Castillo Armas émerge de la junte militaire qui en résulte comme président provisoire, et un plébiscite rend son statut officiel. Il extirpe l’influence communiste, annule la réforme agraire et brise les syndicats ouvriers et paysans avec une violence considérable, mais il est lui-même abattu par la balle d’un assassin en juillet 1957. Pendant les neuf années suivantes, des militaires ont gouverné avec peu de respect pour le Congrès ou les élections. Au cours de ces régimes, le fait que les réformes sociales promises par la révolution de 1944 aient été contrecarrées a rendu les éléments rétifs de la population de plus en plus réceptifs à la résistance de la guérilla. La victoire de Fidel Castro sur un gouvernement militaire à Cuba en 1959 a également inspiré les rebelles guatémaltèques, entraînant un cercle vicieux de violence et de répression, en particulier dans les campagnes, qui durera pendant les 36 années suivantes.
Les perspectives de retour à un régime civil semblaient prometteuses au début de 1966. Une élection ordonnée le 6 mars 1966 a donné à Julio César Méndez Montenegro, un professeur de droit et le candidat du Parti révolutionnaire modéré (Partido Revolucionario ; PR), une pluralité inattendue de voix sur le candidat du régime militaire, mais pas la majorité absolue requise pour l’élection. Le Congrès l’a élu, mais l’accord avec les officiers militaires qui devait être conclu avant qu’un gouvernement civil puisse entrer en fonction a sapé son autorité. Les espoirs de réforme ont donc été largement frustrés et l’administration a consacré toute son énergie à tenter de contrôler la violence et le terrorisme croissants. Les opérations militaires et paramilitaires telles que celles menées par le colonel Carlos Arana Osorio éliminèrent substantiellement la guérilla rurale, mais l’activité de la guérilla urbaine et du terrorisme s’aggrava.
Arana Osorio, le candidat de la « loi et de l’ordre », remporta l’élection de 1970 et rétablit immédiatement le contrôle militaire. Sa principale activité fut la « pacification » du pays par l’extermination des « criminels habituels » et des guérillas de gauche. L’assassinat de leaders de l’opposition de la gauche démocratique par des escadrons de la mort, souvent liés à l’armée et à la police, a donné lieu à la conviction qu’Arana tentait d’éliminer tous les opposants, qu’ils soient de gauche, de droite ou du centre. La dissidence étant éliminée ou étouffée, le pays connaît une période de calme relatif. À l’approche des élections de 1974, les optimistes pouvaient trouver quelques raisons d’espérer qu’une nouvelle base avait été jetée pour la réforme. La coalition des partis d’opposition a choisi le général Efraín Ríos Montt, un officier de premier plan de l’aile progressiste des forces militaires, pour affronter le général Kjell Laugerud García, un officier militaire apolitique représentant la coalition des partis de droite.
Lorsque les retours ont montré que Ríos Montt avait remporté la majorité absolue, le gouvernement a brusquement suspendu les rapports d’élection, manipulé effrontément les résultats et finalement annoncé que Laugerud García avait remporté une pluralité de votes. Le Congrès national, contrôlé par le gouvernement, l’a rapidement élu. Privé de sa force morale, Laugerud García prend ses fonctions en tant que protégé d’Arana. Il est confronté à des problèmes d’inflation, à une série d’éruptions volcaniques, à la division et à l’affaiblissement consécutif de son principal soutien politique, le Mouvement de libération nationale de droite. Il fait face à un regain de violence et de terreur de la part de la gauche avec les mêmes mesures répressives qu’Arana avait appliquées. En 1977, les États-Unis, sous la présidence de Jimmy Carter, ont coupé l’aide militaire au Guatemala en raison de sa violation des droits de l’homme.
Le modèle de manipulation électorale établi en 1974 a persisté lors des élections suivantes. Le général Romeo Lucas García, déclaré vainqueur en 1978 après un autre décompte suspect, a présidé un régime qui a essentiellement poursuivi celui de Laugerud. Les deux administrations ont fait face aux problèmes du pays avec des ressources fortement réduites par le tremblement de terre dévastateur de février 1976, qui a fait plus de 20 000 morts et 1 000 000 de sans-abri.
