Illuminati var en hemlig organisation som bestod av flera av världens mäktigaste hjältar: Sorceror Supreme Doctor Strange, Black Bolt, kung av Inhumans, Charles Xavier, grundare av X-Men och aktivist för mutanternas rättigheter, Reed Richards, grundare av Fantastic Four, Namor the Sub-Mariner, kung av Atlantis, och Iron Man (Anthony Stark), grundare av Avengers. Dessa sex män arbetade tillsammans under en ospecificerad tid för att forma och forma statusen för den övermänskliga världen och världen runt omkring den.

Originellt förenade Tony Stark dessa män tillsammans med Black Panther kort efter att Kree-Skrull-kriget först hade involverat jorden. Han föreslog att de skulle bilda en megagrupp som skulle vara beredd att möta sådana liknande hot genom att förena alla befintliga superteam och grupper. Så småningom minimerades idén i skala till en hemlig kabal som skulle dela information och i hemlighet bestämma hur alla de enskilda grupperna skulle korrespondera, T’challa valde att inte gå med i gruppen.

Gruppen träffades för att diskutera en mängd olika frågor, inklusive Sentrys återkomst. Gruppen varade tills Iron Man bestämde sig för att lura Hulken att åka ut i rymden och sedan skicka iväg honom från jorden till en avlägsen planet. Då Namor lämnade på grund av att han inte höll med om valet och professor Xavier hade försvunnit efter att House of M|Scarlet Witch förvrängde verkligheten, upplöstes gruppen. De samlades en gång efteråt, när Iron Man tillkännagav den förestående lagen om registrering av övermänniskor och bad att de alla skulle vara starkt överens offentligt för att förhindra ett inbördeskrig|inbördeskrig. Återigen splittrades gruppen när de flesta förklarade sitt motstånd mot lagen, vilket ledde till att Iron Man och Reed Richards upplöste gruppen.

Hur som helst kallade Iron Man ihop gruppen en sista gång när den senaste samlingen av Avengers upptäckte en Skrull som utgav sig för att vara lönnmördaren Elektra. Medan han försökte lista ut exakt vad han skulle göra åt situationen avslöjade Black Bolt att han också var en Skrull och attackerade resten av Illuminati. Denna nya typ av odetekterbar Skrull-supersoldat lyckades nästan eliminera Iron Man och hans grupp, men Namor lyckades döda den utomjordiska krigaren innan det kunde ske. Iron Man förintade sedan de två nästa Skrull-soldaterna som attackerade, men det var redan för sent. De utomjordiska inkräktarna fullbordade sin uppgift att plantera ett frö av misstro hos medlemmarna i Illuminati. Namor var den förste som tog avsked, och resten följde snart efter. Endast tiden får utvisa om Jordens hjältar kan hitta ett sätt att lita på varandra igen och slå tillbaka denna hemliga invasion innan planeten är förlorad.