Castillo Armas ideiglenes elnökként lépett ki a kialakult katonai juntából, és egy népszavazás hivatalossá tette státuszát. Kiirtotta a kommunista befolyást, elfojtotta az agrárreformot, és jelentős erőszakkal szétverte a munkás- és parasztszövetségeket, de őt magát 1957 júliusában egy merénylő golyója végzett vele. A következő kilenc évben katonák uralkodtak, akik alig tisztelték a kongresszust vagy a választásokat. E kormányok alatt az 1944-es forradalom által ígért szociális reformok meghiúsulása a lakosság nyugtalan elemeit egyre fogékonyabbá tette a gerilla ellenállásra. Fidel Castro 1959-es győzelme a kubai katonai kormány felett a guatemalai lázadókat is inspirálta, ami az erőszak és az elnyomás ördögi körforgásához vezetett, különösen vidéken, ami a következő 36 évig tartott.
A polgári kormányzáshoz való visszatérés kilátásai 1966 elején ígéretesnek tűntek. Az 1966. március 6-án rendezett választásokon Julio César Méndez Montenegro jogászprofesszor, a mérsékelt Forradalmi Párt (Partido Revolucionario; PR) jelöltje váratlanul nagy többséget szerzett a katonai rezsim jelöltjével szemben, bár nem érte el a választáshoz szükséges abszolút többséget. A kongresszus megválasztotta őt, de a katonatisztekkel való megegyezés, amelyet a polgári kormány hivatalba lépése előtt kellett elérni, aláásta a tekintélyét. A reformokkal kapcsolatos remények ezért nagyrészt meghiúsultak, és a kormányzat energiáit a növekvő erőszak és terrorizmus megfékezésére tett kísérletek emésztették fel. Az olyan katonai és félkatonai műveletek, mint amilyeneket Carlos Arana Osorio ezredes vezetett, lényegében felszámolták a vidéki gerillákat, de a városi gerilla- és terrorista tevékenység súlyosbodott.
Arana Osorio, a “törvény és rend” jelöltje megnyerte az 1970-es választásokat, és azonnal visszaállította a katonai ellenőrzést. Fő tevékenysége az ország “pacifikálása” volt a “megrögzött bűnözők” és a baloldali gerillák kiirtásával. A demokratikus baloldal ellenzéki vezetőinek meggyilkolása az úgynevezett halálosztagok által, amelyek gyakran a hadsereggel és a rendőrséggel álltak kapcsolatban, azt a meggyőződést keltette, hogy Arana minden ellenzékit ki akart iktatni, legyen az baloldali, jobboldali vagy középen álló. Mivel a másként gondolkodókat kiiktatták vagy elhallgattatták, az ország viszonylagos nyugalomban élt. Az 1974-es választások közeledtével az optimisták okkal reménykedhettek abban, hogy új alapokra helyezték a reformokat. Az ellenzéki pártok koalíciója Efraín Ríos Montt tábornokot, a katonai erők progresszív szárnyának vezető tisztjét választotta, hogy megmérkőzzön Kjell Laugerud García tábornokkal, a jobboldali pártok koalícióját képviselő politikamentes katonatiszttel.
Amikor a visszajelzések szerint Ríos Montt abszolút többséget szerzett, a kormány hirtelen felfüggesztette a választási jegyzőkönyveket, szemtelenül manipulálta az eredményeket, és végül bejelentette, hogy Laugerud García többséget szerzett. A kormány által ellenőrzött Nemzeti Kongresszus azonnal megválasztotta őt. Erkölcsi erejétől megfosztva Laugerud García Arana pártfogoltjaként lépett hivatalba. Az infláció, a vulkánkitörések sorozata, valamint fő politikai támogatójának, a jobboldali Nemzeti Felszabadítási Mozgalomnak a megosztottsága és ebből következően gyengülése okozta problémákkal kellett szembenéznie. A baloldali erőszak és terror kiújulására ugyanazokkal az elnyomó intézkedésekkel válaszolt, amelyeket Arana alkalmazott. 1977-ben az Egyesült Államok, Jimmy Carter elnök vezetésével, az emberi jogok megsértése miatt megszakította a katonai támogatást Guatemalának.
A választási manipuláció 1974-ben kialakult mintája a következő választásokon is folytatódott. Romeo Lucas García tábornok, akit 1978-ban egy újabb gyanús számlálás után győztesnek nyilvánítottak, olyan rendszer élén állt, amely lényegében Laugerud rendszerét folytatta. Mindkét kormányzat úgy nézett szembe az ország problémáival, hogy az 1976. februári pusztító földrengés – amely több mint 20 000 halottat és 1 000 000 hajléktalant hagyott maga után – miatt erősen megcsappantak az erőforrások.
