Castillo Armas vzešel z následné vojenské junty jako prozatímní prezident a plebiscit učinil jeho status oficiálním. Vymýtil vliv komunistů, potlačil agrární reformu a se značným násilím rozbil dělnické a rolnické odbory, ale sám byl v červenci 1957 svržen kulkou atentátníka. Dalších devět let vládli vojáci, kteří nerespektovali Kongres ani volby. Zmaření sociálních reforem, které slibovala revoluce z roku 1944, způsobilo, že neklidné vrstvy obyvatelstva byly stále přístupnější partyzánskému odporu. Vítězství Fidela Castra nad vojenskou vládou na Kubě v roce 1959 inspirovalo i guatemalské povstalce, což vedlo k začarovanému kruhu násilí a represí zejména na venkově, který trval dalších 36 let.
Vyhlídky na návrat k civilní vládě se začátkem roku 1966 zdály být slibné. Řádné volby 6. března 1966 přinesly Juliu Césaru Méndezovi Montenegrovi, profesoru práv a kandidátovi umírněné Revoluční strany (Partido Revolucionario; PR), nečekaně velkou převahu hlasů nad kandidátem vojenského režimu, i když ne absolutní většinu potřebnou pro zvolení. Kongres ho zvolil, ale dohoda s vojenskými důstojníky, které muselo být dosaženo před nástupem civilní vlády, podkopala jeho autoritu. Naděje na reformu tak byly z velké části zmařeny a energie administrativy byla spotřebována na pokusy zvládnout rostoucí násilí a terorismus. Vojenské a polovojenské operace, jako byly ty, které vedl plukovník Carlos Arana Osorio, podstatně eliminovaly venkovské partyzány, ale aktivita městských partyzánů a teroristů se zhoršila.
Arana Osorio, kandidát „práva a pořádku“, vyhrál volby v roce 1970 a okamžitě obnovil vojenskou kontrolu. Jeho hlavní činností byla „pacifikace“ země likvidací „obvyklých zločinců“ a levicových guerill. Vraždy opozičních vůdců demokratické levice takzvanými eskadrami smrti, často napojenými na armádu a policii, daly vzniknout přesvědčení, že se Arana snaží zlikvidovat všechny oponenty, ať už levicové, pravicové nebo středové. Po odstranění nebo utlumení disentu nastalo v zemi období relativního klidu. S blížícími se volbami v roce 1974 mohli optimisté najít důvod k naději, že byl položen nový základ pro reformy. Koalice opozičních stran vybrala generála Efraína Ríose Montta, vedoucího důstojníka pokrokového křídla vojenských sil, aby se utkal s generálem Kjellem Laugerudem Garcíou, nepolitickým vojenským důstojníkem zastupujícím koalici pravicových stran.
Když výsledky ukázaly, že Ríos Montt získal absolutní většinu, vláda náhle pozastavila volební zprávy, bezostyšně manipulovala s výsledky a nakonec oznámila, že Laugerud García získal nadpoloviční většinu hlasů. Vládou kontrolovaný Národní kongres ho okamžitě zvolil. Laugerud García, zbavený morální síly, se ujal úřadu jako Aranův chráněnec. Čelil problémům s inflací, sérií sopečných erupcí a rozdělením a následným oslabením své hlavní politické opory, pravicového Hnutí národního osvobození. Na obnovení levicového násilí a teroru reagoval stejnými represivními opatřeními jako Arana. V roce 1977 Spojené státy pod vedením prezidenta Jimmyho Cartera přerušily vojenskou pomoc Guatemale kvůli porušování lidských práv.
Způsob volební manipulace nastavený v roce 1974 přetrvával i v následujících volbách. Generál Romeo Lucas García, prohlášený za vítěze v roce 1978 po dalším podezřelém sčítání hlasů, předsedal režimu, který v podstatě navazoval na Laugerudův. Obě vlády čelily problémům země se zdroji značně omezenými po ničivém zemětřesení v únoru 1976, které si vyžádalo více než 20 000 mrtvých a 1 000 000 lidí bez domova.
