“Illuminati” var en hemmelig organisation, der bestod af flere af verdens mest magtfulde helte: den øverste troldmand, Doctor Strange; Black Bolt, konge af Inhumans; Charles Xavier, grundlægger af X-Men og aktivist for mutanternes rettigheder; Reed Richards, stiftende medlem af Fantastic Four; Namor the Sub-Mariner, konge af Atlantis; og Iron Man (Anthony Stark), stiftende medlem af Avengers. Disse seks mænd arbejdede sammen i et uspecificeret tidsrum for at forme og forme status for den overmenneskelige verden og verden omkring den.

Originalt forenede Tony Stark disse mænd sammen med den sorte panter kort efter Kree-Skrull-krigen først havde involveret Jorden. Han foreslog, at de skulle danne en megagruppe, som ville være forberedt på at imødegå sådanne lignende trusler ved at forene alle de eksisterende superhold og grupper. Til sidst blev ideen minimeret i omfang til en hemmelig kabale, der ville dele information og i hemmelighed beslutte, hvordan alle de enkelte grupper skulle korrespondere, idet T’challa valgte ikke at slutte sig til gruppen.

Gruppen mødtes for at diskutere en række forskellige emner, herunder Sentrys tilbagevenden. Gruppen varede, indtil Iron Man besluttede at narre Hulk til at tage ud i rummet og derefter sende ham af sted fra Jorden til en fjern planet. Da Namor forlod gruppen på grund af sin uenighed med valget og professor Xavier var forsvundet, efter at House of M|Scarlet Witch havde forvrænget virkeligheden, gik gruppen i opløsning. De samledes en gang efter, da Iron Man annoncerede den forestående Superhuman Registration Act og bad dem alle om at være stærkt enige offentligt for at forhindre en borgerkrig|borgerkrig. Igen blev gruppen splittet, da de fleste erklærede deres modstand mod loven, hvilket fik Iron Man og Reed Richards til at opløse gruppen.

Derimod kaldte Iron Man gruppen sammen en sidste gang, da den seneste samling af Avengers opdagede en Skrull, der udgav sig for at være snigmorderen Elektra. Mens de prøvede at finde ud af præcis, hvad de skulle gøre ved situationen, afslørede Black Bolt sig selv som værende også en Skrull og angreb resten af Illuminati. Det lykkedes næsten denne nye type uopdagelige Skrull-supersoldat at eliminere Iron Man og hans gruppe, men det lykkedes Namor at dræbe den fremmede kriger, før det kunne ske. Iron Man udslettede derefter de næste to Skrull-soldater, der angreb, men det var allerede for sent. De fremmede angribere fuldførte deres opgave med at plante et frø af mistillid hos Illuminati-medlemmerne. Namor var den første, der tog afsked, og resten fulgte snart efter. Kun tiden vil vise, om Jordens helte kan finde en måde at stole på hinanden igen og afvise denne hemmelige invasion, før planeten er tabt.