Korai történelem
Amikor a spanyolok megérkeztek Honduras gyarmatosítására, a földet számos őslakos nép lakta, amelyek közül a legfejlettebbek a maják voltak. Az arany ösztönözte a terület spanyol meghódítását a 16. század elején, és a hondurasi aranybányász Gracias városa 1544-ben a spanyol Közép-Amerika fővárosa (Audiencia de los Confines) lett. 1548-ra azonban a spanyolok kifogytak az aranyból, és Santiago (Antigua Guatemala) lett a Guatemalai Királyság új fővárosa. Honduras, amelynek fővárosa Comayagua volt, és gazdaságának alapja a mezőgazdaság, e királyság tartománya (audiencia) volt Új-Spanyolország alkirályságán belül. Az 1570-es években a felvidéki ezüstkitermelés miatt rengeteg aranyásó érkezett Hondurasba, aminek következtében Tegucigalpa fontos lakossági központ lett, amely ezt követően, különösen a 18. században, Comayaguával versengett. A mezőgazdaság, Közép-Amerika tartós gazdasági alapja azonban csak lassan fejlődött Hondurasban. A spanyol társadalom fejlődését a hondurasi térségben a Karib-tengeren honos kalózok és kalózhajósok part menti támadásai, végül pedig a Közép-Amerika part menti területeinek ellenőrzésére irányuló összehangolt brit erőfeszítések akadályozták. A spanyolok hosszú ideig puha védekezést alkalmaztak a karibi fenyegetéssel szemben, visszahúzódva a felföldre és a csendes-óceáni parti területekre, amelyek általában közelebb voltak a kommunikációs és közlekedési hálózatukhoz. Így került a britek ellenőrzése alá a karibi Mosquito partvidék. A part menti szambó-miskito népek a britek nélkülözhetetlen szövetségesei voltak ebben a törekvésben. A 18. században azonban a spanyol Bourbon királyok folyamatos erőfeszítéseket tettek a karibi partvidék visszaszerzésére, és a Hondurasi-öbölben elért sikereik abban nyilvánultak meg, hogy 1779-re elkészült egy erőd az Omoa-öbölben.
A függetlenség Spanyolországtól 1821-ben, Mexikótól pedig 1823-ban vált függetlenné, amikor Honduras csatlakozott a Közép-Amerikai Egyesült Tartományok megalakulásához. A liberális és konzervatív frakciók közötti súrlódások azonban hamarosan aláásták a föderációt. A liberálisok általában a republikanizmust, a szabadabb kereskedelmet, a kevesebb állami szabályozást, a katolikus papság politikai és gazdasági hatalmának megszüntetését, valamint a külföldi fejlődési modellek utánzását támogatták. A konzervatívok megvédték a klérust, a monarchizmus felé hajlottak, bizalmatlanok voltak a külföldi modellekkel szemben, és általában hagyományosabb és spanyolbarát szemléletűek voltak. 1830-ban egy hondurasi liberális, Francisco Morazán lett ennek a szövetségnek az elnöke, és egy évtizeden át olyan liberális politikát hirdetett, amely korlátozta a papság hagyományos hatalmát és kiváltságait, és növelte a mezőgazdasági kivitelt. A liberális politikával szembeni konzervatív és népi ellenállás a föderáció összeomlásához vezetett, és Honduras 1838. november 5-én kikiáltotta abszolút függetlenségét. A hondurasi egyházpárti konzervatívok átvették az irányítást Francisco Ferrera vezetésével, aki 1841. január 1-jén lett az első alkotmányos elnök. A 19. század közepén, szuverenitásának kinyilvánítása ellenére Honduras támogatta a közép-amerikai unió helyreállítására irányuló erőfeszítéseket, miközben valódi függetlenségét erősebb szomszédai erősen korlátozták. A konzervatív uralom az 1870-es évekig tartott, ez idő alatt az egyház visszanyerte korábbi pozícióját, és a hondurasi kormány konkordátumot írt alá (1861) a római Szentszékkel.
1871 után Justo Rufino Barrios guatemalai hatalomra jutása befolyásolta a liberalizmushoz való visszatérést Hondurasban, ahol a liberális Marco Aurelio Soto vette át az elnöki tisztséget (1876). A liberálisok 1880-ban új alkotmányt hirdettek ki, amely a konzervatívok munkáját igyekezett visszacsinálni, és a fővárost is áthelyezték Comayaguából Tegucigalpába. Öt évvel később a liberálisok Hondurasban és másutt is először nacionalistáknak bizonyultak, és megakadályozták Guatemala azon kísérletét, hogy erőszakkal egyesítsék az isztrummot. A liberálisok még jóval a 20. században is uralták az országot, ösztönözve a külföldi befektetéseket és a gazdasági növekedést, bár Honduras továbbra is az isthmus legszegényebb állama maradt.