Castillo Armas blev provisorisk president från militärjuntan, och en folkomröstning gjorde hans status officiell. Han utplånade kommunisternas inflytande, krossade jordbruksreformen och bröt ner fackföreningar för arbetare och bönder med betydande våld, men han själv fälldes av en lönnmördares kula i juli 1957. Under de följande nio åren styrde militärer med liten respekt för kongressen eller val. Under dessa regimer gjorde motarbetandet av de sociala reformer som utlovades av revolutionen 1944 att motsträviga delar av befolkningen blev alltmer mottagliga för gerillamotstånd. Fidel Castros seger över en militärregering på Kuba 1959 inspirerade också de guatemalanska rebellerna, vilket ledde till en ond cirkel av våld och förtryck, särskilt på landsbygden, som skulle pågå under de kommande 36 åren.
Utsikterna för en återgång till civilt styre verkade lovande i början av 1966. Ett ordnat val den 6 mars 1966 gav Julio César Méndez Montenegro, professor i juridik och kandidat för det moderata revolutionära partiet (Partido Revolucionario; PR), en oväntat stor majoritet av rösterna över militärregimens kandidat, men inte den absoluta majoritet som krävdes för valet. Kongressen valde honom, men den överenskommelse med militärofficerarna som måste nås innan en civil regering kunde tillträda underminerade hans auktoritet. Förhoppningarna om reformer blev därför till stor del frustrerade, och administrationens energi gick åt till att försöka kontrollera det ökande våldet och terrorismen. Militära och paramilitära operationer som de som genomfördes av överste Carlos Arana Osorio eliminerade i stort sett landsbygdsgerillan, men stadsgerillan och terroristverksamheten förvärrades.
Arana Osorio, ”lag och ordning”-kandidaten, vann valet 1970 och återupprättade omedelbart den militära kontrollen. Hans viktigaste aktivitet var att ”pacificera” landet genom att utrota ”vanemässiga brottslingar” och vänstergerillan. Mord på oppositionsledare från den demokratiska vänstern av så kallade dödspatruller, ofta kopplade till militären och polisen, gav upphov till övertygelsen att Arana försökte eliminera alla motståndare, oavsett om de stod till vänster, höger eller mitten. När oliktänkande hade eliminerats eller tystats ner upplevde landet en period av relativt lugn. När valet 1974 närmade sig kunde optimister finna vissa skäl att hoppas att en ny grund för reformer hade lagts. Koalitionen av oppositionspartier valde general Efraín Ríos Montt, en ledande officer från den progressiva flygeln av militärstyrkorna, för att möta general Kjell Laugerud García, en opolitisk militär som representerade koalitionen av högerpartier.
När resultaten visade att Ríos Montt hade vunnit en absolut majoritet, upphävde regeringen plötsligt valrapporterna, manipulerade skamlöst resultaten och meddelade till slut att Laugerud García hade vunnit en majoritet av rösterna. Den regeringskontrollerade nationalkongressen valde honom omedelbart. Laugerud García, som berövats sin moraliska styrka, tillträdde som Aranas skyddsling. Han ställdes inför problem med inflation, en rad vulkanutbrott samt splittring och därmed försvagning av sitt viktigaste politiska stöd, den högerextrema nationella befrielserörelsen. Han mötte ett förnyat vänstervåld och vänsterterror med samma repressiva åtgärder som Arana hade tillämpat. År 1977 avbröt Förenta staterna, under president Jimmy Carter, det militära stödet till Guatemala på grund av landets kränkningar av de mänskliga rättigheterna.
Mönstret av valmanipulationer som inleddes 1974 kvarstod i de efterföljande valen. General Romeo Lucas García, som förklarades vinnare 1978 efter ännu en misstänkt rösträkning, ledde en regim som i huvudsak fortsatte Laugeruds regim. Båda regeringarna konfronterade landets problem med resurser som var kraftigt reducerade efter den förödande jordbävningen i februari 1976, som lämnade mer än 20 000 människor döda och 1 000 000 hemlösa.
