Castillo Armas nousi sen seurauksena syntyneestä sotilasjuntasta väliaikaiseksi presidentiksi, ja kansanäänestys teki hänen asemastaan virallisen. Hän kitki kommunistien vaikutusvallan, tukahdutti maatalousuudistuksen ja murskasi työväen- ja talonpoikaisliitot huomattavan väkivaltaisesti, mutta hänet itse kaatui salamurhaajan luodista heinäkuussa 1957. Seuraavat yhdeksän vuotta hallitsivat sotilaat, jotka eivät juurikaan kunnioittaneet kongressia tai vaaleja. Näiden hallitusten aikana vuoden 1944 vallankumouksen lupaamien sosiaalisten uudistusten epäonnistuminen sai levottomat väestöryhmät suhtautumaan yhä herkemmin sissivastarintaan. Fidel Castron voitto Kuuban sotilashallituksesta vuonna 1959 innoitti myös Guatemalan kapinallisia, mikä johti väkivallan ja sorron noidankehään erityisesti maaseudulla, joka kesti seuraavat 36 vuotta.
Näkymät paluusta siviilihallintoon näyttivät lupaavilta vuoden 1966 alussa. Maaliskuun 6. päivänä 1966 järjestetyissä vaaleissa Julio César Méndez Montenegro, oikeustieteen professori ja maltillisen vallankumouspuolueen (Partido Revolucionario; PR) ehdokas, sai odottamattoman suuren ääntenenemmistön sotilashallinnon ehdokkaaseen nähden, vaikkakaan ei vaaleihin vaadittavaa ehdotonta enemmistöä. Kongressi valitsi hänet, mutta yhteisymmärrys sotilasvirkamiesten kanssa, joka oli saavutettava ennen kuin siviilihallitus saattoi astua virkaan, horjutti hänen valtaansa. Toiveet uudistuksista jäivät näin ollen suurelta osin toteutumatta, ja hallinnon energia kului yrityksiin hallita lisääntyvää väkivaltaa ja terrorismia. Sotilaalliset ja puolisotilaalliset operaatiot, kuten eversti Carlos Arana Osorion johtamat operaatiot, eliminoivat olennaisesti maaseudun sissit, mutta kaupunkien sissitoiminta ja terrorismi pahenivat.
Arana Osorio, ”laki ja järjestys” -ehdokas, voitti vuoden 1970 vaalit ja palautti välittömästi sotilaallisen valvonnan. Hänen tärkein toimintansa oli maan ”rauhoittaminen” tuhoamalla ”taparikolliset” ja vasemmistosissit. Demokraattisen vasemmiston oppositiojohtajien salamurhat niin sanottujen kuolemanpartioiden toimesta, jotka olivat usein yhteydessä armeijaan ja poliisiin, antoivat aihetta uskoa, että Arana pyrki eliminoimaan kaikki vastustajat, olivatpa he sitten vasemmistolaisia, oikeistolaisia tai keskustalaisia. Kun toisinajattelu oli eliminoitu tai vaiennettu, maassa elettiin suhteellisen hiljaista aikaa. Vuoden 1974 vaalien lähestyessä optimisteilla oli syytä toivoa, että uudistuksille oli luotu uusi perusta. Oppositiopuolueiden koalitio valitsi kenraali Efraín Ríos Monttin, armeijan edistysmielisen siiven johtavan upseerin, asettumaan vastakkain kenraali Kjell Laugerud Garcían kanssa, joka oli poliittisesti sitoutumaton sotilas ja edusti oikeistopuolueiden koalitiota.
Kun vaalitulokset osoittivat Ríos Monttin voittaneen absoluuttisen enemmistön, hallitus keskeytti yllättäen vaalitilannekatsausten toimittamisen kokonaan, vääristeli röyhkeästi vaalituloksia ja ilmoitti lopulta Laugerud Garcían saaneen ääntenemmistön. Hallituksen hallitsema kansalliskongressi valitsi hänet välittömästi. Moraalisen voimansa menettänyt Laugerud García astui virkaansa Aranan suojattina. Hän joutui kohtaamaan inflaatio-ongelmia, tulivuorenpurkausten sarjan sekä tärkeimmän poliittisen tukijansa, oikeistolaisen Kansallisen vapautusliikkeen, hajaannuksen ja siitä johtuvan heikentymisen. Hän vastasi vasemmiston väkivallan ja terrorin uusiutumiseen samoilla tukahduttamistoimilla, joita Arana oli soveltanut. Vuonna 1977 Yhdysvallat lopetti presidentti Jimmy Carterin johdolla sotilaallisen avun Guatemalalle, koska maa rikkoi ihmisoikeuksia.
Vuonna 1974 alkanut vaalien manipulointi jatkui myös seuraavissa vaaleissa. Kenraali Romeo Lucas García, joka julistettiin voittajaksi vuonna 1978 toisen epäilyttävän laskennan jälkeen, johti hallintoa, joka jatkoi pääosin Laugerudin hallintoa. Molemmat hallinnot kohtasivat maan ongelmat resursseilla, jotka olivat huomattavasti pienentyneet helmikuun 1976 tuhoisan maanjäristyksen jäljiltä, jonka seurauksena yli 20 000 ihmistä kuoli ja 1 000 000 ihmistä jäi kodittomaksi.
