Castillo Armas surgiu da junta militar resultante como presidente provisório, e um plebiscito oficializou seu status. Ele extirpou a influência comunista, anulou a reforma agrária e quebrou sindicatos de trabalhadores e camponeses com considerável violência, mas ele mesmo foi derrubado por uma bala de assassino em julho de 1957. Durante os nove anos seguintes, os militares governaram com pouco respeito pelo Congresso ou pelas eleições. Durante estes regimes, a frustração das reformas sociais prometidas pela revolução de 1944 tornou os elementos restivos da população cada vez mais receptivos à resistência da guerrilha. A vitória de Fidel Castro sobre um governo militar em Cuba em 1959 também inspirou os rebeldes guatemaltecos, levando a um ciclo vicioso de violência e repressão, particularmente no campo, que duraria os próximos 36 anos.
Prospectos para um retorno ao governo civil pareciam promissores no início de 1966. Uma eleição ordeira em 6 de março de 1966 deu a Julio César Méndez Montenegro, professor de direito e candidato do Partido Revolucionário Moderado (Partido Revolucionário; PR), uma pluralidade de votos inesperadamente grande sobre o candidato do regime militar, embora não a maioria absoluta necessária para as eleições. O Congresso o elegeu, mas o entendimento com os oficiais militares, que tinha que ser alcançado antes que um governo civil pudesse tomar posse, minou a sua autoridade. As esperanças de reforma, portanto, foram largamente frustradas, e as energias da administração foram consumidas nas tentativas de controlar a crescente violência e o terrorismo. Operações militares e paramilitares como as conduzidas pelo coronel Carlos Arana Osorio eliminaram substancialmente a guerrilha rural, mas a guerrilha urbana e a atividade terrorista pioraram.
Arana Osorio, o candidato “lei e ordem”, venceu as eleições de 1970 e restabeleceu imediatamente o controle militar. Sua principal atividade foi a “pacificação” do país pelo extermínio de “criminosos habituais” e guerrilheiros de esquerda. O assassinato dos líderes da oposição de esquerda democrática pelos chamados esquadrões da morte, frequentemente ligados aos militares e à polícia, deu origem à convicção de que Arana estava a tentar eliminar todos os opositores, quer fossem de esquerda, direita ou centro. Com a dissidência eliminada ou abafada, o país viveu um período de relativo sossego. Com a aproximação da eleição de 1974, os otimistas puderam encontrar alguma razão para esperar que uma nova base tivesse sido estabelecida para a reforma. A coalizão dos partidos de oposição escolheu o general Efraín Ríos Montt, um oficial líder da ala progressista das forças militares, para enfrentar o general Kjell Laugerud García, um oficial militar não político que representava a coalizão dos partidos de direita.
Quando os retornos mostraram que Ríos Montt obteve maioria absoluta, o governo suspendeu abruptamente os relatórios eleitorais, manipulou descaradamente os resultados, e finalmente anunciou que Laugerud García havia conquistado uma pluralidade de votos. O Congresso Nacional, controlado pelo governo, prontamente o elegeu. Privado da força moral, Laugerud García tomou posse como protegido de Arana. Ele enfrentou problemas de inflação, uma série de erupções vulcânicas e divisão e conseqüente enfraquecimento de seu principal apoio político, o Movimento de Libertação Nacional, de direita. Ele encontrou uma renovação da violência e do terror de esquerda com as mesmas medidas repressivas que Arana havia aplicado. Em 1977 os Estados Unidos, sob o comando do Pres. Jimmy Carter, cortaram a assistência militar à Guatemala por causa de sua violação dos direitos humanos.
O padrão de manipulação eleitoral estabelecido em 1974 persistiu nas eleições subseqüentes. O general Romeo Lucas García, declarado vencedor em 1978 depois de outra contagem de suspeitos, presidiu um regime que continuou essencialmente o de Laugerud. Ambas as administrações enfrentaram os problemas do país com recursos muito reduzidos em virtude do devastador terremoto de fevereiro de 1976, que deixou mais de 20.000 mortos e 1.000.000 desabrigados.
