Selv om det er rigtigt, at både gletsjere og isflager er store ismasser, der kan findes i arktiske områder, er der en væsentlig forskel på dem. Grundlæggende opstår gletsjere på land, og isflager dannes i åbent vand og er en form for havis.
Glaciærer dannes ved omkrystallisering af sne eller anden fast nedbør, der ikke smelter nævneværdigt, selv ikke i smeltesæsonen. Den nedfaldne sne komprimeres i løbet af mange år (med en hastighed, der afhænger af temperatur og fugtighed) til is. En gletsjer kan også få masse fra genfrysning af smeltevand ved dens basis. Selv om gletsjere hovedsageligt får næring fra snefald, kan de også vokse som følge af nedfrysning af regn, hagl, frost og rim, ligesom laviner også kan tilføre sne til en gletsjer. Man finder gletsjere i arktiske områder, på Antarktis og på høje bjerge i tempererede og endog tropiske klimaer. Gletsjere, der strækker sig i sammenhængende lag og dækker en stor landmasse, som f.eks. Antarktis eller Grønland, kaldes iskapper. Hvis de ligner hinanden, men er mindre, kaldes de for iskapper. Gletsjere, der er indesluttet i en bane, der styrer deres bevægelser, kaldes bjerggletsjere, gletsjere, der breder sig på jævnt terræn ved foden af et isområde, kaldes piedmontgletsjere, og gletsjere, der breder sig fra et isområde ud i havet, kaldes ishylder.
Isskotter er derimod lavet af frosset havvand. Under rolige forhold fryser en suppeagtig opslæmning af krystaller, kaldet frazil, sammen og danner skyer og fortsætter derefter med at vokse ved en bundfrysningsproces, der kaldes kongelation. Under mere turbulente forhold samles frazilkrystallerne til pandekager. Efterhånden som de vokser, bliver de tykkere og lægger sig oven på hinanden og danner til sidst isflager. Isflager er ret mobile og driver rundt på havets overflade. Sammensætningen og livscyklussen af isflager i det antarktiske ocean er anderledes end i det arktiske ocean.