A végzetes 1936-os választások óta az első választásokat 1946 márciusában tartották. Ezek hibásak voltak, és a szélsőbaloldal tartózkodása miatt a királypárti jobboldal elsöprő győzelmét eredményezték. Szeptemberben egy népszavazáson II. György király visszatérése mellett szavaztak; ő hat hónapon belül meghalt, és öccse, Pál követte őt. Ennek fényében az ország a polgárháború felé csúszott, mivel a szélsőbaloldal bizonytalan volt, hogy a politikai rendszeren belül dolgozzon-e, vagy fegyveresen pályázzon a hatalomra.
A fordulópontot a kommunisták által irányított Demokratikus Hadsereg 1946 októberében történt megalakulása jelentette, majd a következő évben a kommunisták létrehozták az Ideiglenes Demokratikus Kormányt. Bár jelentős túlerővel rendelkeztek, a kommunisták képesek voltak – az északon újonnan létrehozott kommunista rezsimek logisztikai támogatásával, valamint a gerillataktika ügyes alkalmazásával – jelentős időre ellenőrzésük alá vonni Észak-Görögország nagy területét. A Truman-doktrína 1947. márciusi kihirdetését követően, amely támogatást ígért a “szabad népeknek” a belső felforgatás elleni küzdelemben, a helyzet fokozatosan kezdett megfordulni. Az Egyesült Államok, átvéve Nagy-Britannia korábbi szerepét Görögország legfőbb külső pártfogójaként, hamarosan katonai felszerelést és tanácsadást nyújtott. Az amerikai beavatkozás és a Josip Broz Tito (akinek vezetése alatt a jugoszláv állam végül egyesülni fog) és Sztálin közötti szakítás következményei, valamint a baloldali frakciózás és a megváltozott katonai taktika mind hozzájárultak a kommunista gerillák vereségéhez 1949 nyarán.
Görögország a pusztulás állapotában került ki a fáradságos 1940-es évekből. A polgárháború utáni politikai rendszer kifejezetten tekintélyelvű volt, és az 1950-es évek közepétől Görögország a gazdasági és társadalmi fejlődés gyors, de egyenlőtlenül elosztott folyamatán ment keresztül, és életszínvonalban messze felülmúlta északi kommunista szomszédait. Athén lakossága 1951 és 1981 között több mint kétszeresére nőtt, és az 1990-es évek elejére a teljes lakosság mintegy harmada a főváros területén koncentrálódott. Ha azonban az urbanizáció gyorsan haladt és az életszínvonal gyorsan emelkedett, az ország politikai intézményei nem tudtak lépést tartani a gyors változásokkal. A jobboldal az 1952 és 1963 közötti időszak nagy részében szilárdan hatalmon tartotta magát, és nem volt túlságosan óvatos a hatalom megtartásához használt eszközökkel.
A hatvanas évek elejére azonban a választók – akik között most már nők is voltak – egyre inkább kiábrándultak a polgárháború elnyomó örökségéből, és változásra törekedtek. Georgios Papandreou, akinek a Centrum Unió Pártja 1964-ben elsöprő győzelmet aratott, miniszterelnökként reagált erre az igényre; a reformok és a modernizáció ígéretét azonban a ciprusi válság kiújulásával félredobták, és a hadseregen belüli csoportok összeesküdtek az ország demokratikus intézményeinek felforgatására. A ciprusi gerillakampány – amelyet az 1950-es évek közepétől kezdve a görög-ciprusi Georgiosz Grivasz tábornok kitartóan és kíméletlenül folytatott – 1960-ban azt eredményezte, hogy a britek nem a sziget túlnyomó görög-ciprusi többségének a görög állammal való egyesülést, hanem a függetlenséget engedélyezték. Három éven belül azonban a görög többség és a szigeten élő török kisebbség közötti bonyolult hatalommegosztási megállapodások összeomlottak.
A polgárháború alatt és azt követően a görög fegyveres erők nemcsak a külföldi agresszióval szembeni őröknek tekintették magukat, hanem az ország belső felforgatás elleni védelmezőinek is. Egyre inkább úgy tekintettek Georgios Papandreou-ra, mint a sokkal radikálisabb, Amerikában tanult fiára, Andreas Papandreou-ra, aki visszatért Görögországba, és csatlakozott apja kormányához.
1967 áprilisában a középszintű tisztek Georgios Papadopoulos ezredes vezetésével puccsot hajtottak végre, amelynek célja az volt, hogy meghiúsítsák a Centrum Unió várható győzelmét az ugyanazon év májusára tervezett választásokon. Az összeesküvők kihasználták az elhúzódó politikai válságot, amely az apját, Pál királyt 1964-ben a trónon követő fiatal II. Konstantin király és miniszterelnöke, Georgios Papandreou közötti vitából eredt. Az “ezredesek”, ahogy a katonai junta nevezték, 1967-től 1974-ig rosszul kormányozták az országot, váltakozva a keménykezű és az abszurd politika között. Az 1967. decemberi sikertelen államcsíny után Konstantin király száműzetésbe vonult, Papadopulosz pedig átvette a régensi szerepet. 1973-ban a monarchiát eltörölték, és Görögországot köztársasággá nyilvánították. Ebben az évben, a diáktüntetéseket követően, amelyeket erőszakkal elfojtottak, Papadopulosz magát is megbuktatta a junta, és helyére a még elnyomóbb Démétriosz Ioannidisz tábornokot, a rettegett katonai rendőrség vezetőjét ültették.
1974 júliusában, a Görögország és Törökország között az égei-tengeri olajjogok miatt egyre elkeseredettebbé váló vita nyomán Ioannidis, nacionalista diadalra törekedve, puccsot indított III Makariosz, az érsek és 1960 óta Ciprus elnöke leváltására. Makariosz túlélte, de a puccs kiváltotta a sziget északi részének Törökország általi megszállását, amely Nagy-Britanniával és Görögországgal együtt az 1960-as alkotmányos rendezés egyik garanciavállalója volt. A török hadsereg elfoglalta a sziget szárazföldi területének közel kétötödét, annak ellenére, hogy a török lakosság az összlakosság kevesebb mint egyötödét tette ki. Ioannidisz a török invázióra a Törökország elleni háborúra való mozgósítással válaszolt. A mozgósítás azonban kaotikusnak bizonyult, és a belföldön keservesen népszerűtlen és diplomáciailag teljesen elszigetelt rezsim összeomlott.