britanic până în 1973) până la platoul continental, s-a căutat rezolvarea revendicărilor persistente și conflictuale privind granițele și teritoriile. La 11 martie 1981, Guatemala, Marea Britanie și Belize au ajuns la un acord preliminar, dar nu s-a ajuns la o înțelegere finală, iar în septembrie 1981 Marea Britanie a acordat independența Belize-ului, în ciuda protestului Guatemalei. Descoperirea petrolului a fost, de asemenea, considerată de unii ca fiind la originea violențelor guvernamentale în regiunile din nord, populate în mare parte de indieni. Devastarea care a avut loc acolo a împins mii de indieni în Mexic, sugerând că administrația ar putea curăța terenuri pentru ca alții să și le însușească. Ca urmare, indienii s-au mutat în număr fără precedent în mișcările de gherilă.
În alegerile din martie 1982, candidatul coaliției guvernamentale a fost declarat câștigător. Cu toate acestea, la 23 martie, tineri ofițeri ai armatei au preluat controlul guvernului și au instalat o juntă condusă de generalul Ríos Montt, căruia îi fusese refuzată președinția în 1974.
Ríos Montt a dizolvat junta și a promis că va eradica corupția, va desființa faimoasele escadroane ale morții și va pune capăt războiului de gherilă. Cu toate acestea, noul lider nu a reușit să își respecte promisiunile, iar condițiile din Guatemala s-au înrăutățit. Politicile economice ale lui Ríos Montt nu au fost eficiente, iar violența politică pe care acesta promisese să o pună capăt a fost în curând reluată cu o intensitate și mai mare, forțând din nou mulți țărani să fugă în Mexic și împingându-i pe alții în taberele de gherilă, alimentând astfel insurgența. Protestant într-o țară în mare parte romano-catolică, Ríos Montt nu a obținut niciodată un sprijin politic larg.
În august 1983, Ríos Montt a fost răsturnat de generalul Oscar Humberto Mejía Víctores, care a promis o revenire rapidă la procesul democratic. Cu toate acestea, violențele au continuat în mediul rural, iar Statele Unite, căutând îmbunătățiri în domeniul drepturilor omului, au restricționat ajutorul economic acordat noului regim. Ajutorul militar fusese restrâns încă din 1977. Alegerile pentru o adunare constituantă au avut loc în iulie 1984, iar partidele de centru au obținut aproximativ o treime din voturi, indicând o mișcare în creștere, dar încă temătoare, de îndepărtare de guvernarea prin teroare. Condamnarea internațională a situației guvernamentale privind drepturile omului a încurajat opoziția civilă.
În mai 1985 a fost aprobată o nouă constituție, care a pus un accent mai mare pe garanțiile privind drepturile omului, iar alegerile prezidențiale desfășurate în decembrie anul următor au dus la o victorie zdrobitoare a liderului centrist al Partidului Creștin-Democrat din Guatemala, Marco Vinicio Cerezo Arévalo, care a obținut aproximativ 68% din voturi. A fost prima alegere a unui președinte civil în Guatemala după 15 ani.
Charles L. Stansifer William J. Griffith Thomas P. Anderson
Speranțele că alegerea lui Cerezo ar putea sprijini reformele în domeniul drepturilor omului și ar putea pune capăt războiului civil s-au năruit rapid, deoarece, încă o dată, un președinte civil nu a reușit să țină în frâu armata. Statele Unite au mărit ajutorul în anii 1980, într-un efort de a susține guvernul împotriva atacurilor de gherilă. A existat o reapariție a activității echipelor morții, în special în capitală. Diferitele bande de gherile marxiste, în mare parte verificate în timpul lui Ríos Montt și Mejía Víctores, au găsit o nouă unitate în formarea Unității Revoluționare Naționale Guatemaleze (Unidad Revolucionario Nacional Guatemalteco; URNG). O serie de tentative de lovituri de stat militare au fost înăbușite de ministrul apărării, generalul Héctor Alejandro Gramajo. Neliniștile muncitorești și țărănești au crescut, de asemenea, în timpul președinției lui Cerezo. S-au înregistrat unele progrese economice dureroase, dar insurecția și violența au continuat să crească în intensitate în anii 1990. Din cauza deteriorării situației drepturilor omului, ajutorul militar american, care fusese restabilit, a fost din nou suspendat în decembrie 1990.
.