Un facteur majeur dans les deux administrations a été la découverte de pétrole dans le nord du Guatemala. Comme on pensait que le gisement s’étendait à travers le Belize (anciennement Honduras britannique jusqu’en 1973) jusqu’au plateau continental, on a cherché à résoudre les revendications frontalières et territoriales persistantes et conflictuelles. Le 11 mars 1981, le Guatemala, la Grande-Bretagne et le Belize sont parvenus à un accord préliminaire, mais aucun règlement définitif n’a été conclu et, en septembre 1981, la Grande-Bretagne a accordé l’indépendance au Belize malgré les protestations du Guatemala. La découverte de pétrole est également considérée par certains comme étant à l’origine de la violence gouvernementale dans les régions du nord, largement peuplées d’Indiens. La dévastation qui s’y est produite a poussé des milliers d’Indiens à se rendre au Mexique, laissant entendre que l’administration pourrait défricher des terres pour que d’autres se les approprient. En conséquence, les Indiens se sont déplacés en nombre sans précédent dans les mouvements de guérilla.
Lors des élections de mars 1982, le candidat de la coalition gouvernementale a été déclaré vainqueur. Le 23 mars, cependant, de jeunes officiers de l’armée s’emparent du gouvernement et installent une junte dirigée par le général Ríos Montt, à qui l’on avait refusé la présidence en 1974.
Ríos Montt dissout la junte et s’engage à éradiquer la corruption, à démanteler les célèbres escadrons de la mort et à mettre fin à la guérilla. Le nouveau dirigeant n’a cependant pas donné suite à ses promesses et les conditions au Guatemala ont empiré. Les politiques économiques de Ríos Montt n’ont pas été efficaces, et la violence politique à laquelle il avait promis de mettre fin a rapidement repris avec encore plus d’intensité, forçant à nouveau de nombreux paysans à fuir au Mexique et en poussant d’autres dans les camps de guérilla, alimentant ainsi l’insurrection. Protestant dans un pays majoritairement catholique, Ríos Montt n’a jamais obtenu un large soutien politique.
En août 1983, Ríos Montt est renversé par le général Oscar Humberto Mejía Víctores, qui promet un retour rapide au processus démocratique. La violence se poursuit cependant dans les campagnes et les États-Unis, soucieux d’améliorer les droits de l’homme, limitent l’aide économique au nouveau régime. L’aide militaire avait été réduite depuis 1977. Des élections pour une assemblée constituante ont eu lieu en juillet 1984, et les partis du centre ont obtenu environ un tiers des voix, ce qui indique un mouvement croissant, mais toujours craintif, d’abandon du gouvernement par la terreur. La condamnation internationale du bilan du gouvernement en matière de droits de l’homme a encouragé l’opposition civile.
Une nouvelle constitution, mettant davantage l’accent sur les garanties en matière de droits de l’homme, a été approuvée en mai 1985, et les élections présidentielles qui ont eu lieu en décembre suivant ont donné lieu à une victoire écrasante du chef du Parti démocrate chrétien guatémaltèque centriste, Marco Vinicio Cerezo Arévalo, qui a obtenu quelque 68 % des voix. C’était la première élection d’un président civil au Guatemala depuis 15 ans.
Charles L. Stansifer William J. Griffith Thomas P. Anderson
Les espoirs que l’élection de Cerezo pourrait soutenir les réformes des droits de l’homme et mettre fin à la guerre civile ont été rapidement déçus, car une fois de plus un président civil n’a pas réussi à contenir les militaires. Les États-Unis ont augmenté leur aide dans les années 1980 dans le but de soutenir le gouvernement contre les attaques de la guérilla. On assiste à une résurgence des activités des escadrons de la mort, en particulier dans la capitale. Les diverses bandes de guérillas marxistes, largement contrôlées à l’époque de Ríos Montt et de Mejía Víctores, trouvent une nouvelle unité dans la formation de l’Unité révolutionnaire nationale guatémaltèque (Unidad Revolucionario Nacional Guatemalteco ; URNG). Une série de tentatives de coups d’État militaires sont réprimées par le ministre de la défense, le général Héctor Alejandro Gramajo. L’agitation ouvrière et paysanne a également augmenté pendant la présidence de Cerezo. Quelques progrès économiques douloureux ont été réalisés, mais l’insurrection et la violence ont continué à s’intensifier dans les années 90. En raison de la détérioration de la situation des droits de l’homme, l’aide militaire américaine, qui avait été rétablie, a de nouveau été suspendue en décembre 1990.