Les premières élections depuis celles fatidiques de 1936 ont lieu en mars 1946. Elles sont entachées d’irrégularités et, l’extrême gauche s’abstenant, se soldent par une large victoire de la droite royaliste. En septembre, un plébiscite se prononce pour le retour du roi George II ; il meurt dans les six mois et son frère Paul lui succède. Dans ce contexte, le pays glisse vers la guerre civile, car l’extrême gauche est indécise quant à savoir si elle doit travailler au sein du système politique ou faire une offre armée pour le pouvoir.
Le tournant se produit avec la création en octobre 1946 d’une armée démocratique contrôlée par les communistes, et l’année suivante, les communistes établissent un gouvernement démocratique provisoire. Bien que fortement dépassés en nombre, les communistes ont pu – grâce au soutien logistique des régimes communistes nouvellement établis au nord, associé à une utilisation habile des tactiques de guérilla – contrôler une large zone de la Grèce du Nord pendant une période substantielle. Après la déclaration de la Doctrine Truman en mars 1947, qui promettait de soutenir les « peuples libres » dans leur lutte contre la subversion interne, le vent a progressivement commencé à tourner. Les États-Unis, assumant l’ancien rôle de la Grande-Bretagne en tant que principal protecteur extérieur de la Grèce, fournissent rapidement des équipements et des conseils militaires. L’intervention américaine et les conséquences de la rupture entre Josip Broz Tito (sous la direction duquel l’État yougoslave allait finalement s’unir) et Staline, combinées au factionnalisme et à l’altération des tactiques militaires de la gauche, ont toutes contribué à la défaite des guérillas communistes au cours de l’été 1949.
La Grèce est sortie des laborieuses années 1940 dans un état de dévastation. Le régime politique d’après-guerre civile était nettement autoritaire et, à partir du milieu des années 1950, la Grèce a connu un processus de développement économique et social rapide mais inégalement réparti, dépassant de loin ses voisins communistes du nord en termes de niveau de vie. La population de l’agglomération d’Athènes a plus que doublé entre 1951 et 1981 et, au début des années 1990, environ un tiers de la population totale était concentrée dans la région de la capitale. Cependant, si l’urbanisation a progressé rapidement et si le niveau de vie a augmenté rapidement, les institutions politiques du pays n’ont pas réussi à suivre le rythme des changements rapides. La droite a maintenu une mainmise ferme sur le pouvoir pendant la majorité de la période de 1952 à 1963 et n’a pas été trop prudente dans les moyens qu’elle a employés pour le conserver.
Au début des années 1960, cependant, l’électorat – qui comprenait désormais des femmes – était de plus en plus désillusionné par l’héritage répressif de la guerre civile et souhaitait un changement. Georgios Papandreou, dont le Parti de l’Union du Centre a remporté une victoire écrasante en 1964, a répondu à ce besoin en tant que Premier ministre ; cependant, la promesse de réforme et de modernisation a été mise de côté avec une nouvelle crise à Chypre, et des groupes au sein de l’armée ont conspiré pour renverser les institutions démocratiques du pays. Une campagne de guérilla à Chypre – menée à partir du milieu des années 1950 avec ténacité et impitoyabilité par le général chypriote grec Georgios Grivas – avait abouti en 1960 à ce que les Britanniques concèdent non pas l’union avec l’État grec souhaitée par l’écrasante majorité chypriote grecque de l’île, mais l’indépendance. Cependant, en l’espace de trois ans, les accords élaborés de partage du pouvoir entre la majorité grecque et la minorité turque de l’île s’étaient effondrés.
Pendant et après la guerre civile, les forces armées grecques en étaient venues à se considérer non seulement comme les gardiens du pays contre l’agression étrangère, mais aussi comme ses défenseurs contre la subversion interne. Elles considéraient de plus en plus Georgios Papandréou comme un cheval de bataille pour son fils beaucoup plus radical ayant reçu une éducation américaine, Andreas Papandréou, qui était rentré en Grèce et avait rejoint le gouvernement de son père.
En avril 1967, des officiers de rang intermédiaire dirigés par le colonel Georgios Papadopoulos ont lancé un coup d’État destiné à contrecarrer une victoire attendue de l’Union du Centre aux élections prévues en mai de la même année. Les conspirateurs ont profité d’une crise politique prolongée, qui avait pour origine un différend entre le jeune roi Constantin II, qui avait succédé à son père, le roi Paul, sur le trône en 1964, et son premier ministre, Georgios Papandreou. Alternant des politiques lourdes et absurdes, les « Colonels », comme on appelait la junte militaire, ont mal dirigé le pays de 1967 à 1974. Après l’échec d’un contre-coup d’État en décembre 1967, le roi Constantin s’est exilé et Papadopoulos a assumé le rôle de régent. En 1973, la monarchie a été abolie et la Grèce a été déclarée république. Cette année-là, à la suite de manifestations étudiantes, violemment réprimées, Papadopoulos lui-même est renversé de l’intérieur de la junte et remplacé par le général Demetrios Ioannidis, encore plus répressif, à la tête de la très redoutée police militaire.
En juillet 1974, à la suite d’un différend de plus en plus âpre entre la Grèce et la Turquie au sujet des droits pétroliers en mer Égée, Ioannidis, en quête d’un triomphe nationaliste, a lancé un coup d’État pour déposer Makarios III, l’archevêque et président de Chypre depuis 1960. Makarios a survécu, mais le coup d’État a déclenché l’invasion de la partie nord de l’île par la Turquie, qui, avec la Grande-Bretagne et la Grèce, était garante de l’accord constitutionnel de 1960. L’armée turque occupe près des deux cinquièmes de la superficie de l’île, alors que la population turque représente moins d’un cinquième de la population totale. Ioannidis répond à l’invasion turque en mobilisant pour une guerre avec la Turquie. La mobilisation s’est avérée chaotique, cependant, et le régime, amèrement impopulaire sur le plan intérieur et totalement isolé sur le plan diplomatique, s’est effondré.