La révolte est réprimée par les nobles et les gentilshommes français menés par Charles le Mauvais de Navarre, cousin, beau-frère et ennemi mortel du Régent, dont il tente d’usurper le trône. Son armée et la force paysanne s’opposent près de Mello le 10 juin 1358, lorsque Guillaume Cale, le chef de la rébellion, est invité par Charles à des pourparlers de trêve. Sottement, il se rend dans le camp ennemi, où il est saisi par les nobles français, qui considèrent que les conventions et les normes de la chevalerie ne s’appliquent pas à lui ; il est torturé et décapité. Son armée, désormais sans chef, forte de 20 000 hommes selon le seul récit de Froissart, fortement influencé par les conventions de la chevalerie, est écrasée par des divisions de chevaliers à cheval. Au cours de la bataille de Mello qui s’ensuit et d’une campagne de terreur dans toute la région de Beauvais, chevaliers, écuyers, hommes d’armes et mercenaires parcourent la campagne en lynchant d’innombrables paysans. Maurice Dommaget note que les quelques centaines de victimes aristocratiques de la Jacquerie étaient connues en tant qu’individus par les chroniqueurs, qui détaillaient les outrages qui leur étaient infligés. On estime que 20 000 paysans anonymes furent tués dans les représailles qui suivirent.
Les derniers événements se déroulèrent à Meaux, où la citadelle imprenable était bondée de chevaliers et de leurs dames. Le 9 juin, une bande de quelque 800 roturiers armés (et non les 10 000 Jacques du récit de Froissart) sortit de Paris sous la direction d’Étienne Marcel pour soutenir le soulèvement. Comme beaucoup de paysans, ils semblent avoir considéré qu’ils agissaient au nom du roi emprisonné. Lorsque la bande de Paris se présente devant Meaux, elle est accueillie avec hospitalité par les habitants mécontents et nourrie. La forteresse, un peu à l’écart de la ville, reste inattaquable. Deux capitaines aventuriers, revenant de croisade contre les païens de Prusse, étaient à Châlons, Gaston Phébus, comte de Foix et son noble cousin gascon le Captal de Buch. L’approche de leurs lanciers bien armés encourage les nobles assiégés dans la forteresse, et une déroute générale des forces parisiennes s’ensuit. Les nobles mettent alors le feu au faubourg le plus proche de la forteresse, piégeant les bourgeois dans les flammes. Le maire de Meaux et d’autres hommes importants de la ville ont été pendus. Il y eut une pause, puis les forces menées par les nobles et les gentilshommes pillèrent la ville et les églises et mirent le feu à Meaux, qui brûla pendant deux semaines. Ils envahirent ensuite la campagne, brûlant les chaumières et les granges et massacrant tous les paysans qu’ils pouvaient trouver.
Les représailles se poursuivirent en juillet et août. Il y eut un massacre à Reims, pourtant restée fidèle à la cause royale. Senlis se défendit. Les chevaliers du Hainaut, des Flandres et du Brabant se joignent au carnage. À la suite de la déclaration d’amnistie émise par le Régent le 10 août 1358, de si lourdes amendes sont imposées aux régions qui avaient soutenu la Jacquerie qu’une fuite générale de la paysannerie s’ensuit. L’historienne Barbara Tuchman déclare : « Comme toutes les insurrections du siècle, elle fut écrasée, dès que les souverains eurent retrouvé leur sang-froid, par le poids de l’acier, et les avantages de l’homme à cheval, et l’infériorité psychologique des insurgés ».
Le récit biaisé mais vivant de Froissart peut être équilibré par les lettres d’amnistie du Régent, document qui commente plus sévèrement la réaction des nobles que le soulèvement des paysans et omet les atrocités détaillées par Froissart : « il représente les hommes du pays ouvert s’assemblant spontanément en diverses localités, pour délibérer sur les moyens de résister aux Anglais, et tout à coup, comme d’un commun accord, se retournant avec acharnement contre les nobles ».
La Jacquerie traumatise l’aristocratie. En 1872, Louis Raymond de Vericour faisait remarquer à la Royal Historical Society : « Jusqu’à ce jour, le mot « Jacquerie » ne suscite généralement pas d’autre idée que celle d’une révolte sanguinaire, inique et sans fondement d’une masse de sauvages. Chaque fois que, sur le continent, une agitation quelconque a lieu, si légère et si légitime qu’elle soit, parmi les classes les plus humbles, des voix innombrables, dans les classes supérieures, privilégiées, riches, proclament que la société est menacée d’une Jacquerie ».