A császárfakopáncsot az IUCN és a BirdLife International hivatalosan a “súlyosan veszélyeztetett (valószínűleg kihalt)” fajok közé sorolja. Történelmileg nem volt ritka faj a megfelelő élőhelyen belül, de a teljes populáció valószínűleg soha nem volt 8000 egyednél több (Lammertink et al. 1996). A fennmaradt populációról feltételezhető, hogy csekély (kevesebb mint 50 kifejlett egyedet számláló), mivel 1956 óta nincsenek megerősített adatok; a fennmaradt élőhelyek elemzései azt mutatják, hogy nem maradtak olyan területek, amelyek elég nagyok lennének a faj fennmaradásához. Az utolsó megerősített adat Durangóból származik 1956-ból, és a faj nagy valószínűséggel kihalt. Ha a faj kihalt, annak oka az élőhelyek pusztulása és feldarabolódása, valamint a vadászat lehetett. Ezek a tényezők az okai annak, hogy a fajt már több mint 60 éve nem látták, bár helyi jelentések is érkeztek észlelésekről. A kutatók úgy vélik, hogy hanyatlásukat a fakitermelési érdekeltségek által folytatott aktív irtási kampányok, a túlzásba vitt vadászat – a népi gyógyászatban való felhasználás miatt, valamint azért, mert a tarahumara nép csemegének tartotta a fészekaljakat. Hosszú időn keresztül sport, élelem és gyógyászati célokra vadászták, és a Durango déli részén élő Tepheuana és Huichol törzsek állítólag rituálékhoz használták a tollakat és a csőröket. A császárfakopáncs ráadásul lenyűgöző madár, és mivel a faj egyre ritkábbá vált, a jelek szerint sokakat lőttek le olyan emberek, akik még soha nem találkoztak ilyen madárral, és közelebbről akarták megnézni.
Az élőhely, ahol a császárfakopáncs tartózkodott, túlnyomórészt tűlevelű erdőkben volt (terepszintek 2700-2900 m. magasságban). A terület, ahol éltek, bővelkedett nagyméretű holt fákban, ami összefüggésbe hozható a kihalásukkal. A területet 2010-ig többször kiirtották és kivágták. A természetvédelmi biológia egyre nagyobb erőfeszítéseket fordít a kihalási kockázat elemzésére, valamint a ritka, sokáig nem látott faj felkutatására. Van néhány újabb, meg nem erősített észlelés, amelyek közül a legutóbbi szorosan követte az elefántcsőrű fakopáncs állítólagos újrafelfedezésének 2005-ös közzétételét. Lammertink és munkatársai (1996) az 1956 utáni jelentések alapos áttekintése után arra a következtetésre jutottak, hogy a faj valóban fennmaradt az 1990-es években elterjedési területének középső részén, de a további fennmaradást is nagyon valószínűtlennek tartják. Szerintük a populáció a történelmi időkben mindig is korlátozott volt, bár a faj az 1950-es években bekövetkezett katasztrofális csökkenés előtt valóban maximális sűrűségben volt jelen. Az akkori jó feljegyzések hiánya nyilvánvalóan inkább a kutatás hiányára, mint a tényleges ritkaságra vezethető vissza, de úgy tűnik, hogy ez mindössze egy évtizeddel később gyökeresen megváltozott.
Tim Gallagher és Martjan Lammertink terepi kutatásai, amelyekről Gallagher 2013-as könyvében számol be, bizonyítékot találtak – a madár elterjedési területén élő idős lakosok beszámolói formájában, akik évtizedekkel korábban láttak császárfakopáncsokat, és akik a kutatókkal megbeszélték emlékeiket – arra, hogy a mexikói fakitermelő vállalatokkal együttműködő erdészek az 1950-es években azt mondták a helyieknek, hogy a harkályok értékes fát pusztítanak, és arra biztatták az embereket, hogy öljék meg a madarakat. Ennek a kampánynak a részeként az erdészek mérget adtak a helyi lakosoknak, hogy kenjenek mérget azokra a fákra, amelyeken a madarak táplálkoztak. Mivel a császárfakopáncsok csoportjai hajlamosak voltak akár két hétig is táplálkozni egyetlen hatalmas, elhalt, öreg fenyőfán, a méregnek egy ilyen fára történő felhordása hatékony módja lehetett egy akár egy tucatnyi ilyen hatalmas harkályból álló csoport kiirtásának – és talán még a madarak következő csoportjait is ki lehetett irtani, amelyek esetleg a területre költöztek, és ugyanahhoz a fához vonzódtak. Gallagher azt gyanítja, hogy egy ilyen mérgezési kampány lehet a kulcsa a faj 1950-es években bekövetkezett, katasztrofálisnak tűnő populációs összeomlásának, amelyre mindeddig nem találtak kielégítő magyarázatot. A mérgezési kampány rövid idő alatt egész madárcsoportokat pusztíthatott el. Az a feltevés, hogy az értékes faanyagot meg kell védeni a harkályoktól, valójában alaptalan volt. A császárfakopáncsok nem táplálkoznak élő, egészséges fákon, és nem ásnak fészek- vagy kotoréknyílásokat élő, egészséges fákon.”
Gallagher A Grálmadár (2006) című regényében kitér arra, hogy a császárfakopáncs keresése milyen nehézkes a veszélyes helyzete miatt. A mexikói Sierra Madre Occidentalban jelentős marihuána- és ópiummák-termesztő területek vannak, amelyeket fegyveres őrök járőröznek. A drogkartellek gyakran megölnek mindenkit, aki túl közel kerül a termésükhöz.
A VertNet nevű, több intézményt is magában foglaló online példányadatbázisban végzett keresésből kiderül, hogy a császári harkályból mindössze 144 fizikai példány létezik, köztük mindössze 3 ismert teljes csontváz. Úgy tűnik, hogy a tringi Természettudományi Múzeumból származó egy elnézett harkálycsontváz is a fajhoz tartozik. A faj egy 1956-os amatőr filmről is ismert, amely egy madarat ábrázol, amint mászik, táplálékot keres és repül. A filmet a Cornell Egyetem restaurálta és kiadta. Gallaghert a császárfakopáncs felkutatására az inspirálta, hogy William Rhein fogorvos felfedezte ezt az 1956-os filmet, aki többször járt Mexikóban a császárfakopáncs után kutatva. Ez az egyetlen ismert fényképfelvétel a fajról.