À l’exception de certaines des enzymes étudiées à l’origine, comme la pepsine, la rennine et la trypsine, la plupart des noms d’enzymes se terminent par « ase ». L’Union internationale de biochimie (I.U.B.) a lancé des normes de nomenclature des enzymes qui recommandent que les noms des enzymes indiquent à la fois le substrat sur lequel elles agissent et le type de réaction catalysée. Selon ce système, l’enzyme uricase est appelée urate : O2 oxydoréductase, tandis que l’enzyme glutamique oxaloacétique transaminase (GOT) est appelée L-aspartate : 2-oxoglutarate aminotransférase.

Les enzymes peuvent être classées selon le type de réaction chimique catalysée.

1. Ajout ou retrait d’eau
   1. Hydrolases – elles comprennent les estérases, les carbohydrases, les nucléases, les désaminases, les amidases et les protéases
   2. Hydrases telles que la fumarase, l’énolase, aconitase et l’anhydrase carbonique
2. Transfert d’électrons
   1. Oxidases
   2. Déshydrogénases
3. Transfert d’un radical
   1. Transglycosidases -. de monosaccharides
   2. Transphosphorylases et phosphomutases – d’un groupe phosphate
   3. Transaminases – d’un groupe amino
   4. Transméthylases – d’un groupe méthyle
   5. Transacétylases – d’un groupe acétyle
4. Dissociation ou formation d’une liaison C-.C
   1. Desmolases
5. Modification de la géométrie ou de la structure d’une molécule
   1. Isomérases
6. Reliement de deux molécules par hydrolyse de la liaison pyrophosphate dans l’ATP ou autre triphosphate
   1. Ligases

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