Důležitým faktorem pro obě vlády byl objev ropy v severní Guatemale. Protože se předpokládalo, že ložisko sahá přes Belize (do roku 1973 bývalý Britský Honduras) až ke kontinentálnímu šelfu, usilovalo se o vyřešení přetrvávajících konfliktních hraničních a územních nároků. Dne 11. března 1981 dosáhly Guatemala, Velká Británie a Belize předběžné dohody, ale konečného řešení nebylo dosaženo a v září 1981 Velká Británie přes protesty Guatemaly udělila Belize nezávislost. Někteří se domnívali, že za vládními násilnostmi v oblastech na severu země obývaných převážně indiány stojí také objev ropy. Zpustošení, ke kterému tam došlo, vyhnalo tisíce indiánů do Mexika, což naznačovalo, že vláda možná vyklízí půdu, kterou si mohou přivlastnit jiní. V důsledku toho se indiáni v nebývalém počtu přesunuli do guerillových hnutí.
Ve volbách v březnu 1982 byl za vítěze prohlášen kandidát vládní koalice. Dne 23. března se však vlády zmocnili mladí armádní důstojníci a ustavili juntu v čele s generálem Ríosem Monttem, kterému byl v roce 1974 odepřen prezidentský úřad.
Ríos Montt juntu rozpustil a zavázal se, že potlačí korupci, rozpustí proslulé eskadry smrti a ukončí guerillovou válku. Nový vůdce však své sliby nesplnil a poměry v Guatemale se zhoršily. Ríos Monttova hospodářská politika nebyla účinná a politické násilí, které slíbil ukončit, se brzy obnovilo s ještě větší intenzitou, což opět přimělo mnoho rolníků k útěku do Mexika a další vyhnalo do partyzánských táborů, což podpořilo povstání. Jako protestant v převážně katolické zemi si Ríos Montt nikdy nezískal širokou politickou podporu.
V srpnu 1983 byl Ríos Montt svržen generálem Oscarem Humbertem Mejía Víctoresem, který slíbil rychlý návrat k demokratickému procesu. Násilí na venkově však pokračovalo a Spojené státy ve snaze o zlepšení situace v oblasti lidských práv omezily ekonomickou pomoc novému režimu. Vojenská pomoc byla omezena od roku 1977. V červenci 1984 se konaly volby do ústavodárného shromáždění a strany středu v nich získaly přibližně třetinu hlasů, což svědčilo o rostoucím, ale stále ještě obávaném odklonu od vlády teroru. Mezinárodní odsouzení dodržování lidských práv ze strany vlády bylo povzbuzením pro občanskou opozici.
V květnu 1985 byla schválena nová ústava, která kladla větší důraz na záruky lidských práv, a prezidentské volby konané v prosinci následujícího roku přinesly drtivé vítězství centristické Guatemalské křesťansko-demokratické strany Marca Vinicia Cereza Arévala, který získal přibližně 68 % hlasů. Jednalo se o první zvolení civilního prezidenta v Guatemale po 15 letech.
Charles L. Stansifer William J. Griffith Thomas P. Anderson
Naděje, že Cerezovo zvolení by mohlo podpořit reformy v oblasti lidských práv a ukončit občanskou válku, se rychle rozplynuly, protože civilní prezident opět nedokázal zkrotit armádu. Spojené státy v 80. letech 20. století zvýšily pomoc ve snaze udržet vládu před útoky partyzánů. Došlo k obnovení činnosti eskader smrti, zejména v hlavním městě. Různé bandy marxistických guerill, do značné míry kontrolované v době Ríose Montta a Mejía Víctores, našly novou jednotu ve vytvoření Guatemalské národní revoluční jednoty (Unidad Revolucionario Nacional Guatemalteco; URNG). Sérii pokusů o vojenský převrat potlačil ministr obrany generál Héctor Alejandro Gramajo. Během Cerezova prezidentství se také zvýšily dělnické a rolnické nepokoje. Bylo dosaženo určitého bolestivého hospodářského pokroku, ale povstání a násilí v 90. letech 20. století nadále nabývaly na intenzitě. Kvůli zhoršující se situaci v oblasti lidských práv byla v prosinci 1990 opět pozastavena obnovená vojenská pomoc USA.
.