Hemagglutinin, a természetben előforduló glikoproteinek csoportjának bármelyike, amely a vörösvértestek (eritrociták) agglutinációját vagy összecsomósodását okozza. Ezek az anyagok növényekben, gerinctelen állatokban és bizonyos mikroorganizmusokban találhatók. A legjobban jellemzett hemagglutininek közé tartoznak azok, amelyek az influenzavírusokat tartalmazó Orthomyxoviridae családba tartozó vírusokon és a számos patogén vírust, köztük a kanyarót okozó Paramyxoviridae családba tartozó vírusokon felszíni antigénként (antitestek termelését serkentő idegen fehérjék) fordulnak elő.
A hemagglutinin jelenléte az influenzavírusokon lehetővé teszi a vírusok számára a szialinsavhoz való kötődést a gazdatest állatok sejtjeinek felszínén. Ez a kötődés megkönnyíti a gazdaszervezet fertőzését, és ezáltal hozzájárul a vírusok virulenciájához. Vélhetően hasonló mechanizmus járul hozzá a kanyaróvírus fertőzőképességéhez. A vírus hemagglutinin serkenti a gazdaszervezet immunrendszerének antitesttermelését. Ezek az antitestek a hemagglutinin antigén egy epitópként ismert részéhez kötődnek, és ezáltal a vírust az immunrendszer elpusztítása céljából megjelölik. Az influenzavírusok esetében a hemagglutinint kódoló gének mutációi új epitópokat hozhatnak létre, amelyek lehetővé teszik a vírusok számára, hogy elkerüljék az antitestek felismerését. Ezek a mutációk antigéndrift vagy antigénváltás eredményeként jöhetnek létre – olyan folyamatok, amelyek járványokat vagy világjárványokat okozni képes influenzavírusokat eredményezhetnek. Az A típusú influenzavírusokhoz 16 hemagglutinin forma tartozik, amelyeket H1-től H16-ig jelölnek. A hemagglutinin a neuraminidáz nevű vírusantigén fehérje különböző formáival együtt az A típusú influenzavírusok altípusainak (pl. H1N1, H5N1) megkülönböztetésére szolgál.
A hemagglutinin antigénnel rendelkező vírusokkal szembeni antitesteket hemagglutinin-gátló teszttel lehet kimutatni. Ha egy személy vagy állat ilyen antitesteket hordoz, a vörösvértestek agglutinációja megakadályozható (lásd szerológiai vizsgálat).