City of Boerne v. Flores, ügy, amelyben az Egyesült Államok Legfelsőbb Bírósága 1997. június 25-én úgy döntött (6-3), hogy az 1993-as vallásszabadság helyreállításáról szóló törvény (RFRA) túllépte a Kongresszus hatáskörét. A bíróság szerint bár a törvény a szövetségi intézkedések tekintetében alkotmányos volt, az államokra nem lehetett alkalmazni.
A texasi Boerne-ben a helyi katolikus templom, egy hagyományos adobe stílusú épület, túl kicsi lett a gyülekezet számára, és 1993-ban Patrick F. Flores, San Antonio érseke engedélyt kért a templom bővítésére. A városi tanács elutasította az engedélyt, a történelmi városrész megőrzését célzó rendeletre hivatkozva. Flores pert indított, azt állítva, hogy az engedély megtagadása megsértette az RFRA-t, amely kimondja, hogy “a kormányzat nem terhelheti jelentősen egy személy vallásgyakorlását, még akkor sem, ha a teher egy általánosan alkalmazható szabályból ered”. A törvény a szövetségi és az állami kormányzatra egyaránt vonatkozott.
A RFRA három évvel az Oregon kontra Smith (1990) ügyet követő Employment Division, Department of Human Resources of Oregon v. Smith (1990) után született, amelyben a Legfelsőbb Bíróság úgy döntött, hogy egy állam megtagadhatja a munkanélküli segélyt az amerikai őslakos egyház tagjaitól, akiket azért rúgtak ki állásukból, mert szentségi céllal peyote-ot fogyasztottak; a bíróság kifejtette, hogy a vallás tekintetében hivatalosan semleges törvényeket a kormányzat alkalmazhatja. Válaszul a Kongresszus elfogadta az RFRA-t, megnehezítve a kormányok számára a vallásszabadságok felülbírálását. A törvény állami kormányokra való kiterjesztésekor a Kongresszus a tizennegyedik módosítás 5. szakaszára hivatkozott, amely felhatalmazást adott neki a módosítás rendelkezéseinek érvényesítésére; a tizennegyedik módosítás megfelelő eljárást ír elő, mielőtt bárkit megfosztanának az életétől, szabadságától vagy tulajdonától, valamint a törvény előtti egyenlő védelmet.
A Flores ügyben a szövetségi kerületi bíróság Boerne javára döntött, és megállapította, hogy az RFRA alkotmányellenes. Az Ötödik Kerületi Fellebbviteli Bíróság azonban megfordította a döntést, és alkotmányosnak találta a törvényt.
Az ügyet 1997. február 19-én tárgyalta a Legfelsőbb Bíróság. Megállapította, hogy a Kongresszusnak nincs korlátlan mérlegelési joga a törvények meghozatalára a tizennegyedik módosítás 5. szakasza alapján. A Kongresszusnak csak a rendelkezések érvényesítésére van hatásköre, állapította meg a bíróság, de nem változtathatja meg az általa érvényesített jogot. Valójában a Kongresszusnak jogorvoslati jogköre van a tizennegyedik módosítás szerinti visszaélések megakadályozására. Ennek illusztrálására a bíróság az 1965-ös választójogi törvényt idézte. A bíróság több esetben is helybenhagyta ezt a törvényt, megállapítva, hogy a Kongresszusnak joga van erőteljes “korrekciós és megelőző intézkedéseket” hozni az Egyesült Államokban “széles körben elterjedt és tartósan fennálló faji megkülönböztetés” korrigálására. Az RFRA esetében azonban a bíróság úgy találta, hogy a törvény jogalkotási előzményeiből hiányzott “az elmúlt 40 évben a vallási bigottság miatt elfogadott, általánosan alkalmazandó törvények példája”. Továbbá a bíróság úgy találta, hogy a törvény “annyira nem áll arányban a feltételezett orvosló vagy megelőző céllal, hogy nem lehet úgy értelmezni, hogy az alkotmányellenes magatartásra reagál, vagy annak megelőzésére irányul.”
A bíróság továbbá úgy találta, hogy az RFRA túl széleskörű, és a kormányzat minden szintjén beavatkozáshoz vezetne. A bíróság elgondolkodott azon, hogyan határozná meg, hogy a kormányzati intézkedés lényegesen megterheli-e egy személy vallásszabadságát. A bíróság arra a következtetésre jutott, hogy az RFRA “jelentős kongresszusi beavatkozást jelent az államok hagyományos előjogaiba és általános hatáskörébe”, és ezért alkotmányellenes, ha az államokra alkalmazzák. Az Ötödik Kerület döntését hatályon kívül helyezték.