La rivolta fu repressa dai nobili e dai signori francesi guidati da Carlo il Malo di Navarra, cugino, cognato e nemico mortale del Reggente, di cui tentava di usurpare il trono. Il suo esercito e la forza contadina si opposero nei pressi di Mello il 10 giugno 1358, quando Guillaume Cale, il capo della ribellione, fu invitato da Carlo a trattare una tregua. Stupidamente, si recò al campo nemico, dove fu catturato dai nobili francesi, che ritenevano che le convenzioni e le norme della cavalleria non si applicassero a lui; fu torturato e decapitato. Il suo esercito ormai senza capo, che si afferma essere forte di 20.000 unità solo nel resoconto di Froissart, che era pesantemente influenzato dalle convenzioni del romanticismo, fu cavalcato da divisioni di cavalieri a cavallo. Nella successiva battaglia di Mello e in una campagna di terrore in tutta la regione di Beauvais, cavalieri, scudieri, uomini d’arme e mercenari vagarono per le campagne linciando innumerevoli contadini. Maurice Dommaget nota che le poche centinaia di vittime aristocratiche della Jacquerie erano note come individui ai cronisti, che descrivevano dettagliatamente gli oltraggi praticati su di loro. Si stima che circa 20.000 contadini anonimi furono uccisi nelle rappresaglie che seguirono.
Gli eventi finali si verificarono a Meaux, dove l’inespugnabile cittadella era affollata di cavalieri e delle loro dame. Il 9 giugno una banda di circa 800 popolani armati (non i 10.000 Jacques del racconto di Froissart) uscì da Parigi sotto la guida di Etienne Marcel per sostenere la rivolta. Come molti dei contadini, sembra che si siano visti come se agissero in nome del re imprigionato. Quando la banda di Parigi apparve davanti a Meaux, furono accolti in modo ospitale dai cittadini disaffezionati e nutriti. La fortezza, un po’ distante dalla città, rimase inattaccabile. Due capitani d’avventura, di ritorno da una crociata contro i pagani di Prussia, erano a Châlons, Gaston Phebus, conte di Foix e il suo nobile cugino guascone, il capitano di Buch. L’avvicinarsi dei loro lancieri ben armati incoraggiò i nobili assediati nella fortezza, e ne seguì una disfatta generale delle forze parigine. I nobili diedero allora fuoco al sobborgo più vicino alla fortezza, intrappolando i borghesi tra le fiamme. Il sindaco di Meaux e altri uomini importanti della città furono impiccati. Ci fu una pausa, poi le forze guidate dai nobili e dalla nobiltà saccheggiarono la città e le chiese e diedero fuoco a Meaux, che bruciò per due settimane. Poi si riversarono nelle campagne, bruciando casolari e fienili e massacrando tutti i contadini che riuscirono a trovare.
Le rappresaglie continuarono per tutto luglio e agosto. Ci fu un massacro a Reims, anche se era rimasta fedele alla causa reale. Senlis si difese. I cavalieri dell’Hainault, delle Fiandre e del Brabante si unirono alla carneficina. In seguito alla dichiarazione di amnistia rilasciata dal Reggente il 10 agosto 1358, le regioni che avevano sostenuto la Jacquerie furono multate in modo così pesante che ne seguì una fuga generale dei contadini. La storica Barbara Tuchman dice: “Come ogni insurrezione del secolo, fu schiacciata, non appena i governanti recuperarono i loro nervi, dal peso dell’acciaio, dai vantaggi dell’uomo a cavallo e dall’inferiorità psicologica degli insorti”.
Il racconto obliquo ma vivido di Froissart può essere bilanciato dalle lettere di amnistia del Reggente, un documento che commenta più severamente la reazione dei nobili che la rivolta dei contadini e omette le atrocità dettagliate da Froissart: “rappresenta gli uomini dell’aperta campagna che si riuniscono spontaneamente in varie località, per deliberare sui mezzi per resistere agli inglesi, e improvvisamente, come con un mutuo accordo, si rivolgono ferocemente contro i nobili”.
La Jacquerie traumatizzò l’aristocrazia. Nel 1872 Louis Raymond de Vericour osservò alla Royal Historical Society: “Ancora oggi la parola “Jacquerie” non suscita generalmente nessun’altra idea che quella di una rivolta sanguinaria, iniqua e senza fondamento di una massa di selvaggi. Ogni volta che, sul continente, ha luogo una qualsiasi agitazione, per quanto lieve e legittima possa essere, tra le classi più umili, innumerevoli voci, nelle classi più alte, privilegiate e ricche, proclamano che la società è minacciata da una Jacquerie”.