Közlemények
Egy korai művében, a tej erényeiről szóló orvosi traktátusban, a Libellus de lacte et operibus lactariis-ban (1545) egy barátjának írt levelet, amelyben a hegyeket a természet egyik legnagyobb csodájaként magasztalta. Ez az utalás és egy későbbi beszámoló a Pilatus-hegy megmászásáról (1555) a hegymászás egyik első feljegyzése.
1545-ben Gesner kiadta Bibliotheca universalis című művét, az első ilyen jellegű bibliográfiát, amely mintegy 1800 szerzőt sorol fel ábécérendben, műveik címével, megjegyzésekkel, értékelésekkel és az egyes bejegyzések jellegére és érdemeire vonatkozó megjegyzésekkel. Ezt a monumentális referátumot 1548-ban követte a Pandectarum sive Partitionum universalium Conradi Gesneri… libri xxi című enciklopédikus műve, amelyben Gesner 21 címszó alatt igyekezett áttekintést adni a világ feljegyzett ismereteiről. Az első 19 könyv 1548-ban jelent meg; az utolsó, a teológiai gondolkodásnak szentelt könyv 1549-ben jelent meg, míg az orvostudományról szóló 20. könyv soha nem készült el.
Gesner következő monumentális alkotása az állatvilágra vonatkozó feljegyzett ismeretek kompendiuma, a Historiae animalium volt, amelyben a megfigyelt tényeket igyekezett megkülönböztetni a mítoszoktól és a népszerű tévedésektől. Az első kötet (1551), egy bőségesen illusztrált, 1100 fólióoldalas mű, az elevenszülő négylábúakkal (négylábú állatok, amelyek élő utódokat hoznak világra) foglalkozott. Később, 1554-ben, 1555-ben és 1556-ban az oviparos négylábúaknak (a tojásokból utódokat kikelő állatok), a madaraknak, a halaknak és más vízi állatoknak szentelt kötetek következtek; a részben befejezett ötödik, a kígyókról szóló kötetet posztumusz adták ki 1587-ben.
Gesner soha nem fejezte be a növényvilág hasonlóan átfogó áttekintését, de jegyzeteit és mintegy 1500 fametszetét a növényekről és fontos virágaikról és magvaikról más szerzők még két évszázaddal a halála után is felhasználták. Bár saját életében leginkább botanikai munkáiról volt ismert, Gesner kiadta a Mithridates: de differentis linguis (1555) című művét is, amely mintegy 130 akkor ismert nyelvről szólt, valamint a 3. századi római vegyes író, Claudius Aelianus műveinek egy kiadását (1556).
Mitridates: de differentis linguis (1555).