Revolten slogs ned av fransk adel och adel under ledning av Karl den dålige av Navarra, kusin, svåger och dödsfiende till regenten, vars tron han försökte tillskansa sig. Hans armé och bondestyrkan ställdes mot varandra nära Mello den 10 juni 1358, när Guillaume Cale, upprorets ledare, inbjöds till vapenvilaförhandlingar av Karl. I sin enfald begav han sig till fiendens läger, där han greps av den franska adeln, som ansåg att ridderskapets konventioner och normer inte gällde för honom; han torterades och halshöggs. Hans nu ledarlösa armé, som endast i Froissarts redogörelse påstås vara 20 000 man stark, och som var starkt påverkad av romantikens konventioner, rids ner av divisioner av beridna riddare. I det efterföljande slaget vid Mello och i en skräckkampanj i hela Beauvais-regionen strövade riddare, ekipage, vapenmän och legosoldater omkring på landsbygden och lynchade oräkneliga bönder. Maurice Dommaget noterar att de få hundra aristokratiska offren för Jacquerie var kända som individer för krönikörerna, som redogjorde för de övergrepp som de utsattes för. Uppskattningsvis 20 000 anonyma bönder dödades i de repressalier som följde.
De sista händelserna utspelade sig i Meaux, där det ointagliga citadellet var överfullt av riddare och deras damer. Den 9 juni kom en grupp på cirka 800 beväpnade allmogebor (inte de 10 000 Jacques i Froissarts redogörelse) från Paris under ledning av Etienne Marcel för att stödja resningen. Liksom många av bönderna tycks de ha sett sig själva agera i den fängslade kungens namn. När bandet från Paris dök upp i Meaux togs de gästfritt emot av de missnöjda stadsborna och fick mat. Fästningen, som låg något avskild från staden, förblev ointaglig. Två kaptensäventyrare, som återvände från korståg mot hedningarna i Preussen, befann sig i Châlons, Gaston Phebus, comte de Foix och hans ädla kusin från Gascogne, Captal de Buch. När deras välbeväpnade lansers närmade sig uppmuntrade de belägrade adelsmännen i fästningen, och det följde en allmän uppryckning av den parisiska styrkan. Adeln satte sedan eld på den förort som låg närmast fästningen och fångade borgarna i lågorna. Borgmästaren i Meaux och andra framstående män i staden hängdes. Det blev en paus, sedan plundrade den styrka som leddes av adelsmännen och adeln staden och kyrkorna och satte eld på Meaux, som brann i två veckor. De överrumplade sedan landsbygden, brände stugor och lador och slaktade alla bönder de kunde hitta.
Repressalierna fortsatte under juli och augusti. Det skedde en massaker i Reims, trots att staden hade förblivit orubblig i den kungliga saken. Senlis försvarade sig. Riddarna i Hainault, Flandern och Brabant deltog i blodbadet. Efter den amnestiförklaring som utfärdades av regenten den 10 augusti 1358 utdömdes så höga böter för de regioner som hade stött Jacquerie att en allmän flykt av bönderna följde. Historikern Barbara Tuchman säger: ”Liksom varje uppror under århundradet krossades det, så snart de styrande återfick sina nerver, av stålets tyngd, fördelarna med mannen till häst och den psykologiska underlägsenheten hos de upproriska”.
Froissarts snedvridna men livfulla redogörelse kan balanseras av regentens amnestibrev, ett dokument som kommenterar adelns reaktion hårdare än böndernas resning och utelämnar de grymheter som Froissart beskriver: ”Det visar hur männen på landsbygden spontant samlas på olika platser för att diskutera hur de ska göra motstånd mot engelsmännen och plötsligt, som om de hade kommit överens med varandra, vänder sig våldsamt mot adelsmännen”.
Jacquerie traumatiserade aristokratin. År 1872 anmärkte Louis Raymond de Vericour inför Royal Historical Society: ”Än i dag ger ordet ’Jacquerie’ i allmänhet inte upphov till någon annan föreställning än den om ett blodtörstigt, orättfärdigt och grundlöst uppror av en massa vildar. Närhelst det på kontinenten sker någon agitation, hur obetydlig och legitim den än må vara, bland de enklaste klasserna, förkunnar otaliga röster, i högre, privilegierade, rika klasser, att samhället hotas av en Jacquerie”.