Der Aufstand wurde von den französischen Adligen und dem Adel unter der Führung von Karl dem Bösen von Navarra, Cousin, Schwager und Todfeind des Regenten, dessen Thron er an sich zu reißen versuchte, niedergeschlagen. Sein Heer und die bäuerlichen Truppen standen sich am 10. Juni 1358 in der Nähe von Mello gegenüber, als Guillaume Cale, der Anführer der Rebellion, von Karl zu Waffenstillstandsgesprächen eingeladen wurde. Törichterweise begab er sich in das feindliche Lager, wo er von den französischen Adligen ergriffen wurde, die der Meinung waren, dass die Konventionen und Normen des Rittertums nicht für ihn gälten; er wurde gefoltert und enthauptet. Sein nun führerloses Heer, das nur in Froissarts Bericht, der stark von den Konventionen der Romantik geprägt war, mit 20.000 Mann angegeben wird, wurde von Abteilungen berittener Ritter niedergeritten. In der anschließenden Schlacht von Mello und in einem Feldzug des Schreckens in der Region Beauvais zogen Ritter, Knappen, Waffenträger und Söldner durch die Lande und lynchten unzählige Bauern. Maurice Dommaget stellt fest, dass die wenigen hundert adeligen Opfer der Jacquerie den Chronisten als Einzelpersonen bekannt waren, die die an ihnen verübten Schandtaten detailliert beschrieben. Bei den anschließenden Repressalien wurden schätzungsweise 20.000 anonyme Bauern getötet.
Die letzten Ereignisse spielten sich in Meaux ab, wo die uneinnehmbare Zitadelle von Rittern und ihren Damen überfüllt war. Am 9. Juni verließ eine Schar von etwa 800 bewaffneten Bürgerlichen (nicht die 10.000, die Froissart angibt) unter der Führung von Etienne Marcel Paris, um den Aufstand zu unterstützen. Wie viele der Bauern sahen sie sich offenbar im Namen des gefangenen Königs handeln. Als die Gruppe aus Paris vor Meaux auftauchte, wurden sie von den unzufriedenen Bürgern der Stadt gastfreundlich aufgenommen und verpflegt. Die Festung, die etwas abseits der Stadt lag, blieb uneinnehmbar. Zwei Kapitänsabenteurer, die von einem Kreuzzug gegen die Heiden Preußens zurückkehrten, befanden sich in Châlons: Gaston Phebus, Comte de Foix, und sein edler gasconischer Cousin, der Captal de Buch. Die Annäherung ihrer gut bewaffneten Lanzenreiter ermutigte die belagerten Adligen in der Festung, und es kam zu einer allgemeinen Flucht der Pariser Truppen. Die Adligen steckten daraufhin die der Festung am nächsten gelegene Vorstadt in Brand und rissen die Bürger in die Flammen mit. Der Bürgermeister von Meaux und andere prominente Männer der Stadt wurden gehängt. Nach einer Pause plünderten die Adeligen die Stadt und die Kirchen und setzten Meaux in Brand, das zwei Wochen lang brannte. Danach überrannten sie das Land, brannten Hütten und Scheunen nieder und schlachteten alle Bauern ab, die sie finden konnten.
Die Repressalien dauerten im Juli und August an. In Reims, das der königlichen Sache treu geblieben war, kam es zu einem Massaker. Senlis verteidigte sich. Die Ritter von Hennegau, Flandern und Brabant beteiligen sich an dem Gemetzel. Nach der Amnestieerklärung des Regenten vom 10. August 1358 wurden die Regionen, die die Jacquerie unterstützt hatten, mit so hohen Geldstrafen belegt, dass es zu einer allgemeinen Flucht der Bauern kam. Die Historikerin Barbara Tuchman sagt: „Wie jeder Aufstand des Jahrhunderts wurde er, sobald die Herrschenden sich wieder gefasst hatten, durch das Gewicht des Stahls, die Vorteile des Reiters und die psychologische Unterlegenheit der Aufständischen niedergeschlagen.“
Der schräge, aber anschauliche Bericht von Froissart kann durch die Amnestiebriefe des Regenten ausgeglichen werden, ein Dokument, das die Reaktion des Adels strenger kommentiert als den Aufstand der Bauern und die von Froissart beschriebenen Gräueltaten auslässt: „Es stellt dar, dass die Männer des offenen Landes sich spontan an verschiedenen Orten versammelten, um über die Mittel des Widerstands gegen die Engländer zu beraten, und sich plötzlich, wie in gegenseitigem Einverständnis, heftig gegen die Adligen wandten“.
Die Jacquerie traumatisierte die Aristokratie. Louis Raymond de Vericour bemerkte 1872 vor der Royal Historical Society: „Bis zum heutigen Tag ruft das Wort ‚Jacquerie‘ im Allgemeinen keine andere Vorstellung hervor als die eines blutrünstigen, ungerechten, grundlosen Aufstandes einer Masse von Wilden. Wann immer auf dem Kontinent irgendeine Erregung unter den einfacheren Klassen stattfindet, wie geringfügig und legitim sie auch sein mag, verkünden zahllose Stimmen in höheren, privilegierten, wohlhabenden Klassen, dass die Gesellschaft von einer Jacquerie bedroht sei.“