00:00:15.00Hi, Anne Carpenter vagyok a Broad Institute-tól,
00:00:17.08és a CellProfiler projekt egyik vezetője.
00:00:19.18Most szeretném bemutatni a CellProfilert.
00:00:22.00:00:00:24.18Ez egy ingyenes és nyílt forráskódú képelemző szoftver, amely képes biológiai entitások és képek azonosítására és mérésére;
00:00:27.06nagyméretű képek feldolgozására bármilyen léptékben,
00:00:29.11a kis léptékű kísérletektől a nagyméretűekig;
00:00:31.21és exportálja az adatokat további elemzéshez.
00:00:00:34.12Először néhány alapvetés a CellProfilerről.
00:00:00:36.09Egy biológus tervezte – ez én vagyok.
00:00:38.09Az első verziót sok évvel ezelőtt írtam
00:00:00:40.13azért, hogy betöltse a legújabb számítási módszerek
00:00:00:42.19és a mindennapi biológusok közötti űrt.
00:00:00:44.08Ez ingyenes.
00:00:45.17És mivel nyílt forráskódú, írhatsz saját modulokat, ha szükséges.
00:00:48.11Fut Windowson, Macen és Linuxon,
00:00:00:50.22interfaces with many other popular bioimage analysis software,
00:00:00:53.22and it reads more than 180 microscopy file formats
00:00:00:57.00thanks to Bio-Formats.
00:00:00:58.18A CellProfiler sok mérőszám alapján nagyon népszerű
00:01:00.26and well-loved among biologists.
00:01:03.08A legjobb hely a CellProfilerrel való ismerkedéshez
00:01:05.04ha találsz egy példa csővezetéket,
00:01:06.24vagy egy olyan cikkből, amit olvastál, ahol a CellProfilert használták;
00:01:09.08az online kérdés-felelet fórumon, a forum.sc;
00:01:13.13vagy a CellProfiler példaoldaláról, és néhány ilyen példa itt látható.
00:01:18.21Mihelyt betöltött egy csővezetéket a CellProfilerbe,
00:01:20.14megkezdheti a beállításokat, hogy a saját biológiai problémájához igazítsa.
00:01:24.10A fő cél természetesen az,
00:01:27.04milyen biológiai entitások azonosítása és mérése,
00:01:28.16mindegy, hogy sejtek vagy kolóniák vagy szinapszisok és így tovább.
00:01:31.09Azokat a döntéseket kell meghozni,
00:01:33.03milyen struktúrákat vagy régiókat vagy kompartmenteket akarsz azonosítani…,
00:01:36.04hogyan kell azonosítani őket?,
00:01:37.13és végül, milyen jellemzőket mérjünk?
00:01:39.01És ahogy a CellProfilerben összeállítjuk a modulokat,
00:01:41.03ezeket a kérdéseket fogjuk feltenni magunknak.
00:01:44.07Kevered és max… összeilleszted ezeket a modulokat, hogy felépíts egy csővezetéket,
00:01:47.12vagy egy munkafolyamatot, amely elvégzi a feladatot.
00:01:49.25Now, some of these steps are very trivial,
00:01:51.13mint például a színek felosztása egy többcsatornás képen.
00:01:53.25Néhány olyan lépés, amire talán nem is gondoltál korábban,
00:01:56.03de… nagyon fontos, hogy olyan dolgokat csinálj, mint
00:01:58.19a megvilágítás korrigálása, hogy javítsd a mennyiségi meghatározás minőségét
00:02:01.12amit a képeidből kapsz.
00:02:03.22Amikor már tetszés szerint előfeldolgoztad a képeidet,
00:02:06.04beletehetsz olyan modulokat, amelyek azonosítják az érdekes struktúrákat és kompartmenteket,
00:02:08.23mint például a sejtmagokat vagy a sejthatárokat,
00:02:10.16mint itt látható.
00:02:12.04Ez gyakran a kihívást jelentő része a képelemzési munkafolyamat beállításának,
00:02:15.09de rengeteg eszköz és tipp van, hogy…
00:02:17.27segítő kezet nyújtanak.
00:02:20.09Ezek közé a paraméterek közé tartozik az előtér meghatározására szolgáló beállítások beállítása
00:02:23.28.26a háttérrel szemben.
00:02:28.08Ez itt egy példa, ahol egy kicsit túl szigorú…
00:02:30.08egy kicsit túl engedékeny, majd egy kicsit túl szigorú,
00:02:31.29és végül éppen megfelelő.
00:02:33.23Vannak más beállítások is, amelyek lehetővé teszik, hogy
00:02:36.14meghatározzuk a megfelelő szétválasztást és összevonást egyes objektumok esetében.
00:02:39.06Szóval, láthatod, hogy itt négy mag van
00:02:40.27amelyek össze vannak ragadva.
00:02:42.14A beállításokat addig igazítottuk, amíg ezek megfelelően szét nem váltak,
00:02:45.13a modulok különböző beállításait használva.
00:02:48.24És ha már azonosítottuk az érdekes struktúrákat,
00:02:50.28akkor tulajdonképpen nagyon egyszerű megmérni a tulajdonságaikat.
