Castillo Armas kom ud af den efterfølgende militærjunta som midlertidig præsident, og en folkeafstemning gjorde hans status officiel. Han udryddede kommunisternes indflydelse, undertrykte landbrugsreformen og knuste arbejder- og bondeforeninger med betydelig voldsomhed, men han blev selv fældet af en snigmorderkugle i juli 1957. I de næste ni år regerede militærfolk med ringe respekt for kongressen eller valg. Under disse regimer blev de sociale reformer, som revolutionen i 1944 havde lovet, forpurret, hvilket gjorde modvillige dele af befolkningen mere og mere modtagelige over for guerillamodstand. Fidel Castros sejr over en militærregering i Cuba i 1959 inspirerede også de guatemalanske oprørere, hvilket førte til en ond cirkel af vold og undertrykkelse især på landet, der skulle vare de næste 36 år.
Udsigterne til en tilbagevenden til civilt styre virkede lovende i begyndelsen af 1966. Et velordnet valg den 6. marts 1966 gav Julio César Méndez Montenegro, en juraprofessor og kandidat for det moderate revolutionære parti (Partido Revolucionario; PR), et uventet stort flertal af stemmer over militærregimets kandidat, men ikke det absolutte flertal, der kræves for at blive valgt. Kongressen valgte ham, men den aftale med de militære officerer, der skulle indgås, før en civil regering kunne træde til, underminerede hans autoritet. Håbet om reformer blev derfor i vid udstrækning frustreret, og administrationens kræfter blev brugt på at forsøge at kontrollere den stigende vold og terrorisme. Militære og paramilitære operationer som dem, der blev gennemført af oberst Carlos Arana Osorio, eliminerede i væsentlig grad guerillaen i landdistrikterne, men guerilla- og terroraktiviteterne i byerne blev forværret.
Arana Osorio, “lov og orden”-kandidaten, vandt valget i 1970 og genindførte straks den militære kontrol. Hans vigtigste aktivitet var “pacificering” af landet ved at udrydde “vaneforbrydere” og venstreorienterede guerillaer. Mordet på oppositionsledere fra den demokratiske venstrefløj af såkaldte dødspatruljer, der ofte var knyttet til militæret og politiet, gav anledning til den overbevisning, at Arana forsøgte at eliminere alle modstandere, uanset om de var til venstre, højre eller midten. Da de uenige blev udryddet eller nedtonet, oplevede landet en periode med relativ ro. Da valget i 1974 nærmede sig, kunne optimisterne finde en vis grund til at håbe på, at der var blevet lagt et nyt grundlag for reformer. Koalitionen af oppositionspartier valgte general Efraín Ríos Montt, en ledende officer fra militærets progressive fløj, til at kæmpe mod general Kjell Laugerud García, en upolitisk militærofficer, der repræsenterede koalitionen af højreorienterede partier.
Da resultaterne viste, at Ríos Montt havde vundet et absolut flertal, suspenderede regeringen pludselig valgrapporterne, manipulerede skamløst med resultaterne og meddelte til sidst, at Laugerud García havde vundet et flertal af stemmerne. Den regeringskontrollerede nationalkongres valgte ham straks. Laugerud García blev frataget sin moralske styrke og trådte ind i embedet som Aranas protegé. Han stod over for problemer med inflation, en række vulkanudbrud og splittelse og deraf følgende svækkelse af hans vigtigste politiske støtte, den højreorienterede nationale befrielsesbevægelse. Han mødte en fornyelse af venstreorienteret vold og terror med de samme undertrykkende foranstaltninger, som Arana havde anvendt. I 1977 afbrød USA under præsident Jimmy Carter den militære bistand til Guatemala på grund af landets krænkelse af menneskerettighederne.
Det mønster af valgmanipulation, der blev fastlagt i 1974, fortsatte ved de efterfølgende valg. General Romeo Lucas García, der blev erklæret vinder i 1978 efter endnu en mistænkelig optælling, stod i spidsen for et regime, der i det væsentlige var en fortsættelse af Laugerud-regimet. Begge regeringer konfronterede landets problemer med ressourcer, der var stærkt reduceret efter det ødelæggende jordskælv i februar 1976, som efterlod mere end 20.000 mennesker døde og 1.000.000.000 hjemløse.
