Les collections à grande échelle de cellules souches pluripotentes induites (iPSC) pourraient servir de systèmes modèles puissants pour examiner comment la variation génétique affecte la biologie et la maladie. Nous décrivons ici la ressource iPSCORE : une collection de lignées iPSC systématiquement dérivées et caractérisées provenant de 222 personnes d’origines ethniques diverses, qui permet de réaliser des études génétiques à la fois familiales et d’association. Les lignées iPSCORE sont pluripotentes avec une intégrité génomique élevée (pas ou peu de variantes somatiques de nombre de copies), comme déterminé en utilisant le séquençage ARN à haut débit et les tableaux de génotypage, respectivement. À l’aide d’iPSC provenant d’une famille d’individus, nous montrons que les cardiomyocytes dérivés d’iPSC présentent des profils d’expression génique qui se regroupent en fonction du bagage génétique, et qu’ils peuvent être utilisés pour examiner les variantes associées aux phénotypes physiologiques et pathologiques. La collection iPSCORE contient des individus représentatifs des allèles à risque et non à risque pour 95 % des SNP associés aux phénotypes humains par des études d’association pangénomique. Notre étude démontre l’utilité d’iPSCORE pour examiner comment les variants génétiques influencent les traits moléculaires et physiologiques dans les iPSC et les lignées cellulaires dérivées.