Die „Illuminaten“ waren eine geheime Organisation, die sich aus mehreren der mächtigsten Helden der Welt zusammensetzte: dem Obersten Zauberer Doctor Strange, Black Bolt, dem König der Unmenschen, Charles Xavier, dem Gründer der X-Men und Aktivisten für die Rechte der Mutanten, Reed Richards, dem Gründungsmitglied der Fantastischen Vier, Namor dem Sub-Mariner, dem König von Atlantis, und Iron Man (Anthony Stark), dem Gründungsmitglied der Avengers. Diese sechs Männer arbeiteten für eine unbestimmte Zeit zusammen, um den Status der übermenschlichen Welt und der Welt um sie herum zu formen und zu gestalten.

Ursprünglich vereinte Tony Stark diese Männer zusammen mit dem Schwarzen Panther, kurz nachdem der Kree-Skrull-Krieg zum ersten Mal die Erde betroffen hatte. Er schlug vor, eine Megagruppe zu bilden, die auf ähnliche Bedrohungen vorbereitet wäre, indem sie alle bestehenden Superteams und -gruppen vereinte. Schließlich wurde die Idee auf eine geheime Kabale reduziert, die Informationen austauschen und im Geheimen entscheiden sollte, wie die einzelnen Gruppen miteinander korrespondieren sollten, wobei T’challa sich entschied, der Gruppe nicht beizutreten.

Die Gruppe traf sich, um eine Vielzahl von Themen zu besprechen, darunter die Rückkehr des Sentry. Die Gruppe bestand so lange, bis Iron Man beschloss, den Hulk mit einem Trick ins All zu befördern und ihn dann von der Erde zu einem fernen Planeten zu schicken. Da Namor die Gruppe verließ, weil er mit dieser Entscheidung nicht einverstanden war, und Professor Xavier verschwunden war, nachdem das House of M|Scarlet Witch die Realität verzerrt hatte, löste sich die Gruppe auf. Sie kamen ein einziges Mal wieder zusammen, als Iron Man das bevorstehende Gesetz zur Registrierung von Übermenschen ankündigte und darum bat, dass sie alle öffentlich zustimmen sollten, um einen Bürgerkrieg zu verhindern. Auch hier spaltete sich die Gruppe, als die meisten ihren Widerstand gegen das Gesetz erklärten, so dass Iron Man und Reed Richards die Gruppe auflösten.

Allerdings rief Iron Man die Gruppe ein letztes Mal zusammen, als die jüngste Versammlung der Avengers einen Skrull entdeckte, der sich als die Attentäterin Elektra ausgab. Während er versuchte, herauszufinden, was er in dieser Situation tun sollte, entpuppte sich Black Bolt ebenfalls als Skrull und griff den Rest der Illuminati an. Diese neue Art von unerkennbarem Skrull-Supersoldaten hätte es beinahe geschafft, Iron Man und seine Gruppe auszuschalten, doch Namor gelang es, den außerirdischen Krieger zu töten, bevor dies geschehen konnte. Iron Man vernichtete daraufhin die nächsten beiden Skrull-Soldaten, die angriffen, aber da war es bereits zu spät. Die außerirdischen Invasoren vollendeten ihre Aufgabe, die Saat des Misstrauens unter den Mitgliedern der Illuminaten zu säen. Namor war der erste, der sich verabschiedete, und die anderen folgten ihm bald. Nur die Zeit wird zeigen, ob die Helden der Erde einen Weg finden können, einander wieder zu vertrauen und diese geheime Invasion abzuwehren, bevor der Planet verloren ist.