Mindkét kormányzatban fontos tényező volt a kőolaj felfedezése Észak-Guatemalában. Mivel a lelőhelyről úgy vélték, hogy Belize (1973-ig korábban Brit-Honduras) kontinentális talapzatán átnyúlik, a tartósan fennálló, ellentétes határ- és területi követelések megoldására törekedtek. 1981. március 11-én Guatemala, Nagy-Britannia és Belize előzetes megállapodásra jutott, de végleges megegyezésre nem került sor, és 1981 szeptemberében Nagy-Britannia Guatemala tiltakozása ellenére függetlenséget adott Belize-nek. Egyesek szerint az olaj felfedezése állt a kormány erőszakos fellépésének hátterében is a nagyrészt indiánok lakta északi területeken. Az ott bekövetkezett pusztítás indiánok ezreit űzte Mexikóba, ami arra engedett következtetni, hogy a kormányzat esetleg földeket szabadít fel, hogy mások kisajátíthassák. Ennek következtében az indiánok soha nem látott számban csatlakoztak a gerillamozgalmakhoz.
Az 1982. márciusi választásokon a kormánykoalíció jelöltjét hirdették ki győztesnek. Március 23-án azonban fiatal katonatisztek elfoglalták a kormányt, és beiktattak egy juntát, amelynek élén Ríos Montt tábornok állt, akit 1974-ben megtagadták az elnökségtől.
Ríos Montt feloszlatta a juntát, és ígéretet tett a korrupció felszámolására, a hírhedt halálosztagok feloszlatására és a gerillaháború befejezésére. Az új vezető azonban nem tartotta be ígéreteit, és a guatemalai állapotok romlottak. Ríos Montt gazdaságpolitikája nem volt hatékony, és a politikai erőszak, amelynek megszüntetését ígérte, hamarosan még nagyobb intenzitással újult ki, ismét arra kényszerítve sok parasztot, hogy Mexikóba meneküljön, másokat pedig a gerillák táboraiba hajtott, ezzel is táplálva a felkelést. Ríos Montt, aki protestáns volt egy nagyrészt római katolikus országban, soha nem szerzett széles politikai támogatást.
1983 augusztusában Ríos Monttot Oscar Humberto Mejía Víctores tábornok buktatta meg, aki gyors visszatérést ígért a demokratikus folyamatokhoz. Az erőszak azonban vidéken folytatódott, és az Egyesült Államok, az emberi jogok javítására törekedve, korlátozta az új rezsimnek nyújtott gazdasági támogatást. A katonai segélyt 1977 óta korlátozták. Az 1984 júliusában tartott alkotmányozó gyűlési választásokon a centrum pártjai a szavazatok körülbelül egyharmadát szerezték meg, ami azt jelezte, hogy a terrorral való kormányzástól egyre inkább eltávolodnak, de még mindig félelemmel teli. A kormány emberi jogi teljesítményének nemzetközi elítélése bátorította a polgári ellenzéket.
1985 májusában elfogadták az új alkotmányt, amely nagyobb hangsúlyt fektetett az emberi jogi garanciákra, és a következő decemberben tartott elnökválasztáson a centrista Guatemalai Kereszténydemokrata Párt vezetője, Marco Vinicio Cerezo Arévalo elsöprő győzelmet aratott, aki a szavazatok mintegy 68 százalékát kapta. Ez volt 15 év óta az első civil elnökválasztás Guatemalában.
Charles L. Stansifer William J. Griffith Thomas P. Anderson
A remények, hogy Cerezo megválasztása támogathatja az emberi jogi reformokat és véget vethet a polgárháborúnak, gyorsan szertefoszlottak, mivel ismét egy civil elnöknek nem sikerült megfékeznie a katonaságot. Az Egyesült Államok az 1980-as években növelte a segélyeket, hogy a kormányt fenntartsa a gerillatámadásokkal szemben. A halálosztagok tevékenysége újjáéledt, különösen a fővárosban. A marxista gerillák különböző csoportjai, amelyeket Ríos Montt és Mejía Víctores idején nagyrészt megfékeztek, új egységre találtak a Guatemalai Nemzeti Forradalmi Egység (Unidad Revolucionario Nacional Guatemalteco; URNG) megalakulásában. A katonai puccskísérletek sorozatát a védelmi miniszter, Héctor Alejandro Gramajo tábornok vetette le. A Cerezo elnöksége alatt a munkás- és parasztpárti zavargások is fokozódtak. Némi fájdalmas gazdasági előrelépés történt, de a lázadás és az erőszak intenzitása az 1990-es években tovább nőtt. Az emberi jogi helyzet romlása miatt 1990 decemberében ismét felfüggesztették az Egyesült Államok katonai segélyét, amelyet korábban már visszaállítottak.