Castillo Armas kwam uit de militaire junta tevoorschijn als voorlopig president, en een volksreferendum maakte zijn status officieel. Hij roeide de communistische invloed uit, maakte een eind aan de landbouwhervormingen en verbrak met veel geweld de vakbonden en boerenbonden, maar in juli 1957 werd hij zelf door een moordenaarskogel gedood. De volgende negen jaar regeerden militairen met weinig respect voor het Congres of verkiezingen. Tijdens deze regimes maakte het verijdelen van de sociale hervormingen die door de revolutie van 1944 waren beloofd, onrustige delen van de bevolking steeds ontvankelijker voor guerrillaverzet. Fidel Castro’s overwinning op een militaire regering in Cuba in 1959 inspireerde ook de Guatemalteekse rebellen, wat leidde tot een vicieuze cirkel van geweld en onderdrukking, vooral op het platteland, die de volgende 36 jaar zou duren.
De vooruitzichten voor een terugkeer naar een burgerregering leken veelbelovend in het begin van 1966. Bij ordelijke verkiezingen op 6 maart 1966 behaalde Julio César Méndez Montenegro, hoogleraar in de rechten en kandidaat van de gematigde Revolutionaire Partij (Partido Revolucionario; PR), een onverwacht groot aantal stemmen boven de kandidaat van het militaire regime, hoewel niet de absolute meerderheid die voor verkiezing vereist was. Het Congres verkoos hem, maar het akkoord met de militaire officieren dat moest worden bereikt voordat een burgerregering kon aantreden, ondermijnde zijn gezag. De hoop op hervormingen werd daarom grotendeels gefrustreerd, en de energie van de regering werd opgeslokt door pogingen om het toenemende geweld en terrorisme onder controle te krijgen. Militaire en paramilitaire operaties zoals die van kolonel Carlos Arana Osorio schakelden de guerrilla’s op het platteland grotendeels uit, maar de guerrilla- en terroristische activiteiten in de steden verergerden.
Arana Osorio, de “law-and-order” kandidaat, won de verkiezingen van 1970 en herstelde onmiddellijk de militaire controle. Zijn belangrijkste activiteit was de “pacificatie” van het land door de uitroeiing van “gewone misdadigers” en linkse guerrillastrijders. Het vermoorden van oppositieleiders van democratisch links door zogenaamde doodseskaders, vaak verbonden met het leger en de politie, deed de overtuiging rijzen dat Arana alle tegenstanders trachtte uit te schakelen, of ze nu links, rechts of centrum waren. Het land beleefde een periode van betrekkelijke rust, waarin andersdenkenden werden geëlimineerd of tot zwijgen gebracht. Toen de verkiezingen van 1974 naderden, konden optimisten enige reden vinden om te hopen dat er een nieuwe basis voor hervormingen was gelegd. De coalitie van oppositiepartijen koos generaal Efraín Ríos Montt, een leidende officier van de progressieve vleugel van de strijdkrachten, om het op te nemen tegen generaal Kjell Laugerud García, een niet-politieke militair die de coalitie van rechtse partijen vertegenwoordigde.
Toen uit de uitslagen bleek dat Ríos Montt een absolute meerderheid had behaald, schortte de regering abrupt de verkiezingsverslagen op, manipuleerde schaamteloos de uitslagen en kondigde uiteindelijk aan dat Laugerud García een meervoudige meerderheid van de stemmen had behaald. Het door de regering gecontroleerde Nationale Congres koos hem prompt. Ontdaan van morele kracht trad Laugerud García aan als protegé van Arana. Hij kreeg te maken met inflatieproblemen, een reeks vulkaanuitbarstingen, en verdeeldheid en de daaruit voortvloeiende verzwakking van zijn belangrijkste politieke steun, de rechtse Nationale Bevrijdingsbeweging. Hij beantwoordde een opleving van links geweld en terreur met dezelfde repressieve maatregelen die Arana had toegepast. In 1977 stopten de Verenigde Staten, onder president Jimmy Carter, de militaire hulp aan Guatemala vanwege de schending van de mensenrechten.
Het patroon van verkiezingsmanipulatie dat in 1974 was ingezet, hield bij de daaropvolgende verkiezingen aan. Generaal Romeo Lucas García, die in 1978 na opnieuw een verdachte telling tot winnaar werd uitgeroepen, zat een regime voor dat in wezen het regime van Laugerud voortzette. Beide regeringen werden geconfronteerd met de problemen van het land met middelen die sterk verminderd waren door de verwoestende aardbeving van februari 1976, die meer dan 20.000 mensen dood en 1.000.000 dakloos maakte.
