HáttérSzerkesztés
Az immunrendszer sejtdifferenciálódásának valódi megértéséhez az adaptív és a veleszületett immunrendszer egyes sejttípusainak transzkripciós profiljára vonatkozó általános szemléletre van szükség, valamint arra, hogy ezek a profilok hogyan alakulnak a sejtdifferenciálódás vagy az immunogén vagy tolerogén ligandumok általi aktiválás révén. Az ImmGen projekt célja ezen transzkripciós állapotok útitervének létrehozása.
Génexpressziós kompendium Szerkesztés
Az ImmGen első célja a teljes genom transzkripciós profilok kompendiumának létrehozása (kezdetben microarray, jelenleg főként RNS-szekvenálással) az egér adaptív és veleszületett immunrendszerének szinte valamennyi jellemzett sejtpopulációjára, a differenciáció és aktiváció főbb szakaszaiban. Ezt az erőfeszítést az USA-szerte együttműködő immunológiai kutatólaboratóriumok egy csoportja végzi. A laboratóriumok mindegyike egyedi szakértelemmel rendelkezik egy adott sejtvonalban, és mindannyian szabványosított eljárásokat alkalmaznak a sejtválogatáshoz. A microarray adatok kompendiuma jelenleg több mint 250 immunológiailag releváns sejttípust tartalmaz, valamennyi limfoid szervből és egyéb, immunsejtek által ellenőrzött szövetből.
PublikációkSzerkesztés
A kompendium felhalmozódásával egy időben megjelent egy sor ImmGen jelentés. Néhány vonalspecifikus jelentés a vérképző őssejteket, természetes ölősejteket, neutrofileket, B- és T-sejteket, természetes ölősejteket, makrofágokat, dendritikus sejteket, alfa-béta T-sejteket, gamma-delta T-sejteket, aktivált CD8 T-sejteket, veleszületett limfoid sejteket és nyirokcsomó-stroma sejteket írt le.Bár a legtöbb transzkripciós profilalkotás B6 egereken történt, a genetikai variáció hatását is vizsgálták.Az ImmGen második szakasza az aktivált immunsejtek profilalkotását kezdte meg. Az interferonválaszt használták tesztesetként.
Bioinformatikai génszabályozó hálózati modellSzerkesztés
Az együttműködő számítógépes biológusok több csoportja (Regev & Koller) az adatokat az immunsejtek genetikai szabályozó hálózatának visszafejtésére és az emberi immunrendszerrel való összehasonlítására használta fel Az immunvonalak közötti differenciális splicing kezdeti felmérését végezték mind microarrays, mind RNS-szekvenálás segítségével.
Az adatok vizuális reprezentációjaSzerkesztés
A Brown Egyetem Számítástudományi Tanszékének projekt résztvevői szintén az ImmGen-adatok újszerű reprezentációs módjait kutatják, a nyilvános reprezentációt fejlesztik és gondozzák.
TagokSzerkesztés
A résztvevő immunológiai laboratóriumok közé tartoznak a Brenner (NKT, BWH, Boston), Goldrath (Aktivált CD8 T-sejtek, UCSD, San Diego), Kang (gamma delta T-sejtek, U. Mass, Worcester), Lanier (NK, UCSF, San Francisco), Mathis/Benoist (alfa-béta T-sejtek, HMS, Boston), Merad és Randolph (monociták & makrofágok, Mount Sinai, New York és Washington University, Saint Louis), Rossi (HSC, Children’s, Boston), Turley (DC, DFCI, Boston) és Wagers (HSC, Joslin, Boston) laboratóriumok.
Tragikus módon Richard (Randy) Hardy (Fox Chase, Philadelphia), aki az ImmGen tagja volt az alapítás óta, 2016 júniusában elhunyt.
Jelenlegi állapotSzerkesztés
2016 augusztusáig az Immgen több mint 250 naiv sejtpopulációt profilozott az egérben microarray segítségével, és több tucat aktivált sejttípust az RNS-szekvenálás segítségével.