00:02:02:53.28Elég csak bepattintani a különböző modulokat ezekhez a különböző kategóriájú metrikákhoz,
00:02:56.24 amelyek közé tartozik az elszámolás, hogy mennyi van egy dologból;
00:02:59.02méretek; formák;
00:03:00.22textúrák, ami a fluoreszcens intenzitású festési mintázat simasága;
00:03:04.22és valamint az intenzitás mennyisége, ami megfelelhet például egy fehérjetermék tényleges mennyiségének a képeken;
00:03:10.12mint ahogy olyan dolgok is, mint a térbeli kapcsolatok.
00:03:13.13Most, ha a csővezetéked a kedvedre van beállítva,
00:03:15.15azt sok képen automatikusan lefuttathatod.
00:03:17.25Most, ha ez egy kis szám,
00:03:19.19lehet, hogy a laptopodon vagy az asztali gépeden futtatod.
00:03:21.07Ha ez egy nagyon nagy kísérlet,
00:03:23.01lehet, hogy a képeket egy számítógépes fürtön kell futtatnod
00:03:25.10vagy online felhő erőforrásokat kell használnod.
00:03:27.15És vannak olyan eszközök, amelyek mindkettőhöz segítséget nyújtanak.
00:03:29.21Finally, you can explore your data using, really,
00:03:32.18any data analysis software.
00:03:34.07One option is CellProfiler Analyst.
00:03:36.11Ezt úgy tervezték, hogy lehetővé tegye a nagy képhalmazok adatainak vizsgálatát
00:03:38.23ahol az adatok interaktívan kapcsolódnak a képekhez.
00:03:41.16A fenotípusok automatikus osztályozását is lehetővé teszi.
00:03:43.22Nézzük meg mindkét fajta funkciót.
00:03:45.28Először is, a feltáró eszközök.
00:03:47.23Ez sok olyan adatvizualizációt tartalmaz,
00:03:49.22amit igazából bármelyik táblázatkezelő szoftverben láthatunk.
00:03:51.28A különbség az, hogy a CellProfiler Analystban,
00:03:54.00minden adatpont kapcsolódik a képekhez, amelyek az adott adatpontot létrehozták.
00:03:57.08Ez lehetővé teszi, hogy felfedezzük a képeken lévő jellemzőket
00:03:59.24és az előállított metrikákat,
00:04:01.15és megpróbáljuk azonosítani, hogy mi…
00:04:03.02mi történik a kísérletben,
00:04:04.20vagy esetleg még minőségellenőrzést is végezhetsz
00:04:07.02 annak megállapítására, hogy vannak-e olyan képek, amelyek elmosódottak,
00:04:09.00vagy telítettséggel vagy másfajta artefaktumokkal rendelkeznek.
00:04:12.04A CellProfiler Analyst legnépszerűbb funkciója az osztályozója.
00:04:15.26Ez azt csinálja, hogy megjeleníti a kísérletedből származó sejteket
00:04:19.01– vagy más objektumokat, amelyeket azonosítottál —
00:04:21.08és arra kér, hogy rendezd őket
00:04:23.21az érdekeltségi fenotípusuk alapján.
00:04:24.29És így…..
00:04:26.15Mindössze annyit kell tenned, hogy húzod és eldobod az egyes sejteket
00:04:28.11hogy pozitív és negatív fenotípusba sorold őket,
00:04:31.05vagy tényleg annyi tárolóhelyed lehet, amennyit csak akarsz.
00:04:32.25Az egyes sejtek rendezése közben a számítógép tanul tőled, és megpróbálja azonosítani,
00:04:38.24melyek a sejtek metrikái, amelyek megkülönböztetik a különböző tárolókat?
00:04:42.03Amint egyre több és több sejtet válogatsz,
00:04:45.02és ahogy javítod a hibákat,
00:04:46.26az osztályozó egyre jobb és jobb lesz,
00:04:48.14 addig a pontig, ahol a számítógép képes helyettesíteni téged a helyes válasz megadásában
00:04:52.20nagyszámú cellára.
00:04:54.10Szóval, ha az osztályozót betanítottuk,
00:04:04:56.01válogathatjuk… osztályozhatjuk a sejtek millióit vagy milliárdjait
00:04:59.13teljesen automatizált módon.
00:05:00.24A laboratóriumom a világ több más részével együtt dolgozik
00:05:03.10egy új webalapú eszköz létrehozásán a képek osztályozására
00:05:05.24amelyet a mély tanulás hajt.
00:05:07.16Nézze meg tehát a honlapján
00:05:09.08, hogy megnézze, készen áll-e a használatra.
00:05:11.26Még többet megtudhat ezeken a kapcsolódó iBiology videókon keresztül
00:05:14.18a mikroszkópiáról és a képelemzésről.
00:05:16.10És remélem, hogy kipróbálod a bioképelemzést,
00:05:18.19a CellProfiler használatával,
00:05:20.04és ha segítségre van szükséged a kezdéshez, látogass el a Tudományos Közösség online képfórumára.

Az online képfórumra.