Om multilocus sequenering overbodig te maken, werd een methode met behulp van denaturerende gradiënt gel electroforese (DGGE) ontwikkeld voor de multilocus sequentie typering (MLST) van Staphylococcus aureus isolaten. Sequentietypes (ST’s) werden verkregen op basis van sequenties van polymerase kettingreactie (PCR) producten van zeven housekeeping genen en vergeleken met de referentie MLST database. De smeltcurves, sequenties en DGGE-profielen werden vergeleken voor 100 ST’s (i) om PCR-condities te bepalen met 40-mer GC-clamps bevestigd aan de voorwaartse en terugwaartse primers; (ii) om enkele restrictie-enzym sites te kiezen voor de digestie van PCR-producten in twee fragmenten elk met een GC-clamp bevestigd en (iii) om de DGGE-condities te optimaliseren. Bij de analyse van de DGGE-types (DT) werd de meerderheid van de DT’s (76/100) nauwkeurig in één ST ingedeeld (95% van de nucleotideveranderingen werd gedetecteerd), 10 DT’s werden ingedeeld in één van twee ST’s die overeenkwamen met één enkele nucleotideverwarring en 14 DT’s werden ingedeeld in 3 of 4 ST’s die overeenkwamen met 4 of 5 nucleotideverwarringen. Een combinatie van ST’s en DT’s werd gebruikt om septuplet sets van ST’s (7-ST) te verkrijgen voor 25 S. aureus isolaten. Bij vergelijking met de referentie MLST database had één methicilline-resistent S. aureus (MRSA) isolaat hetzelfde genotype als de eerste MRSA kloon. De DGGE-MLST-methode kan worden gebruikt als een snelle, nauwkeurige en 20 keer minder dure methode dan DNA-sequencing voor de detectie van alle sequentietypes. Deze gecombineerde laboratorium- en in silico-benadering zou een brede toepasbaarheid kunnen hebben, niet alleen voor MLST-methoden voor andere bacteriën, maar ook voor het screenen van multilocus nucleotideverschillen die in andere mutatiedatabases zijn opgeslagen.