Um fator importante em ambas as administrações foi a descoberta de petróleo no norte da Guatemala. Como se pensava que a jazida se estenderia por Belize (antigas Honduras britânicas até 1973) até a plataforma continental, buscou-se a resolução de reivindicações persistentes e conflitantes de limites e territórios. Em 11 de março de 1981, Guatemala, Grã-Bretanha e Belize chegaram a um acordo preliminar, mas não se chegou a um acordo final, e em setembro de 1981 a Grã-Bretanha concedeu a independência a Belize por causa do protesto da Guatemala. A descoberta de petróleo também foi considerada por alguns como estando por trás da violência governamental nas regiões do norte, largamente povoadas por índios. A devastação que ali ocorreu levou milhares de índios ao México, sugerindo que a administração poderia estar limpando terras para que outros se apropriassem. Como resultado, os índios se mudaram em números sem precedentes para os movimentos guerrilheiros.
Nas eleições de março de 1982, o candidato da coalizão governamental foi declarado o vencedor. Em 23 de março, porém, jovens oficiais do exército tomaram o governo e instalaram uma junta liderada pelo general Ríos Montt, a quem havia sido negada a presidência em 1974.
Ríos Montt dissolveu a junta e se comprometeu a acabar com a corrupção, desmantelar os notórios esquadrões da morte e acabar com a guerra de guerrilha. O novo líder não cumpriu as suas promessas, no entanto, e as condições na Guatemala pioraram. As políticas econômicas de Ríos Montt não foram efetivas, e a violência política que ele havia prometido acabar logo foi renovada com ainda maior intensidade, forçando novamente muitos camponeses a fugir para o México e levando outros para campos de guerrilha, alimentando assim a insurgência. Protestante em um país em grande parte católico romano, Ríos Montt nunca obteve amplo apoio político.
Em agosto de 1983 Ríos Montt foi derrubado pelo general Oscar Humberto Mejía Víctores, que prometeu um rápido retorno ao processo democrático. A violência continuou no campo, no entanto, e os Estados Unidos, buscando melhorias nos direitos humanos, restringiram a ajuda econômica ao novo regime. A ajuda militar havia sido reduzida desde 1977. As eleições para uma assembléia constituinte foram realizadas em julho de 1984, e os partidos do centro retiraram cerca de um terço dos votos, indicando um movimento crescente, mas ainda temeroso, de afastamento do governo pelo terror. A condenação internacional do histórico do governo em matéria de direitos humanos encorajou a oposição civil.
Uma nova constituição, dando maior ênfase às garantias dos direitos humanos, foi aprovada em maio de 1985, e as eleições presidenciais realizadas em dezembro seguinte produziram uma vitória esmagadora para o líder centrista do Partido Democrata Cristão Guatemalteco, Marco Vinicio Cerezo Arévalo, que recebeu cerca de 68% dos votos. Foi a primeira eleição de um presidente civil na Guatemala em 15 anos.
Charles L. Stansifer William J. Griffith Thomas P. Anderson
Espera que a eleição de Cerezo pudesse apoiar as reformas dos direitos humanos e acabar com a guerra civil foi rapidamente desfeita, pois mais uma vez um presidente civil não conseguiu conter os militares. Os Estados Unidos aumentaram a ajuda na década de 1980, num esforço para sustentar o governo contra o ataque da guerrilha. Houve um ressurgimento da atividade dos esquadrões da morte, particularmente na capital. Os vários bandos de guerrilheiros marxistas, em grande parte controlados na época de Ríos Montt e Mejía Víctores, encontraram uma nova unidade na formação da Unidade Revolucionária Nacional Guatemalteca (Unidad Revolucionario Nacional Guatemalteco; URNG). Uma série de tentativas de golpes de Estado militares foram cometidos pelo ministro da Defesa, general Héctor Alejandro Gramajo. A agitação trabalhista e camponesa também aumentou durante a presidência do Cerezo. Foram feitos alguns progressos económicos dolorosos, mas a insurreição e a violência continuaram a aumentar de intensidade durante os anos 90. Devido à deterioração da situação dos direitos humanos, a ajuda militar americana, que havia sido restaurada, foi novamente suspensa em dezembro de 1990.