Joly a quitté Vivendi en 2004 pour devenir président et directeur général de CWT. En janvier 2008, Joly a été annoncé président et PDG de Carlson Companies, un conglomérat international privé américain dans les secteurs de l’hôtellerie, du voyage et de la restauration franchisée, qui emploie plus de 175 000 personnes dans plus de 160 pays et territoires. Il a pris ces fonctions en mars 2008 en remplacement de Marilyn Carlson Nelson, fille du fondateur Curt Carlson. Sous sa direction, CWT a augmenté ses ventes annuelles de 8,9 milliards de dollars américains en 2003 à 25,5 milliards de dollars en 2007.

Le 17 août 2012, Joly a démissionné de son poste chez Carlson pour prendre le poste de PDG chez Best Buy. Sous Joly et sa transformation Renew Blue à Best Buy, l’action de la société a triplé en 2013 en mettant l’accent sur la banque sur les magasins à grande surface, un service à la clientèle supérieur, une sélection de produits et des services comme la Geek Squad. Selon le New York Times, l’objectif principal de Joly est de s’aligner sur le prix le plus bas, déterminé à faire en sorte qu’un client qui est venu à Best Buy comme salle d’exposition n’ait aucune raison d’acheter ailleurs. « La stratégie est très simple », a-t-il déclaré au New York Times en 2012, peu après sa prise de fonction. « Nous pensons que la compétitivité des prix est un enjeu de table. La façon dont nous voulons gagner est autour du conseil, de la commodité, du service. »

Le 20 janvier 2017, un rapport du journal brésilien Valor Economico a déclaré que Joly était considéré pour le poste de PDG de Carrefour. Joly a publié une déclaration : « Il y a eu des rapports selon lesquels je suis considéré pour un rôle de PDG dans une autre entreprise. Laissez-moi être clair, je suis pleinement engagé dans la transformation continue de Best Buy et je n’ai absolument aucune intention de partir. »

Joly a quitté son poste de PDG de Best Buy en juin 2019 pour devenir président exécutif de la société. En juin 2020, Joly a quitté son poste de président exécutif et a commencé à enseigner à la Harvard Business School en tant que maître de conférences en administration des affaires. Il reste un conseiller du PDG et du conseil d’administration de Best Buy.

Joly est l’auteur du livre à paraître, The Heart of Business, qui sera publié par Harvard Business Review Press le 4 mai 2021.