En vigtig faktor for begge regeringer var opdagelsen af olie i det nordlige Guatemala. Da man mente, at forekomsten strakte sig over Belize (tidligere britisk Honduras indtil 1973) til kontinentalsoklen, søgte man at finde en løsning på vedvarende, modstridende grænse- og territoriale krav. Den 11. marts 1981 nåede Guatemala, Storbritannien og Belize frem til en foreløbig aftale, men der blev ikke opnået en endelig løsning, og i september 1981 gav Storbritannien Belize uafhængighed efter protester fra Guatemala. Fundet af olie blev også af nogle anset for at ligge bag regeringens voldshandlinger i de overvejende indiansk befolkede områder i den nordlige del af landet. De ødelæggelser, der fandt sted der, drev tusindvis af indianere til Mexico, hvilket tydede på, at regeringen måske var i færd med at rydde land, som andre kunne tilegne sig. Som følge heraf flyttede indianerne i et hidtil uset antal ind i guerillabevægelserne.
I valget i marts 1982 blev regeringskoalitionens kandidat erklæret som vinder. Den 23. marts greb unge hærofficerer imidlertid regeringen og indsatte en junta under ledelse af general Ríos Montt, der var blevet nægtet præsidentposten i 1974.
Ríos Montt opløste juntaen og lovede at udrydde korruptionen, opløse de berygtede dødspatruljer og afslutte guerillakrigen. Den nye leder fulgte imidlertid ikke sine løfter, og forholdene i Guatemala blev forværret. Ríos Montts økonomiske politik var ikke effektiv, og den politiske vold, som han havde lovet at gøre en ende på, blev snart genoptaget med endnu større intensitet, hvilket igen tvang mange bønder til at flygte til Mexico og drev andre ind i guerillalejre, hvilket gav næring til oprøret. Ríos Montt var protestant i et overvejende romersk-katolsk land og fik aldrig bred politisk støtte.
I august 1983 blev Ríos Montt styrtet af general Oscar Humberto Mejía Víctores, som lovede en hurtig tilbagevenden til den demokratiske proces. Volden fortsatte imidlertid på landet, og USA, der ønskede forbedringer på menneskerettighedsområdet, begrænsede den økonomiske bistand til det nye regime. Den militære bistand var blevet indskrænket siden 1977. Der blev afholdt valg til en forfatningsgivende forsamling i juli 1984, og partierne i centrum fik omkring en tredjedel af stemmerne, hvilket tyder på en voksende, men stadig frygtsom bevægelse væk fra en regering ved terror. Den internationale fordømmelse af regeringens menneskerettighedssituation gav opmuntring til den civile opposition.
En ny forfatning, der lagde større vægt på menneskerettighedsgarantier, blev godkendt i maj 1985, og præsidentvalget, der blev afholdt i december 1985, gav en jordskredssejr til lederen af det kristelig-demokratiske parti i Guatemala, Marco Vinicio Cerezo Arévalo, der fik ca. 68% af stemmerne. Det var det første valg af en civil præsident i Guatemala i 15 år.
Charles L. Stansifer William J. Griffith Thomas P. Anderson
Håbet om, at Cerezos valg kunne støtte menneskerettighedsreformer og afslutte borgerkrigen, blev hurtigt skuffet, da det endnu en gang ikke lykkedes en civil præsident at holde militæret i skak. USA øgede støtten i 1980’erne i et forsøg på at støtte regeringen mod guerillaangreb. Der var en genopblussen af dødspatruljenes aktiviteter, især i hovedstaden. De forskellige grupper af marxistiske guerillaer, der stort set var blevet kontrolleret i Ríos Montts og Mejía Víctores’ tid, fandt en ny enhed i form af Guatemalas nationale revolutionære enhed (Unidad Revolucionario Nacional Guatemalteco; URNG). En række forsøg på militærkupforsøg blev slået ned af forsvarsminister Héctor Alejandro Gramajo. Arbejder- og bondeuroligheder tog også til under Cerezos præsidentperiode. Der blev gjort nogle smertefulde økonomiske fremskridt, men oprøret og volden fortsatte med at vokse i intensitet ind i 1990’erne. På grund af den forværrede menneskerettighedssituation blev USA’s militærstøtte, som var blevet genoprettet, igen suspenderet i december 1990.