Opstanden blev undertrykt af franske adelsmænd og adelsfolk ledet af Karl den Dårlige af Navarra, fætter, svoger og dødsfjende af regenten, hvis trone han forsøgte at tilrane sig. Hans hær og bondestyrken stod over for hinanden nær Mello den 10. juni 1358, da Guillaume Cale, lederen af oprøret, blev inviteret til våbenhvileforhandlinger af Karl. I tåbelighed begav han sig til fjendens lejr, hvor han blev grebet af de franske adelsmænd, som mente, at ridderskabets konventioner og normer ikke gjaldt for ham; han blev tortureret og halshugget. Hans nu førerløse hær, som kun i Froissarts beretning hævdes at være 20.000 mand stærk, og som var stærkt præget af de romanske konventioner, blev nedkæmpet af divisioner af ryttere til hest. I det efterfølgende slaget ved Mello og i en terrorkampagne i hele Beauvais-området strejfede riddere, riddere, væbnede mænd og lejesoldater rundt i landskabet og lynchede utallige bønder. Maurice Dommaget bemærker, at de få hundrede aristokratiske ofre for Jacquerie var kendt som enkeltpersoner af krønikeskriverne, som beskrev de overgreb, der blev begået mod dem. Det anslås, at 20.000 anonyme bønder blev dræbt under de repressalier, der fulgte.
De sidste begivenheder udspillede sig i Meaux, hvor det uindtagelige citadel var overfyldt med riddere og deres damer. Den 9. juni kom en flok på omkring 800 bevæbnede borgerlige borgere (ikke de 10.000 Jacques i Froissarts beretning) ud af Paris under ledelse af Etienne Marcel for at støtte opstanden. Ligesom mange af bønderne synes de at have set sig selv som handlende i den fængslede konges navn. Da banden fra Paris dukkede op ved Meaux, blev de gæstfrit modtaget af de utilfredse byboere og fik mad. Fæstningen, der lå noget væk fra byen, forblev uantastelig. To kaptajn-eventyrere, der vendte tilbage fra korstog mod hedningene i Preussen, befandt sig i Châlons, Gaston Phebus, comte de Foix og hans ædle fætter fra Gascogne, Captal de Buch. Deres velbevæbnede lanciers nærmede sig, hvilket opmuntrede de belejrede adelsmænd i fæstningen, og det resulterede i en generel afgang af de parisiske styrker. Adelsmændene satte derefter ild til den forstad, der lå tættest på fæstningen, og fangede borgerne i flammerne. Borgmesteren i Meaux og andre fremtrædende mænd i byen blev hængt. Der var en pause, hvorefter styrken anført af adelsmændene og adelsstanden plyndrede byen og kirkerne og satte ild til Meaux, som brændte i to uger. Derefter overrendte de landet, brændte hytter og lader og slagtede alle de bønder, de kunne finde.
Repressalierne fortsatte gennem juli og august. Der var en massakre i Reims, selv om byen var forblevet urokkelig i den kongelige sag. Senlis forsvarede sig. Riddere fra Hainault, Flandern og Brabant deltog i blodbadet. Efter regentens erklæring om amnesti den 10. august 1358 blev der fastsat så store bøder for de regioner, der havde støttet Jacquerie, at der fulgte en generel flugt af bønderne. Historikeren Barbara Tuchman siger: “Som alle andre oprør i århundredet blev det knust, så snart herskerne havde genvundet deres mod, ved hjælp af stålets vægt og fordelene ved manden til hest og de oprørendes psykologiske underlegenhed”.
Froissarts skæve, men levende beretning kan opvejes af regentens amnestibreve, et dokument, der kommenterer adelens reaktion strengere end bøndernes opstand og udelader de grusomheder, som Froissart beskriver: “det viser, at mændene på det åbne land spontant samledes på forskellige steder for at overveje, hvordan de kunne gøre modstand mod englænderne, og pludselig, som om de var enige om det, vendte de sig voldsomt mod adelsmændene”.
Jacquerie traumatiserede aristokratiet. I 1872 bemærkede Louis Raymond de Vericour til Royal Historical Society: “Den dag i dag giver ordet ‘Jacquerie’ i almindelighed ikke anledning til andre forestillinger end at der er tale om et blodtørstigt, uretfærdigt og grundløst oprør blandt en masse vilde. Hver gang der på kontinentet finder nogen som helst agitation sted, hvor lille og legitim den end måtte være, blandt de mere ydmyge klasser, proklamerer utallige stemmer i de højere, privilegerede og velhavende klasser, at samfundet er truet af en Jacquerie”.