Revolta a fost reprimată de nobilii și nobilimea franceză condusă de Carol cel Rău de Navarra, văr, cumnat și dușman de moarte al regentului, al cărui tron încerca să îl uzurpe. Armata sa și forța țărănească s-au opus în apropiere de Mello la 10 iunie 1358, când Guillaume Cale, liderul rebeliunii, a fost invitat la discuții de armistițiu de către Carol. În mod nesăbuit, a mers în tabăra inamică, unde a fost capturat de nobilii francezi, care considerau că convențiile și standardele cavalerismului nu i se aplicau; a fost torturat și decapitat. Armata sa, acum fără conducător, despre care se afirma că ar fi fost de 20.000 de oameni doar în relatarea lui Froissart, care era puternic influențat de convențiile romanității, a fost doborâtă de divizii de cavaleri călare. În bătălia de la Mello care a urmat și într-o campanie de teroare în toată regiunea Beauvais, cavaleri, scutieri, oameni de arme și mercenari au cutreierat zona rurală linșând țărani nenumărați. Maurice Dommaget remarcă faptul că cele câteva sute de victime aristocrate ale Jacquerie erau cunoscute ca indivizi de către cronicari, care au detaliat ultragii practicate asupra lor. Se estimează că 20.000 de țărani anonimi au fost uciși în represaliile care au urmat.
Evenimentele finale s-au petrecut la Meaux, unde cetatea inexpugnabilă era plină de cavaleri și doamnele lor. La 9 iunie, un grup de aproximativ 800 de oameni de rând înarmați (nu cei 10.000 de Jacques din relatarea lui Froissart) au ieșit din Paris sub conducerea lui Etienne Marcel pentru a sprijini răscoala. La fel ca mulți dintre țărani, aceștia par să se fi considerat că acționau în numele regelui întemnițat. Când trupa de la Paris a apărut în fața orașului Meaux, a fost primită cu ospitalitate de către orășenii nemulțumiți și hrănită. Fortăreața, oarecum separată de oraș, a rămas inatacabilă. Doi căpitani aventurieri, care se întorceau din cruciada împotriva păgânilor din Prusia, se aflau la Châlons, Gaston Phebus, contele de Foix și nobilul său văr gascon, Captal de Buch. Apropierea lăncierilor lor bine înarmați i-a încurajat pe nobilii asediați în cetate și a urmat o debandadă generală a forțelor pariziene. Nobilii au incendiat apoi suburbia cea mai apropiată de cetate, prinzându-i pe burghezi în flăcări. Primarul din Meaux și alți oameni importanți din oraș au fost spânzurați. A urmat o pauză, apoi forța condusă de nobili și nobilime a jefuit orașul și bisericile și a dat foc la Meaux, care a ars timp de două săptămâni. Apoi au invadat zona rurală, arzând cabane și hambare și măcelărind toți țăranii pe care i-au găsit.
Represaliile au continuat în iulie și august. A avut loc un masacru la Reims, deși aceasta rămăsese neclintită în cauza regală. Senlis s-a apărat. Cavalerii din Hainault, Flandra și Brabant s-au alăturat măcelului. În urma declarației de amnistie emisă de regent la 10 august 1358, au fost aplicate amenzi atât de mari regiunilor care susținuseră Jacquerie, încât a urmat o fugă generală a țăranilor. Istoricul Barbara Tuchman spune: „Ca orice insurecție a secolului, a fost zdrobită, de îndată ce conducătorii și-au recăpătat curajul, de greutatea oțelului, de avantajele omului călare și de inferioritatea psihologică a insurgenților”.
Relația tendențioasă, dar vie, a lui Froissart poate fi contrabalansată de scrisorile de amnistie ale Regentului, un document care comentează mai sever reacția nobililor decât revolta țăranilor și omite atrocitățile detaliate de Froissart: „îi reprezintă pe oamenii de la țară deschisă adunându-se spontan în diferite localități, pentru a delibera asupra mijloacelor de a rezista englezilor, și brusc, ca de comun acord, se întorc cu înverșunare împotriva nobililor”
Jacquerie a traumatizat aristocrația. În 1872, Louis Raymond de Vericour a remarcat în fața Societății Regale de Istorie: „Până în ziua de azi, cuvântul „Jacquerie” nu dă naștere, în general, la o altă idee decât aceea a unei revolte însetate de sânge, inechitabile și fără temei a unei mase de sălbatici. Ori de câte ori, pe continent, are loc o agitație, oricât de ușoară și de legitimă ar fi ea, în rândul claselor umile, nenumărate voci, în clasele superioare, privilegiate, bogate, proclamă că societatea este amenințată de o Jacquerie”
.