Les « Illuminati » étaient une organisation secrète composée de plusieurs des héros les plus puissants du monde : le sorcier suprême Doctor Strange ; Black Bolt, roi des Inhumains ; Charles Xavier, fondateur des X-Men et militant des droits des mutants ; Reed Richards, membre fondateur des Quatre Fantastiques ; Namor le Sub-Mariner, roi d’Atlantis ; et Iron Man (Anthony Stark), membre fondateur des Avengers. Ces six hommes ont travaillé ensemble pendant une durée indéterminée pour modeler et façonner le statut du monde surhumain et du monde qui l’entoure.
À l’origine, Tony Stark a réuni ces hommes ainsi que la Panthère Noire peu de temps après que la guerre des Kree-Skrull ait impliqué la Terre pour la première fois. Il leur a suggéré de former un méga groupe qui serait préparé à faire face à de telles menaces similaires en unissant toutes les super équipes et groupes existants. Finalement, l’idée a été minimisée à l’échelle d’une cabale secrète qui partagerait des informations et déciderait secrètement de la façon dont tous les groupes individuels correspondraient, T’challa choisissant de ne pas rejoindre le groupe.
Le groupe s’est réuni pour discuter de divers problèmes, y compris le retour de Sentry. Le groupe a duré jusqu’à ce qu’Iron Man décide de piéger Hulk pour qu’il aille dans l’espace, puis de l’envoyer de la Terre vers une planète lointaine. Avec le départ de Namor, qui n’était pas d’accord avec ce choix, et la disparition du professeur Xavier après que la Maison de M|Scarlet Witch ait déformé la réalité, le groupe s’est dissous. Ils se réunirent une fois après, quand Iron Man annonça l’imminence de la loi sur l’enregistrement des surhommes, et demanda qu’ils soient tous d’accord en public afin d’éviter une guerre civile. Encore une fois, le groupe fut divisé lorsque la plupart déclarèrent leur opposition à la loi, laissant Iron Man et Reed Richards dissoudre le groupe.
Cependant, Iron Man convoqua le groupe une dernière fois lorsque le dernier assemblage des Avengers découvrit un Skrull se faisant passer pour l’assassin Elektra. Alors qu’il essayait de déterminer exactement ce qu’il fallait faire face à la situation, Black Bolt se révéla être également un Skrull et attaqua le reste des Illuminati. Ce nouveau type de super-soldat Skrull indétectable a presque réussi à éliminer Iron Man et son groupe, mais Namor a réussi à tuer le guerrier alien avant que cela n’arrive. Iron Man a ensuite détruit les deux soldats Skrull suivants qui ont attaqué, mais il était déjà trop tard. Les envahisseurs extraterrestres avaient achevé leur tâche en semant la méfiance parmi les membres des Illuminati. Namor a été le premier à prendre congé, et les autres ont rapidement suivi. Seul le temps dira si les héros de la Terre peuvent trouver un moyen de se faire confiance à nouveau et repousser cette invasion secrète avant que la planète ne soit perdue.