Izabella még nyolc hétig nem hagyta el Portugáliát. Apja flottát és kelengyét készíttetett, és 1429. október 19-én egy mintegy 20 hajóból álló flottillával Izabella – közel 2000 portugál kíséretében – örökre elhagyta Portugáliát. Tizenegy hetes út után, amikor a flottát viharok sújtották, amelyek több hajó és a menyasszonyi kelengye nagy részének elvesztését okozták, a konvoj 1429. december 25-én ért Sluysba. A hercegnő másnap szállt partra, ahol két héttel később, 1430. január 7-én ünnepelte hivatalos egyházi házasságkötését Fülöppel.
Férjével és Namur grófnője, Jeanne de Harcourt kíséretében Izabella ezután beutazta Burgundia fő területeit: Gentből (január 16.) Kortrijk (február 13.) és Lille között, majd Brüsszel, Arras, Péronne-en-Mélantois, Mechelen és március közepén Noyon, ahol az immár terhes Izabella úgy döntött, hogy egész tavasszal pihen, és csak akkor távozott, amikor Jeanne d’Arc hadjáratot vezetett a közeli Compiègne ellen. Ezután visszatért Gentbe, ahol egy esetleges céhlázadással foglalkozott.
Izabella eleinte nem volt felkészülve a burgundi udvari élet pazar stílusára, amely Európa egyik legpazarlóbbja volt. A portugál infánsnő, akit a házasságáról tárgyaló burgundiai követség leírása szerint első találkozásukkor apácának tűnt a szemükben, és most, hogy terhességét elrejtendő, bő ruhába és lapos felsőruhába öltözött, különösen illedelmesnek tűnt új udvarában. Izabellát azonban még jobban felzaklatta férje viselkedése. A férfi ajándékokkal halmozta el, amikor először érkezett, és még többel, amikor teherbe esett; mégis világossá tette, hogy nem áll szándékában megtartani a hűség- és tisztasági fogadalmát. Számos nőt tartott szeretőjeként, akiknek többsége az udvartól távol élt, és nem kevesebb, mint 50 törvénytelen gyermeket.”
Isabella 1430. december 30-án, egy évvel a házassága után, a brüsszeli Coudenbergben szülte meg első gyermekét. A gyermeket, a születésekor betegeskedő Antoine-t 1431. január 16-án keresztelték meg, és nem sokkal később mindkét szülő elutazott, hogy hercegi ügyeket intézzen. Az év őszére Izabella ismét terhes volt második fiukkal, Józseffel; ami ennél is fontosabb, hogy hosszú, folyamatos időt töltött férjével, és bizonyította intelligenciáját és képességeit, valamint a burgundi függetlenség iránti elkötelezettségét. Emiatt, amikor VII. Károly francia király 1432 januárjában támadni kezdte Burgundiát, Fülöp – Coudenburgot elhagyva Dijon védelmére – elrendelte, hogy távollétében ő képviselje őt. Antoine és Joseph is meghalt 1432-ben, de a hercegnő ezután 1433. november 10-én életet adott a későbbi Merész Károlynak.
Isabella kifinomult és intelligens nő volt, aki szerette, ha művészek és költők veszik körül. Nagylelkű mecénása volt a művészeteknek. A politikában nagy hatással volt a fiára, de még inkább a férjére, akit számos diplomáciai konferencián képviselt, és akinek távollétében ő kormányzott. A legjelentősebb, hogy udvari tagjainak számos házasságát ő kötötte meg, köztük fiának, Károlynak és Katalin francia királynőnek a házasságát. Különös gondot fordított a Katalinról gondoskodó Guelders-i Mária érdekében is. Izabella segített megszervezni II. Jakab skót királynővel kötött házasságát, ami királynővé tette őt.