Az immuncitokémia abban különbözik az immunhisztokémiától, hogy az előbbit olyan intakt sejtek mintáin végzik, amelyekből a legtöbb, ha nem az összes környező extracelluláris mátrixot eltávolították. Ide tartoznak a szilárd szövettömbből izolált egyedi sejtek, a tenyészetben növesztett sejtek, a szuszpenzióból levett sejtek vagy a kenetből vett sejtek. Ezzel szemben az immunhisztokémiai minták biológiai szövetek metszetei, ahol minden egyes sejtet a szöveti architektúra és más, az ép szövetben normálisan megtalálható sejtek vesznek körül. az immuncitokémia egy olyan technika, amelyet egy specifikus fehérje vagy antigén jelenlétének sejtekben (tenyésztett sejtekben, sejtszuszpenziókban) történő felmérésére használnak egy specifikus ellenanyag segítségével, amely kötődik hozzá, lehetővé téve ezáltal a vizualizálást és a mikroszkóp alatti vizsgálatot. Értékes eszköz a sejttartalom meghatározására az egyes sejtekből. Az elemezhető minták közé tartoznak a vérkenetek, aspirátumok, tamponok, tenyésztett sejtek és sejtszuszpenziók.

A sejtminták immuncitokémiai elemzésre történő előkészítésének számos módja van. Mindegyik módszernek megvannak a maga erősségei és egyedi jellemzői, így a kívánt mintához és eredményhez a megfelelő módszert lehet kiválasztani.

A festendő sejteket szilárd hordozóra lehet rögzíteni, hogy a későbbi eljárások során könnyen kezelhetők legyenek. Ez többféle módszerrel is megvalósítható: a tapadó sejteket mikroszkópos tárgylemezeken, fedőlemezeken vagy optikailag megfelelő műanyag hordozón lehet tenyészteni. A szuszpenziós sejtek üveglemezre centrifugálhatók (citospin), kémiai kötőanyagok segítségével szilárd hordozóhoz köthetők, vagy bizonyos esetekben szuszpenzióban kezelhetők.

A kis viszkozitású közegben lévő koncentrált sejtszuszpenziók jó jelöltek kenetkészítésre. A híg közegben létező híg sejtszuszpenziók a legalkalmasabbak a citospinek citocentrifugálással történő előállítására. A nagy viszkozitású közegben lévő sejtszuszpenziók a legalkalmasabbak kenetkészítményként történő vizsgálatra. E preparátumok között az az állandó, hogy a teljes sejt jelen van a tárgylemez felületén. Ahhoz, hogy bármilyen sejtközi reakció létrejöjjön, az immunglobulinnak először át kell haladnia a sejtmembránon, amely ezekben a preparátumokban ép. A sejtmagban lejátszódó reakciók nehezebbek lehetnek, és az extracelluláris folyadékok egyedi akadályokat állíthatnak az immuncitokémia elvégzése elé. Ebben a helyzetben szükségessé válik a sejtek permeabilizálása detergenssel (Triton X-100 vagy Tween-20) vagy a szerves fixálószerek (aceton, metanol vagy etanol) választása.

Az antitestek fontos eszközt jelentenek egy antigén jelenlétének és szubcelluláris lokalizációjának kimutatására. A sejtfestés nagyon sokoldalú technika, és ha az antigén erősen lokalizált, akár ezer antigénmolekulát is képes kimutatni egy sejtben. Bizonyos körülmények között a sejtfestés az antigén hozzávetőleges koncentrációjának meghatározására is használható, különösen egy képelemző készülékkel.