Castillo Armas salió de la junta militar resultante como presidente provisional, y un plebiscito hizo oficial su estatus. Extirpó la influencia comunista, sofocó la reforma agraria y quebró los sindicatos obreros y campesinos con considerable violencia, pero él mismo fue abatido por la bala de un asesino en julio de 1957. Durante los nueve años siguientes, los militares gobernaron con escaso respeto por el Congreso o las elecciones. Durante estos regímenes, la frustración de las reformas sociales prometidas por la revolución de 1944 hizo que elementos intranquilos de la población fueran cada vez más receptivos a la resistencia guerrillera. La victoria de Fidel Castro sobre un gobierno militar en Cuba en 1959 también inspiró a los rebeldes guatemaltecos, dando lugar a un círculo vicioso de violencia y represión, especialmente en el campo, que duraría los siguientes 36 años.
Las perspectivas de un retorno al gobierno civil parecían prometedoras a principios de 1966. Unas elecciones ordenadas celebradas el 6 de marzo de 1966 dieron a Julio César Méndez Montenegro, profesor de derecho y candidato del moderado Partido Revolucionario (PR), una inesperada pluralidad de votos sobre el candidato del régimen militar, aunque no la mayoría absoluta requerida para la elección. El Congreso lo eligió, pero el entendimiento con los militares que debía alcanzarse antes de que un gobierno civil pudiera tomar posesión socavó su autoridad. Las esperanzas de reforma, por tanto, se vieron en gran medida frustradas, y las energías de la administración se consumieron en los intentos de controlar la creciente violencia y el terrorismo. Las operaciones militares y paramilitares, como las llevadas a cabo por el coronel Carlos Arana Osorio, eliminaron sustancialmente las guerrillas rurales, pero la actividad guerrillera y terrorista urbana empeoró.
Arana Osorio, el candidato de la «ley y el orden», ganó las elecciones de 1970 y restableció inmediatamente el control militar. Su principal actividad fue la «pacificación» del país mediante el exterminio de los «delincuentes habituales» y las guerrillas de izquierda. Los asesinatos de líderes opositores de la izquierda democrática por parte de los llamados escuadrones de la muerte, a menudo vinculados a los militares y a la policía, dieron lugar a la convicción de que Arana intentaba eliminar a todos los opositores, ya fueran de izquierda, de derecha o de centro. Con la disidencia eliminada o acallada, el país vivió un periodo de relativa tranquilidad. A medida que se acercaban las elecciones de 1974, los optimistas podían encontrar alguna razón para esperar que se hubieran sentado nuevas bases para la reforma. La coalición de partidos de la oposición eligió al general Efraín Ríos Montt, un oficial líder del ala progresista de las fuerzas militares, para enfrentarse al general Kjell Laugerud García, un oficial militar no político que representaba a la coalición de partidos de derecha.
Cuando los resultados mostraron que Ríos Montt había ganado la mayoría absoluta, el gobierno suspendió abruptamente los informes electorales, manipuló descaradamente los resultados y finalmente anunció que Laugerud García había ganado una pluralidad de votos. El Congreso Nacional, controlado por el gobierno, lo eligió rápidamente. Privado de fuerza moral, Laugerud García asumió el cargo como protegido de Arana. Se enfrentó a problemas de inflación, a una serie de erupciones volcánicas y a la división y consiguiente debilitamiento de su principal apoyo político, el derechista Movimiento de Liberación Nacional. Se enfrentó a una renovación de la violencia y el terror izquierdistas con las mismas medidas represivas que había aplicado Arana. En 1977, Estados Unidos, bajo el mandato del presidente Jimmy Carter, cortó la ayuda militar a Guatemala por su violación de los derechos humanos.
El patrón de manipulación electoral establecido en 1974 persistió en las elecciones posteriores. El general Romeo Lucas García, declarado ganador en 1978 tras otro recuento sospechoso, presidió un régimen que esencialmente continuó el de Laugerud. Ambas administraciones se enfrentaron a los problemas del país con recursos muy reducidos por el devastador terremoto de febrero de 1976, que dejó más de 20.000 muertos y 1.000.000 de personas sin hogar.