Kummassakin hallinnossa merkittävä tekijä oli öljyn löytyminen Pohjois-Gatemalasta. Koska esiintymän uskottiin ulottuvan Belizen (entinen Brittiläinen Honduras vuoteen 1973 asti) halki mannerjalustalle, haettiin ratkaisua sitkeisiin, ristiriitaisiin raja- ja aluevaatimuksiin. Guatemala, Iso-Britannia ja Belize pääsivät 11. maaliskuuta 1981 alustavaan sopimukseen, mutta lopulliseen ratkaisuun ei päästy, ja syyskuussa 1981 Iso-Britannia myönsi Belizelle itsenäisyyden Guatemalan vastalauseesta huolimatta. Joidenkin mielestä öljylöytö oli myös hallituksen väkivaltaisuuksien taustalla pohjoisilla, suurelta osin intiaanien asuttamilla alueilla. Siellä tapahtuneet tuhot ajoivat tuhansia intiaaneja Meksikoon, mikä viittaa siihen, että hallinto saattoi raivata maita muiden käyttöön. Tämän seurauksena intiaaneja siirtyi ennennäkemättömän paljon sissiliikkeisiin.
Maaliskuun 1982 vaaleissa hallituksen koalition ehdokas julistautui voittajaksi. Maaliskuun 23. päivänä nuoret armeijan upseerit kaappasivat kuitenkin hallituksen ja asettivat juntan, jota johti kenraali Ríos Montt, jolta oli evätty presidenttiys vuonna 1974.
Ríos Montt hajotti juntan ja lupasi kitkeä korruption, hajottaa pahamaineiset kuolemanpartiot ja lopettaa sissisodan. Uusi johtaja ei kuitenkaan pitänyt lupauksiaan, ja Guatemalan olot huononivat. Ríos Monttin talouspolitiikka ei ollut tehokasta, ja poliittinen väkivalta, jonka Ríos Montt oli luvannut lopettaa, uusiutui pian entistä voimakkaampana, mikä pakotti jälleen monet talonpojat pakenemaan Meksikoon ja ajoi toiset sissien leireihin, mikä ruokki kapinaa. Ríos Montt, joka oli protestantti suurelta osin roomalaiskatolisessa maassa, ei koskaan saanut laajaa poliittista kannatusta.
Elokuussa 1983 Ríos Monttin syrjäytti kenraali Oscar Humberto Mejía Víctores, joka lupasi nopean paluun demokraattiseen prosessiin. Väkivaltaisuudet jatkuivat kuitenkin maaseudulla, ja Yhdysvallat, joka pyrki parantamaan ihmisoikeuksia, rajoitti taloudellisen avun antamista uudelle hallinnolle. Sotilaallista apua oli vähennetty vuodesta 1977 lähtien. Perustuslakia säätävän kokouksen vaalit pidettiin heinäkuussa 1984, ja keskustapuolueet saivat noin kolmanneksen äänistä, mikä osoitti kasvavaa mutta edelleen pelonsekaista liikehdintää pois terrorihallinnosta. Hallituksen ihmisoikeustilanteen kansainvälinen tuomitseminen rohkaisi siviilioppositiota.
Toukokuussa 1985 hyväksyttiin uusi perustuslaki, jossa painotettiin enemmän ihmisoikeustakuita, ja seuraavassa joulukuussa pidetyt presidentinvaalit tuottivat murskavoiton keskustalaiselle Guatemalan kristillisdemokraattisen puolueen johtajalle Marco Vinicio Cerezo Arévalolle, joka sai noin 68 prosenttia äänistä. Kyseessä oli ensimmäinen siviilipresidentin vaali Guatemalassa 15 vuoteen.
Charles L. Stansifer William J. Griffith Thomas P. Anderson
Toiveet siitä, että Cerezon valinta voisi tukea ihmisoikeusuudistuksia ja lopettaa sisällissodan, kariutuivat nopeasti, sillä jälleen kerran siviilipresidentti ei onnistunut hillitsemään armeijaa. Yhdysvallat lisäsi 1980-luvulla apuaan pyrkiessään pitämään hallitusta pystyssä sissien hyökkäyksiä vastaan. Kuolemanpartioiden toiminta lisääntyi uudelleen erityisesti pääkaupungissa. Ríos Monttin ja Mejía Víctoresin aikana tarkastetut marxilaiset sissiryhmät löysivät uuden yhtenäisyyden perustamalla Guatemalan kansallisen vallankumouksellisen yhtenäisyyden (Unidad Revolucionario Nacional Guatemalteco; URNG). Puolustusministeri, kenraali Héctor Alejandro Gramajo torjui useita sotilasvallankaappausyrityksiä. Myös työväen ja talonpoikien levottomuudet lisääntyivät Cerezon presidenttikaudella. Taloudessa saavutettiin jonkin verran tuskallista edistystä, mutta kapinat ja väkivaltaisuudet jatkoivat voimistumistaan 1990-luvulla. Ihmisoikeustilanteen heikkenemisen vuoksi Yhdysvaltain sotilasapu, joka oli palautettu, keskeytettiin jälleen joulukuussa 1990.