A legtöbb enzim neve “ase”-ra végződik, kivéve néhány eredetileg vizsgált enzimet, mint a pepszin, a rennin és a tripszin. A Nemzetközi Biokémiai Unió (I.U.B.) kezdeményezte az enzimnómenklatúra szabványait, amelyek azt javasolják, hogy az enzimnevek jelöljék meg mind a szubsztrátot, amelyre hatnak, mind a katalizált reakció típusát. E rendszer szerint az urikáz enzimet urátnak nevezik: O2-oxidoreduktáznak, míg a glutamino-oxálecetsav-transzamináz (GOT) enzimet L-aszpartát: 2-oxoglutarát aminotranszferáznak nevezik.

Az enzimeket a katalizált kémiai reakció típusa szerint is osztályozhatjuk.

1. Víz hozzáadása vagy eltávolítása
   1. Hidrolázok – ide tartoznak az észterázok, szénhidrázok, nukleázok, deaminázok, amidázok és proteázok
   2. Hidrázok, mint a fumaráz, enoláz, akonitáz és a szénsav anhidráz
2. Elektronok átadása
   1. Oxidázok
   2. Dehidrogenázok
3. Gyökösök átadása
   1. Transzglikozidázok -. monoszacharidok
   2. Transzfoszforilázok és foszfomutázok – foszfátcsoport
   3. Transzaminázok – aminocsoport
   4. Transzmetilázok
   5. Transzglikozidok metilcsoport
   6. Transzacetilázok – acetilcsoport
4. C-csoport felhasítása vagy képzéseC-kötés
   1. Deszmolázok
5. Molekula geometriájának vagy szerkezetének megváltoztatása
   1. Izomerázok
6. Két molekula összekapcsolása az ATP vagy más tri-foszfát pirofoszfátkötésének hidrolízise révén
   1. Ligázok