De opstand werd onderdrukt door Franse edelen en adel onder leiding van Karel de Slechte van Navarra, neef, zwager en aartsvijand van de Regent, wiens troon hij probeerde te veroveren. Zijn leger en de boerenmacht stonden tegenover elkaar in de buurt van Mello op 10 juni 1358, toen Guillaume Cale, de leider van de opstand, door Karel werd uitgenodigd voor wapenstilstandsbesprekingen. Dwaas ging hij naar het vijandelijke kamp, waar hij werd gegrepen door de Franse edelen, die meenden dat de conventies en normen van de ridderlijkheid niet op hem van toepassing waren; hij werd gefolterd en onthoofd. Zijn nu leiderloze leger, dat alleen in het verslag van Froissart, dat sterk beïnvloed was door de conventies van de Romantiek, 20.000 man sterk zou zijn, werd door divisies van bereden ridders ten val gebracht. In de daaropvolgende Slag bij Mello en in een terreurcampagne in de hele streek van Beauvais zwierven ridders, schildknapen, soldaten en huurlingen over het platteland om ontelbare boeren te lynchen. Maurice Dommaget merkt op dat de enkele honderden aristocratische slachtoffers van de jacquerie als individuen bekend waren bij de kroniekschrijvers, die een gedetailleerd overzicht gaven van de wandaden die tegen hen gepleegd werden. Naar schatting 20.000 anonieme boeren werden gedood in de represailles die volgden.
De laatste gebeurtenissen vonden plaats in Meaux, waar de onneembare citadel overvol was met ridders en hun dames. Op 9 juni kwam een groep van ongeveer 800 gewapende burgers (niet de 10.000 Jacques uit het verslag van Froissart) uit Parijs onder leiding van Etienne Marcel om de opstand te steunen. Net als veel van de boeren schijnen zij zichzelf te hebben gezien als handelend in de naam van de gevangengenomen koning. Toen de Parijse bende voor Meaux verscheen, werden zij gastvrij onthaald en gevoed door de ontevreden stedelingen. De vesting, enigszins buiten de stad gelegen, bleef onaantastbaar. In Châlons bevonden zich twee avonturiers van de kapitein, die terugkeerden van een kruistocht tegen de heidenen van Pruisen: Gaston Phebus, comte de Foix en zijn edele Gasconse neef, Captal de Buch. De nadering van hun goed bewapende lansiers moedigde de belegerde edelen in het fort aan, en er volgde een algemene verplettering van de Parijse strijdkrachten. De edelen staken vervolgens de voorstad in brand die zich het dichtst bij de vesting bevond, waarbij de burgers in de vlammen verstrikt raakten. De burgemeester van Meaux en andere vooraanstaande mannen van de stad werden opgehangen. Na een pauze plunderde het leger onder leiding van de edelen en de adel de stad en de kerken en stak Meaux in brand, twee weken lang. Daarna werd het platteland doorzocht, waarbij huizen en schuren in brand werden gestoken en alle boeren die men kon vinden, werden afgeslacht.
De represailles duurden tot in juli en augustus. In Reims werd een bloedbad aangericht, hoewel het koninkrijk daar standvastig was gebleven. Senlis verdedigde zichzelf. Ridders van Henegouwen, Vlaanderen en Brabant namen deel aan het bloedbad. Na de amnestieverklaring van de Regent op 10 augustus 1358 werden zulke zware boetes opgelegd aan de gewesten die de jacquerie hadden gesteund, dat er een algemene vlucht van de boeren op gang kwam. Historica Barbara Tuchman zegt: “Zoals elke opstand van de eeuw werd deze, zodra de heersers hun zenuwen hervonden, neergeslagen door het gewicht van het staal, en de voordelen van de man te paard, en de psychologische inferioriteit van de opstandelingen”.
Het scheve maar levendige relaas van Froissart kan in evenwicht worden gebracht door de amnestiebrieven van de Regent, een document dat strenger oordeelt over de reactie van de edelen dan over de opstand van de boeren en dat de door Froissart beschreven gruweldaden weglaat: “Het stelt voor dat de mannen van het platteland zich spontaan op verschillende plaatsen verzamelen om te beraadslagen over de middelen om zich tegen de Engelsen te verzetten, en zich plotseling, als met wederzijdse instemming, hevig tegen de edelen keren”.
De Jacquerie heeft de aristocratie getraumatiseerd. In 1872 merkte Louis Raymond de Vericour voor de Royal Historical Society op: “Tot op de dag van vandaag roept het woord ‘jacquerie’ over het algemeen geen ander idee op dan dat van een bloeddorstige, onrechtvaardige, ongegronde opstand van een massa wilden. Telkens wanneer er op het continent enige beroering ontstaat, hoe gering en legitiem die ook moge zijn, onder de lagere klassen, gaan er ontelbare stemmen op in de hogere, bevoorrechte, gegoede klassen, die verkondigen dat de maatschappij bedreigd wordt met een jacquerie”.