ContexteEdit
Une véritable compréhension de la différenciation cellulaire dans le système immunitaire nécessitera une perspective générale sur le profil transcriptionnel de chaque type de cellule des systèmes immunitaires adaptatif et inné, et comment ces profils évoluent par la différenciation cellulaire ou l’activation par des ligands immunogènes ou tolérogènes. Le projet ImmGen vise à établir la feuille de route de ces états transcriptionnels.
Compendium d’expression géniqueEdit
Le premier objectif d’ImmGen est de générer un compendium des profils transcriptionnels du génome entier (initialement par microarray, maintenant principalement par ARN-séquençage) pour presque toutes les populations cellulaires caractérisées des systèmes immunitaires adaptatifs et innés chez la souris, aux principales étapes de différenciation et d’activation. Cet effort est mené par un groupe de laboratoires de recherche en immunologie à travers les États-Unis. Chacun des laboratoires apporte une expertise unique dans une lignée cellulaire particulière, et tous utilisent des procédures standardisées pour le tri des cellules. Le recueil de données de microréseaux comprend actuellement plus de 250 types de cellules pertinentes sur le plan immunologique, provenant de tous les organes lymphoïdes et d’autres tissus qui sont surveillés par les cellules immunitaires.
PublicationsEdit
Une série de rapports ImmGen a été publiée au fur et à mesure que le recueil s’accumulait. Certains rapports spécifiques à des lignées ont décrit les cellules souches hématopoïétiques, les cellules tueuses naturelles, les neutrophiles, les cellules B et T, les cellules tueuses naturelles, les macrophages, les cellules dendritiques, les cellules T alpha bêta, les cellules T gamma delta, les cellules T CD8 activées, les cellules lymphoïdes innées et les cellules stromales des ganglions lymphatiques.Bien que la plupart des profils transcriptionnels aient été réalisés sur des souris B6, l’effet de la variation génétique a également été étudié.La deuxième phase d’ImmGen a commencé à profiler les cellules immunitaires activées. La réponse à l’interféron a été utilisée comme cas de test.
Modèle bioinformatique de réseau de régulation géniqueEdit
Plusieurs groupes de biologistes informatiques collaborateurs (Regev & Koller) ont utilisé les données pour faire de la rétro-ingénierie du réseau de régulation génétique dans les cellules immunitaires, et le comparer au système immunitaire humain.Une enquête initiale sur l’épissage différentiel à travers les lignées immunitaires a été réalisée en utilisant à la fois des microréseaux et le séquençage de l’ARN.
Représentation visuelle des donnéesEdit
Les participants au projet du département des sciences informatiques de l’université Brown explorent également de nouveaux modes de représentation pour les données ImmGen, en développant et en conservant la représentation publique.
MembresEdit
Les laboratoires d’immunologie participants comprennent les laboratoires Brenner (NKT, BWH, Boston), Goldrath (cellules T CD8 activées, UCSD, San Diego), Kang (cellules T gamma delta, U. Mass, Worcester), Lanier (NK, UCSF, San Francisco), Mathis/Benoist (cellules T alpha bêta, HMS, Boston), Merad et Randolph (monocytes & macrophages, Mount Sinai, New York et Washington University, Saint Louis), Rossi (HSC, Children’s, Boston), Turley (DC, DFCI, Boston) et Wagers (HSC, Joslin, Boston).
Tragiquement, Richard (Randy) Hardy (Fox Chase, Philadelphie), qui était un membre d’Immgen depuis son initiation, est décédé en juin 2016.
Statut actuelModification
En août 2016, Immgen a profilé plus de 250 populations de cellules naïves chez la souris à l’aide de microréseaux, et plusieurs dizaines de types de cellules activées à l’aide du séquençage de l’ARN.