Een belangrijke factor in beide regeringen was de ontdekking van olie in het noorden van Guatemala. Omdat men dacht dat de vindplaats zich over Belize (tot 1973 Brits Honduras) uitstrekte tot op het continentaal plat, werd gezocht naar een oplossing voor hardnekkige, conflicterende grens- en territoriale aanspraken. Op 11 maart 1981 bereikten Guatemala, Groot-Brittannië en Belize een voorlopige overeenkomst, maar een definitieve regeling werd niet bereikt, en in september 1981 verleende Groot-Brittannië Belize onafhankelijkheid onder protest van Guatemala. De ontdekking van olie werd door sommigen ook gezien als de oorzaak van het geweld van de regering in de grotendeels door Indianen bewoonde gebieden in het noorden. De verwoestingen die daar plaatsvonden dreven duizenden Indianen naar Mexico, wat suggereerde dat de regering misschien land aan het ontginnen was dat anderen zich konden toe-eigenen. Als gevolg daarvan trokken Indianen in ongekende aantallen naar de guerrillabewegingen.
Bij de verkiezingen van maart 1982 werd de kandidaat van de regeringscoalitie tot winnaar uitgeroepen. Op 23 maart echter grepen jonge legerofficieren de regering en installeerden een junta onder leiding van generaal Ríos Montt, die in 1974 het presidentschap was ontzegd.
Ríos Montt ontbond de junta en beloofde de corruptie de kop in te drukken, de beruchte doodseskaders te ontbinden en de guerrillaoorlog te beëindigen. De nieuwe leider slaagde er echter niet in zijn beloften na te komen en de omstandigheden in Guatemala verslechterden. Het economisch beleid van Ríos Montt was niet doeltreffend, en het politieke geweld dat hij beloofd had te beëindigen werd spoedig met nog grotere intensiteit hervat, waardoor opnieuw vele boeren gedwongen werden naar Mexico te vluchten en anderen in guerrillakampen werden gedreven, waardoor de opstand werd aangewakkerd. Als protestant in een overwegend rooms-katholiek land kreeg Ríos Montt nooit brede politieke steun.
In augustus 1983 werd Ríos Montt omvergeworpen door generaal Oscar Humberto Mejía Víctores, die een snelle terugkeer naar het democratisch proces beloofde. Het geweld op het platteland hield echter aan en de Verenigde Staten, die verbeteringen op het gebied van de mensenrechten nastreefden, beperkten de economische hulp aan het nieuwe regime. De militaire hulp was al sinds 1977 aan banden gelegd. In juli 1984 werden verkiezingen gehouden voor een grondwetgevende vergadering en de partijen van het centrum haalden ongeveer een derde van de stemmen, hetgeen wijst op een groeiende maar nog steeds angstige beweging weg van regering door terreur. De internationale veroordeling van de mensenrechtensituatie van de regering was een aanmoediging voor de burgerlijke oppositie.
In mei 1985 werd een nieuwe grondwet goedgekeurd, waarin meer nadruk werd gelegd op garanties voor de mensenrechten, en de daaropvolgende presidentsverkiezingen in december leverden een verpletterende overwinning op voor de leider van de christen-democratische partij van Guatemala, Marco Vinicio Cerezo Arévalo, die zo’n 68 procent van de stemmen kreeg. Het was de eerste verkiezing van een burgerpresident in Guatemala in 15 jaar.
Charles L. Stansifer William J. Griffith Thomas P. Anderson
De hoop dat Cerezo’s verkiezing mensenrechtenhervormingen zou kunnen ondersteunen en een einde zou kunnen maken aan de burgeroorlog werd al snel de bodem ingeslagen, omdat opnieuw een burgerpresident er niet in slaagde het leger in toom te houden. De Verenigde Staten verhoogden de hulp in de jaren ’80 in een poging om de regering te steunen tegen aanvallen van de guerrilla. De activiteiten van de doodseskaders laaiden weer op, vooral in de hoofdstad. De verschillende marxistische guerrillagroeperingen, die in de tijd van Ríos Montt en Mejía Víctores grotendeels waren gecontroleerd, vonden een nieuwe eenheid in de vorming van de Guatemalteekse Nationale Revolutionaire Eenheid (Unidad Revolucionario Nacional Guatemalteco; URNG). Een reeks pogingen tot militaire staatsgrepen werd neergeslagen door de minister van defensie, generaal Héctor Alejandro Gramajo. Tijdens het presidentschap van Cerezo nam ook de onrust onder arbeiders en boeren toe. Er werd enige pijnlijke economische vooruitgang geboekt, maar de opstand en het geweld bleven tot in de jaren negentig in hevigheid toenemen. Vanwege de verslechterende mensenrechtensituatie werd de militaire hulp van de VS, die weer was hervat, in december 1990 opnieuw opgeschort.