La mer Baltique, l’une des plus grandes zones d’eau saumâtre du monde, peut être caractérisée comme une mer jeune et froide contenant un écosystème appauvri en raison du stress de salinité. La mer Baltique actuelle s’est formée il y a 2000 à 2500 ans, lorsque les eaux danoises sont devenues plus étroites et peu profondes. L’afflux d’eau douce en provenance des terres environnantes a progressivement donné à la Baltique son caractère saumâtre. Aujourd’hui, la Baltique couvre une superficie d’environ 366 000 km2 sous la forme d’une série de bassins séparés par des zones moins profondes et remplis d’environ 22 000 km3 d’eau saumâtre. Ces bassins sont, du nord au sud, le golfe de Botnie, le golfe de Finlande, la mer de Gotland et la mer de Bornholm. Le gradient climatique va de conditions presque arctiques dans l’extrême nord à un climat plus maritime dans les parties sud. L’eau salée de la mer du Nord est reliée à la mer Baltique par le Kattegat, peu profond, et les seuils des îles danoises. L’apport d’eau salée se produit de deux manières différentes, à savoir sous la forme d’un flux continu le long du fond en raison du gradient de salinité et sous la forme d’impulsions d’eau salée générées par la distribution de la pression atmosphérique et la direction du vent. L’apport d’eau douce (500 km3) provenant principalement des grands fleuves est à peu près égal à l’écoulement net et accentue le courant vers le sud le long de la côte suédoise qui compense également l’apport d’eau salée. Des mouvements de marée peuvent être observés dans le sud de la Baltique, mais ils sont d’une importance mineure pour le système. Le temps de résidence de la masse d’eau totale est de 25 ans et les conditions hydrographiques dans les différents bassins sont stables et dominées par une halocline permanente, et une thermocline se développant chaque printemps. La salinité varie d’environ 1-2 pour mille dans la partie la plus intérieure du golfe de Botnie à 10-15 pour mille dans la mer de Bornholm. Un mélange vertical total a lieu en hiver, au moins dans les parties nord de la mer. En raison du gradient climatique, l’état de la glace diffère d’environ quatre mois de couverture de glace totale dans les parties intérieures du golfe de Botnie à un mois ou moins de glace côtière dans la partie sud de la Baltique. Ainsi, l’effet saisonnier est plus prononcé dans les parties nord.

Les systèmes vivants de la Baltique sont réduits et adaptés à ces conditions variables. En comparant les fonds mous plus profonds du golfe de Botnie au reste de la Baltique, on observe le schéma suivant. La productivité primaire pélagique augmente d’un facteur 6 du nord au sud. Les parties méridionales de la mer présentent un pic printanier prononcé, tandis qu’au nord, le développement printanier est retardé ou remplacé par un maximum estival. L’augmentation totale de la biomasse de la macrofaune est frappante, passant d’environ 1 g.m-2 (w.wt) dans le nord à 100 g.m-2 (w.wt) ou plus dans le sud. Les biomasses de la méiofaune et du zooplancton montrent moins de variabilité. La méiofaune augmente d’un facteur 2-4, donnant une biomasse d’environ deux fois celle de la macrofaune dans la partie la plus au nord. La salinité extrêmement faible de cette zone entraîne l’exclusion des bivalves (filtreurs) de la faune. Les données disponibles, combinées au taux métabolique élevé de la méiofaune, suivent grossièrement les changements de la productivité primaire dans la mer Baltique. L’évolution du rapport entre la macrofaune et la méiofaune, ainsi que les résultats d’études intensives de l’amphipode macrobenthique Pontoporeia affinis (Lindström), suggèrent que la macrofaune est régulée principalement par la limitation de la nourriture et que les systèmes benthique et pélagique sont étroitement couplés.