Un factor importante en ambas administraciones fue el descubrimiento de petróleo en el norte de Guatemala. Como se pensaba que el yacimiento se extendía a través de Belice (antes Honduras Británica hasta 1973) hasta la plataforma continental, se buscó la resolución de las persistentes y conflictivas reclamaciones fronterizas y territoriales. El 11 de marzo de 1981, Guatemala, Gran Bretaña y Belice llegaron a un acuerdo preliminar, pero no se llegó a un acuerdo definitivo, y en septiembre de 1981 Gran Bretaña concedió la independencia a Belice ante la protesta de Guatemala. Algunos pensaron que el descubrimiento de petróleo también estaba detrás de la violencia gubernamental en las regiones del norte, mayoritariamente pobladas por indios. La devastación que se produjo allí hizo que miles de indios se fueran a México, sugiriendo que la administración podría estar despejando tierras para que otros se las apropiaran. Como resultado, los indios se trasladaron en un número sin precedentes a los movimientos guerrilleros.
En las elecciones de marzo de 1982, el candidato de la coalición gubernamental fue declarado ganador. Sin embargo, el 23 de marzo, jóvenes oficiales del ejército tomaron el gobierno e instalaron una junta encabezada por el general Ríos Montt, a quien se le había negado la presidencia en 1974.
Ríos Montt disolvió la junta y prometió acabar con la corrupción, disolver los famosos escuadrones de la muerte y poner fin a la guerra de guerrillas. Sin embargo, el nuevo líder no cumplió sus promesas y la situación de Guatemala empeoró. Las políticas económicas de Ríos Montt no fueron efectivas, y la violencia política a la que había prometido poner fin pronto se renovó con mayor intensidad, obligando de nuevo a muchos campesinos a huir a México y llevando a otros a los campamentos de la guerrilla, alimentando así la insurgencia. Protestante en un país mayoritariamente católico, Ríos Montt nunca obtuvo un amplio apoyo político.
En agosto de 1983 Ríos Montt fue derrocado por el general Oscar Humberto Mejía Víctores, que prometió un rápido retorno al proceso democrático. Sin embargo, la violencia continuó en el campo y Estados Unidos, en busca de mejoras en los derechos humanos, restringió la ayuda económica al nuevo régimen. La ayuda militar se había reducido desde 1977. En julio de 1984 se celebraron elecciones para una asamblea constituyente, y los partidos de centro obtuvieron alrededor de un tercio de los votos, lo que indica un movimiento creciente, aunque todavía temeroso, de alejamiento del gobierno por el terror. La condena internacional del historial de derechos humanos del gobierno animó a la oposición civil.
En mayo de 1985 se aprobó una nueva constitución que hacía mayor hincapié en las garantías de los derechos humanos, y las elecciones presidenciales celebradas en diciembre siguiente dieron una victoria aplastante al líder del centrista Partido Demócrata Cristiano de Guatemala, Marco Vinicio Cerezo Arévalo, que obtuvo alrededor del 68% de los votos. Fue la primera elección de un presidente civil en Guatemala en 15 años.
Charles L. Stansifer William J. Griffith Thomas P. Anderson
Las esperanzas de que la elección de Cerezo pudiera apoyar las reformas en materia de derechos humanos y poner fin a la guerra civil se desvanecieron rápidamente, ya que una vez más un presidente civil no logró contener a los militares. Estados Unidos aumentó la ayuda en la década de 1980 en un esfuerzo por sostener al gobierno contra los ataques de la guerrilla. Se produjo un resurgimiento de la actividad de los escuadrones de la muerte, especialmente en la capital. Las diversas bandas de guerrilleros marxistas, en gran medida controladas en la época de Ríos Montt y Mejía Víctores, encontraron una nueva unidad en la formación de la Unidad Revolucionaria Nacional Guatemalteca (URNG). Una serie de intentos de golpes militares fueron sofocados por el ministro de defensa, el general Héctor Alejandro Gramajo. Durante la presidencia de Cerezo también aumentaron los disturbios laborales y campesinos. Se lograron algunos avances económicos dolorosos, pero la insurgencia y la violencia siguieron creciendo en intensidad en la década de 1990. Debido al deterioro de la situación de los derechos humanos, la ayuda militar de Estados Unidos, que se había restablecido, se suspendió de nuevo en diciembre de 1990.