La revuelta fue reprimida por los nobles y la alta burguesía francesa liderada por Carlos el Malo de Navarra, primo, cuñado y enemigo mortal del Regente, cuyo trono intentaba usurpar. Su ejército y la fuerza campesina se enfrentaron cerca de Mello el 10 de junio de 1358, cuando Guillaume Cale, el líder de la rebelión, fue invitado por Carlos a las conversaciones de tregua. Insensatamente, acudió al campamento enemigo, donde fue apresado por los nobles franceses, que consideraron que las convenciones y normas de la caballería no se aplicaban a él; fue torturado y decapitado. Su ejército, ahora sin líder, que según el relato de Froissart era de 20.000 hombres, fuertemente influenciado por las convenciones del Romance, fue acometido por divisiones de caballeros a caballo. En la subsiguiente batalla de Mello y en una campaña de terror en toda la región de Beauvais, caballeros, escuderos, hombres de armas y mercenarios recorrieron el campo linchando a innumerables campesinos. Maurice Dommaget señala que los pocos centenares de víctimas aristocráticas de la Jacquerie fueron conocidos como individuos por los cronistas, que detallaron los ultrajes que se les practicaron. Se calcula que 20.000 campesinos anónimos fueron asesinados en las represalias que siguieron.
Los últimos acontecimientos tuvieron lugar en Meaux, donde la inexpugnable ciudadela estaba abarrotada de caballeros y sus damas. El 9 de junio, un grupo de unos 800 plebeyos armados (no los 10.000 Jacques del relato de Froissart) salió de París bajo el liderazgo de Etienne Marcel para apoyar el levantamiento. Al igual que muchos de los campesinos, parece que se veían a sí mismos actuando en nombre del rey encarcelado. Cuando la banda procedente de París se presentó ante Meaux, fue acogida hospitalariamente por los descontentos de la ciudad y alimentada. La fortaleza, algo apartada de la ciudad, permaneció inexpugnable. En Châlons se encontraban dos capitanes aventureros que volvían de la cruzada contra los paganos de Prusia, Gastón Phebus, conde de Foix, y su noble primo gascón el Captal de Buch. La aproximación de sus lanceros bien armados animó a los nobles asediados en la fortaleza, y se produjo una derrota general de la fuerza parisina. Los nobles incendiaron entonces el suburbio más cercano a la fortaleza, atrapando a los burgueses entre las llamas. El alcalde de Meaux y otros hombres prominentes de la ciudad fueron ahorcados. Hubo una pausa, luego la fuerza dirigida por los nobles y la alta burguesía saqueó la ciudad y las iglesias e incendió Meaux, que ardió durante dos semanas. A continuación, invadieron el campo, quemando casas y graneros y masacrando a todos los campesinos que encontraron.
Las represalias continuaron durante julio y agosto. Hubo una masacre en Reims, aunque se había mantenido firme en la causa real. Senlis se defendió. Los caballeros de Hainault, Flandes y Brabante se unieron a la carnicería. Tras la declaración de amnistía emitida por el Regente el 10 de agosto de 1358, se impusieron multas tan elevadas a las regiones que habían apoyado a la Jacquerie que se produjo una huida generalizada del campesinado. La historiadora Barbara Tuchman dice: «Como todas las insurrecciones del siglo, fue aplastada, tan pronto como los gobernantes recobraron los nervios, por el peso del acero, y las ventajas del hombre a caballo, y la inferioridad psicológica de los insurgentes».
El sesgado pero vívido relato de Froissart puede ser equilibrado por las cartas de amnistía del Regente, un documento que comenta más severamente la reacción de los nobles que el levantamiento de los campesinos y omite las atrocidades detalladas por Froissart: «representa a los hombres del campo abierto reuniéndose espontáneamente en varias localidades, para deliberar sobre los medios de resistir a los ingleses, y de repente, como de mutuo acuerdo, volviéndose ferozmente contra los nobles».
La Jacquerie traumatizó a la aristocracia. En 1872, Louis Raymond de Vericour comentó a la Royal Historical Society: «Hasta el día de hoy, la palabra ‘Jacquerie’ no suele dar lugar a otra idea que la de una revuelta sanguinaria, inicua e infundada de una masa de salvajes. Siempre que, en el continente, se produce cualquier agitación, por leve y legítima que sea, entre las clases más humildes, innumerables voces, en las clases más altas, privilegiadas y ricas, proclaman que la sociedad está amenazada por una Jacquerie».