En viktig faktor för båda regeringarna var upptäckten av olja i norra Guatemala. Eftersom fyndigheten ansågs sträcka sig över Belize (tidigare Brittiska Honduras fram till 1973) till kontinentalsockeln, försökte man lösa ihållande, motstridiga gräns- och territoriella anspråk. Den 11 mars 1981 nådde Guatemala, Storbritannien och Belize en preliminär överenskommelse, men någon slutlig uppgörelse nåddes inte, och i september 1981 beviljade Storbritannien Belize självständighet mot Guatemalas protest. Upptäckten av olja ansågs också av vissa ligga bakom regeringens våld i de till stor del indianbefolkade regionerna i norr. Den förödelse som inträffade där drev tusentals indianer till Mexiko, vilket tydde på att regeringen kanske höll på att röja mark så att andra kunde ta den i besittning. Som ett resultat av detta flyttade indianer i ett aldrig tidigare skådat antal till gerillarörelserna.
I valet i mars 1982 förklarades regeringskoalitionens kandidat som vinnare. Den 23 mars grep dock unga arméofficerare regeringen och tillsatte en junta under ledning av general Ríos Montt, som hade nekats presidentposten 1974.
Ríos Montt upplöste juntan och lovade att utrota korruptionen, upplösa de ökända dödspatrullerna och avsluta gerillakriget. Den nya ledaren lyckades dock inte fullfölja sina löften och förhållandena i Guatemala försämrades. Ríos Montts ekonomiska politik var inte effektiv, och det politiska våld som han hade lovat att stoppa återupptogs snart med ännu större intensitet, vilket återigen tvingade många bönder att fly till Mexiko och drev andra till gerillaläger, vilket gav bränsle åt upproret. Ríos Montt var protestant i ett till stor del katolskt land och fick aldrig något brett politiskt stöd.
I augusti 1983 störtades Ríos Montt av general Oscar Humberto Mejía Víctores, som lovade en snabb återgång till den demokratiska processen. Våldet fortsatte dock på landsbygden, och USA, som ville förbättra de mänskliga rättigheterna, begränsade det ekonomiska stödet till den nya regimen. Det militära stödet hade begränsats sedan 1977. Val till en konstituerande församling hölls i juli 1984, och centerpartierna fick ungefär en tredjedel av rösterna, vilket tyder på en växande men fortfarande fruktad rörelse bort från regering genom terror. Det internationella fördömandet av regeringens människorättssituation uppmuntrade den civila oppositionen.
En ny konstitution, med större betoning på garantier för de mänskliga rättigheterna, godkändes i maj 1985, och presidentvalet som hölls i december följande år resulterade i en jordskredsseger för ledaren för det kristdemokratiska kristdemokratiska partiet i Guatemala, Marco Vinicio Cerezo Arévalo, som fick cirka 68 procent av rösterna. Det var det första valet av en civil president i Guatemala på 15 år.
Charles L. Stansifer William J. Griffith Thomas P. Anderson
Förhoppningar om att valet av Cerezo skulle kunna stödja människorättsreformer och avsluta inbördeskriget grusades snabbt, eftersom en civil president än en gång misslyckades med att hålla tillbaka militären. USA ökade biståndet under 1980-talet i ett försök att stödja regeringen mot gerillaattacker. Dödsskvadronerna återuppstod, särskilt i huvudstaden. De olika banden av marxistisk gerilla, som till stor del kontrollerats under Ríos Montts och Mejía Víctores tid, fann en ny enhet i och med bildandet av Guatemalas nationella revolutionära enhet (Unidad Revolucionario Nacional Guatemalteco, URNG). En rad försök till militärkupper slogs ner av försvarsministern, general Héctor Alejandro Gramajo. Oroligheter bland arbetare och bönder ökade också under Cerezos presidentskap. Vissa smärtsamma ekonomiska framsteg gjordes, men upproret och våldet fortsatte att öka i intensitet in på 1990-talet. På grund av den försämrade situationen för de mänskliga rättigheterna avbröts USA:s militära bistånd, som hade återupprättats, återigen i december 1990.